Xác định đột biến gen EGFR bằng kỹ thuật giải trình tự gen trên mẫu mô ung thư biểu mô phổi không tế bào nhỏ

Bài viết Xác định đột biến gen EGFR bằng kỹ thuật giải trình tự gen trên mẫu mô ung thư biểu mô phổi không tế bào nhỏ trình bày việc xác định đột biến gen EGFR bằng kỹ thuật giải trình tự gen trên mẫu mô UTPKTBN; So sánh kết quả xác định đột biến gen EGFR giữa kỹ thuật giải trình tự gen và Realtime PCR.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Xác định đột biến gen EGFR bằng kỹ thuật giải trình tự gen trên mẫu mô ung thư biểu mô phổi không tế bào nhỏ TẠP CHÍ NGHIÊN CỨU Y HỌC XÁC ĐỊNH ĐỘT BIẾN GEN EGFR BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ GEN TRÊN MẪU MÔ UNG THƯ BIỂU MÔ PHỔI KHÔNG TẾ BÀO NHỎ Nguyễn Văn Duy1 và Trần Vân Khánh2, 1 Bệnh viện Phổi Trung ương 2 Trường Đại học Y Hà Nội Ứng dụng kỹ thuật y sinh học phân tử trong xác định đột biến gen EGFR đã đem lại những lợi ích nổibật trong điều trị đích bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ (UTPKTBN), trong đó kỹ thuật giải trìnhtự gen và Realtime PCR đang được sử dụng phổ biến ở Việt Nam, cả 2 kỹ thuật đều có những ưu, nhượcđiểm riêng, có thể phối hợp, hỗ trợ cho nhau. Nghiên cứu này được thực hiện với mục tiêu: 1) Xác địnhđột biến gen EGFR bằng kỹ thuật giải trình tự gen trên mẫu mô UTPKTBN; 2) So sánh kết quả xác địnhđột biến gen EGFR giữa kỹ thuật giải trình tự gen và Realtime PCR. Thu thập 78 mẫu DNA của bệnh nhânUTPKTBN đã được xác định có đột biến gen EGFR bằng kỹ thuật Realtime PCR. Kỹ thuật giải trình tự gen đãđược áp dụng để xác định đột biến gen EGFR, so sánh kết quả đột biến gen EGFR giữa 2 kỹ thuật RealtimePCR và giải trình tự gen. Kết quả cho thấy 68/78 mẫu bệnh nhân phát hiện đột biến tương đồng với kỹ thuậtRealtime PCR (87,18%), 10 mẫu âm tính giả đều có tỷ lệ phần trăm tế bào ung thư thấp (≤ 35%). Tỷ lệ âm tínhgiả của kỹ thuật giải trình tự gen trong nghiên cứu là 12,82%, chủ yếu nằm trong nhóm có tỷ lệ phần trăm tếbào ung thư thấp (≤ 35%). Vì vậy, nên sử dụng kỹ thuật giải trình gen tìm đột biến EGFR cho những mẫu môcó tỷ lệ phần trăm tế bào ung thư cao, với những mẫu có nồng độ thấp nên sử dụng kỹ thuật Realtime PCR.Từ khóa: đột biến gen EGFR, ung thư phổi không tế bào nhỏ, kỹ thuật giải trình tự gen.I. ĐẶT VẤN ĐỀ Ung thư phổi có tỷ lệ mắc đứng thứ 2 (sau dụng phổ biến để xác định đột biến gen EGFR,ung thư vú) và chiếm tỷ lệ tử vong cao nhất đó là giải trình tự gen và realtime PCR. Trong(18%) trong những bệnh ung thư thường gặp, đó, kỹ thuật realtime PCR có độ nhạy cao, cótrong đó chiếm 85% trường hợp ung thư phổi là thể phát hiện các mẫu có tỷ lệ tế bào ung thưUTPKTBN.1 Việc xác định đột biến gen EGFR ở mức rất thấp, nhưng có giá thành cao, là mộtcó ý nghĩa to lớn trong điều trị đích bệnh nhân trở ngại lớn trong việc áp dụng thường quy.3,4UTPKTBN. Tháng 6/2009, Cục Quản lý Thực Kỹ thuật giải trình tự gen có thời gian trả kếtphẩm và Dược phẩm Hoa kỳ (FDA) chính quả chậm hơn (1 - 2 ngày) và yêu cầu tỷ lệthức đưa ra khuyến cáo: bệnh nhân trước khi phần trăm tế bào ung thư ở mức cao hơn so vớiđược chỉ định dùng thuốc ức chế EGFR cần kỹ thuật realtime PCR, tuy nhiên ta có thể phátphải được làm xét nghiệm tình trạng gen.2 Tại hiện cả những đột biến đã biết và đột biến “mới”Việt Nam, hiện nay có 2 phương pháp được sử với giá thành khá rẻ, đây là một trong những lợi thế rất lớn khi số lượng mẫu nhiều, đặc biệt tạiTác giả liên hệ: Trần Vân Khánh các nước đang phát triển như Việt Nam.5 HiệnTrường Đại học Y Hà Nội tại, nhu cầu về tính chính xác của xét nghiệmEmail: tranvankhanh@hmu.edu.vn xác định đột gen EGFR bệnh nhân UTPKTBNNgày nhận: 17/10/2022 ngày càng cao nhưng tại Việt Nam chưa cóNgày được chấp nhận: 25/10/2022 nghiên cứu nào đánh giá về tỷ lệ phát hiện mẫuTCNCYH 160 (12V2) - 2022 19 TẠP CHÍ NGHIÊN CỨU Y HỌCdương tính của kỹ thuật giải trình tự gen so với Kỹ thuật giải trình tự gen Sangernhững kỹ thuật khác, và sự ảnh hưởng của tỷ Thành phần phản ứng PCR giải trình tự genlệ phần trăm tế bào ung thư đến tỷ lệ phát hiện gồm: Buffer Big dye 5X, Big dye Terminatorđột biến của kỹ thuật này. Từ thực tế đó, đề tài v3.1, mồi xuôi hoặc mồi ngược (10 pmol/µl),tiến hành với mục tiêu: 1) Xác định đột biến gen sản phẩm PCR các exon gen GBA. Quy trìnhEGFR bằng kỹ thuật giải trình tự gen trên các được thực hiện theo hướng dẫn sử dụng cho bộmẫu mô UTPKTBN; 2) So sánh kết quả xác định kit BigDye TM Terminator v3.1 Cycle Sequencingđột biến gen EGFR giữa kỹ thuật giải trình tự gen Kit (ABI - Mỹ).và Realtime PCR. Sản phẩm PCR giải trình tự sau khi tinh sạch được giải trình tự gen Sanger bằng máyII. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP ABI-3500 và được phân tích bằng phần mềm1. Đối tượng CLC Main Workbench. Thời gian và địa điểm nghiên cứu: Nghiên Đối tượng nghiên cứu là các mẫu DNA được cứu được thực hiện từ 1/2021 đến 8/2022 tạitách chiết từ khối nến ở bệnh nhân ung thư phổi Trung tâm nghiên cứu Gen - Protein, Trườngkhông tế bào nhỏ. Nhóm nghiên cứu đã áp dụng Đại học Y Hà Nội.kỹ thuật giải trình tự gen để xác định các độtbiến gen EGFR: 78 mẫu DNA của bệnh nhân 3. Đạo đức nghiên cứuUTPKTBN đã được xác định có đột biến gen ...