Xác định đột biến gen p53 trong carcinôm tuyến đại trực tràng bằng kỹ thuật giải trình tự chuỗi DNA

Tình hình nghiên cứu và mục tiêu của đề tài trình bày về: Gen p53 là gen ức chế khối u có 11 exon, trong đó exon 2-11 mã hóa protein dài 393 acid amin. Các nghiên cứu trước đây cho rằng ña số đột biến gen p53 thường gặp trong vùng exon 5-8 từ acid amin thứ 126 đến 306 và có liên quan với tiên lượng xấu của bệnh ung thư hại - trực tràng ở giai đoạn sau. Nghiên cứu này được thực hiện nhằm xác định tỉ lệ và các kiểu đột biến gen p53 trong carcinôm tuyến đại trực tràng trên bệnh nhân Việt Nam.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Xác định đột biến gen p53 trong carcinôm tuyến đại trực tràng bằng kỹ thuật giải trình tự chuỗi DNANghiên cứu Y họcY Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 14 * Phụ bản của Số 4 * 2010XÁC ĐỊNH ĐỘT BIẾN GEN P53 TRONG CARCINÔM TUYẾN ĐẠI TRỰC TRÀNGBẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ CHUỖI DNAHoàng Anh Vũ*, Phùng Ngọc Thùy Linh**, Đỗ Thị Thanh Thủy*, Hứa Thị Ngọc Hà*TÓM TẮTMục tiêu: Gen p53 là gen ức chế khối u có 11 exon, trong ñó exon 2-11 mã hóa protein dài 393 acid amin.Các nghiên cứu trước ñây cho rằng ña số ñột biến gen p53 thường gặp trong vùng exon 5-8 từ acid amin thứ126 ñến 306 và có liên quan với tiên lượng xấu của bệnh ung thư ñại - trực tràng ở giai ñoạn sau. Nghiên cứunày ñược thực hiện nhằm xác ñịnh tỉ lệ và các kiểu ñột biến gen p53 trong carcinôm tuyến ñại trực tràng trênbệnh nhân Việt Nam.Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Genomic DNA ñược tách chiết từ 100 mẫu mô vùi nến củacarcinôm ñại trực tràng. Exon 5 – 8 của gen p53 ñược khuếch ñại bằng PCR và ñược giải trình tự trực tiếp.Kết quả: Đột biến gen p53 ở ung thư ñại trực tràng là 50%. Đột biến xảy ra cao nhất ở exon 5 (48%) vàexon 8 (28%), tại 5 hotspots R273 (14%), R175 (10%), R282 (8%), R158 (6%) và G245 (6%). 82% là ñột biếnnhầm nghĩa, 12% ñột biến dịch khung và 4% ñột biến vô nghĩa. Đột biến xảy ra chủ yếu ở các nucleotid loại G(48%) và C (34%); ñột biến chuyển vị chiếm 70%, chủ yếu là chuyển vị G → A (36%); ñột biến chuyển dạngchiếm 30%, chủ yếu là chuyển dạng G → T (10%); 70% ñột biến xảy ra trong vùng trình tự bảo tồn của gen.Từ khóa: Đột biến gen p53, giải trình tự trực tiếp, ung thư ñại trực tràngABSTRACTDETERMINE P53 MUTATIONS IN CARCINOMA COLORECTAL CANCERBY USING DIRECTED SEQUENCING METHOD.Hoang Anh Vu, Phung Ngoc Thuy Linh, Hua Thi Ngoc Ha* Y Hoc TP. Ho Chi Minh – Vol.14 - Supplement of No 4 – 2010: 689 - 696Purpose: p53 gene is one of tumor suppressor genes having 11 exons, in which exon 2-11 encode 393amino acid protein. Previous study showed that most of p53 mutations occurred at 126 - 306 residue in exon 58 region and p53 mutation had been associated with poor prognosis of colorectal cancer in later stage. Thisstudy was performed to determine frequency and types of p53 mutations in Vietnamese patients with carcinomacolorectal cancer.Material and method: Genomic DNA was extracted from 100 paraffin-embedded colorectal carcinomatissues. Exons 5-8 of the p53 gene were amplified with PCR, and were sequenced by using directed sequencingmethod.Results: p53 mutations were detected in 50% of colorectal carcinoma samples. Most of the mutationsoccurred in exon 5 (48%) and exon 8 (28%), at 5 hotspots including R273 (14%), R175 (10%), R282 (8%),R158 (6%) and G245 (6%). There were 82% missense mutations, 12% frameshift mutations and 4% nonsensemutations. Mutations mainly occured at guanine (48%) and cytosine (34%), 70% mutations were transitions, inwhich 36% were G→A transitions; 30% were transversions, in which 10% were C→ T transversions. 70%mutations appeared in consensus sequence of gene.Key words: p53 mutation, direct sequencing, colorectal cancer.ĐẶT VẤN ĐỀUng thư là bệnh di truyền tế bào do hàng loạtcác biến ñổi vật liệu di truyền ở tế bào gây ra, chủyếu là ñột biến gen. Riêng ở bệnh ung thư ñại - trựctràng, có khoảng 85% các khối u ñại - trực tràng(ĐTT) ñược hình thành theo con ñường mất ổn ñịnhnhiễm sắc thể (CIN). Theo ñó, hàng loạt ñột biếnñược tích lũy và diễn ra theo một thứ tự, khởi ñầu làcác biến ñổi xảy ra trên gen Apc, gen Kras, Dcc,Smad và sau ñó là ñột biến gen p53 và các biến ñổinhiều gen khác. Đặc biệt, khi mới xuất hiện các ñộtbiến Apc hay Kras ở giai ñoạn ñầu của bệnh ung thưñại - trực tràng, tế bào ñã có sự biểu hiện vượt mứcprotein p53(2,7). Nhờ ñó, ñột biến gen p53 cũng ñượcxem là dấu hiệu tiên lượng xấu của bệnh ung thư ñại- trực tràng ở giai ñoạn sau(2). Gen p53 có 11 exon,689Chuyên ñề Ung Bướu***Đại học Y dược TP. HCM; Đại học Khoa học tự nhiên TP. HCMĐịa chỉ liên lạc: BS. Phùng Ngọc Thùy Linh. Email: pntlinh0207@gmail.comNghiên cứu Y họcY Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 14 * Phụ bản của Số 4 * 2010trong ñó exon 2-11 mã hóa protein dài 393 acidamin. Các nghiên cứu trước ñây cho rằng ña số ñộtbiến p53 xuất hiện trong vùng gen bảo tồn cao quaquá trình tiến hóa và có chức năng quan trọng, chủyếu trong exon 5-8 từ acid amin thứ 126 - 306(8). Vìvậy, ña số các nghiên cứu về ñột biến p53 thườnggiới hạn trong phạm vi vùng exon 5-8(3,11).TheoThierry Soussi (2007), ở các nước phát triển thì tỉ lệñột biến gen p53 của ung thư ñại - trực tràng làkhoảng 45%, còn ở các nước ñang phát triển thì tỉ lệnày thấp hơn(10), trong ñó các ñột biến ở exon 5-8chiếm tỉ lệ ñến 87%(3). Ở Việt Nam, theo nghiên cứuở Bệnh viện 108 của Hoàng Kim Ngân và TrịnhTuấn Dũng năm 2007 thì tỉ lệ dương tính với khángnguyên của protein p53 ở ung thư ñại - trực tràng là54,55%(4), nhưng các số liệu về ñột biến gen p53 ởung thư ñại - trực tràng vẫn chưa ñư ...