Xác định hộp RpoS và RpoN ở vùng promoter của ổ gen mã hóa cho hệ thống bài xuất số 3 ở Burkholderia pseudomallei (B. pseudomallei) bằng sinh tin học

Bài viết trình bày xác định hộp RpoS và RpoN ở vùng promoter của ổ gen mã hóa cho hệ thống bài xuất số 3 ở Burkholderia pseudomallei (B. pseudomallei) bằng sinh tin học. Đối tượng – phương pháp nghiên cứu: Phần mềm DOOR và phần mềm HMMer 2.3.2. được sử dụng. Trình tự nhóm gene quan tâm và vùng promoter, truy xuất trên cơ sở dữ liệu NCBI.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Xác định hộp RpoS và RpoN ở vùng promoter của ổ gen mã hóa cho hệ thống bài xuất số 3 ở Burkholderia pseudomallei (B. pseudomallei) bằng sinh tin họcNghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 22 * Số 2 * 2018 XÁC ĐỊNH HỘP RPOS VÀ RPON Ở VÙNG PROMOTER CỦA Ổ GEN MÃ HÓA CHO HỆ THỐNG BÀI XUẤT SỐ 3 Ở BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (B. PSEUDOMALLEI) BẰNG SINH TIN HỌC Đường Thị Hồng Diệp*TÓM TẮT Mở đầu: Khả năng xâm nhập của Burkholderia pseudomallei vào tế bào ký chủ được giả thiết là phụ thuộcvào hệ thống bài xuất protein số 3 (T3SS3) mã hóa bởi ổ gene T3SS/bsa trên bộ gene vi khuẩn. Sự phiên mãcủa ổ gene này được điều hòa bởi các yếu tố phiên mã. Để bước đầu khảo sát yếu tố phiên mã nào tham gia vàoquá trình biểu hiện nhóm gene gây bệnh, sinh tin học đã được sử dụng để tìm vị trí có thể bám vào của các yếutố phiên mã trên vùng promoter của ổ gene T3SS/bsa. Mục tiêu: Phần mềm HMMer phiên bản 2.3.2, được sử dụng để xác định hộp RpoS và RpoN trên vùngpromoter của ổ gene (gene locus) mã hóa cho hệ thống bài xuất số 3 và ở từng operon của gene locus này ở vikhuẩn gây bệnh Melioidosis, Burkholderia pseudomallei. Đối tượng – phương pháp nghiên cứu: Phần mềm DOOR và phần mềm HMMer 2.3.2. được sử dụng.Trình tự nhóm gene quan tâm và vùng promoter, truy xuất trên cơ sở dữ liệu NCBI. Kết quả: Cả hộp RpoS và RpoN đều được tìm thấy ở vùng promoter của operon ID 111393 và ID 111394của T3SS/bsa gene locus, tuy nhiên với score khác nhau. Kết luận: Cả 2 yếu tố phiên mã RpoS và RpoN đều có khả năng tham gia vào quá trình điều hòa biểu hiệngene của ổ gene T3SS3 hay T3SS/bsa. Từ khóa: Burkholderia pseudomallei, hộp RpoS, hộp RpoN, HMMer, T3SS3ABSTRACT SEARCHING FOR RPOS AND RPON BOXES IN PROMOTER REGION OF BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI T3SS/BSA GENE LOCUS BY USING HMMER PROGRAM Duong Thi Hong Diep * Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Vol. 22 ‐ No 2‐ 2018: 208 ‐ 214 Objectives: Using bioinformatics (HMMer program) to predict the RpoS and RpoN box in promoterregion of T3SS of Burkholderia pseudomallei. Material and Method: Search B. pseudomallei T3SS3 locus in Gene bank (NCBI), build a training set ofconserved sequences among Gram-negative bacteria from the literature to input in to HMMer as a trainingset. Results: Both RpoS and RpoN boxes were found in promoter region of T3SS3 locus of B. pseudomalleibut with different score. Conclusion: RpoS and RpoN may involve in the gene expression regulation of T3SS3 in B. pseudomallei Key words: Burkholderia pseudomallei, RpoS box , RpoN box, HMMer, T3SS3. *Bộ môn Hóa Sinh, Khoa Y, Đại học Y Dược TP. HCM. Tác giả liên lạc: TS. Đường Thị Hồng Diệp ĐT: 0989369390 Email: diepdh@yahoo.com208Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 22 * Số 2 * 2018 Nghiên cứu Y họcĐẶT VẤN ĐỀ điều kiện khác nhau. Trong số đó RpoS được xem là yếu tố phiên mã chính điều hòa biểu Burkholderia pseudomallei (B. pseudomallei) là hiện gene ở điều kiện sống không thuận lợi,vi khuẩn Gram âm, tác nhân gây bệnh chính RpoS lại bị điều hòa bởi giai đoạn phátmelioidosis ở vùng nhiệt đới và cận nhiệt đới. triển, và được biểu hiện cao nhất khi vi khuẩnViệt nam cũng nằm trong số các nước có tỷ lệ đi vào giai đoạn ổn định (còn gọi là pha dừnglưu hành bệnh truyền nhiễm này. Phơi nhiễm hay stationary phase), khi thiếu nguồn carbonvới B. pseudomallei người dân có thể không có và stress oxy hóa. Có nhiều nghiên cứu và giảtriệu chứng, có triệu chứng nhiễm trùng da, thuyết đưa ra là RpoS còn có khả năng điều hòaviêm phổi hoặc thậm chí nhiễm trùng máu. biểu hiện gene gây bệnh ở vi khuẩn. Với mụcMột vài nghiên cứu đã chỉ ra rằng B. đích tìm hiểu xem có tồn tại những hộp RpoS ởpseudomallei có thể sống ký sinh nội bào, thậm vùng khởi động phiên mã của nhóm gene quanchí trong tế bào macrophage và có thể tồn tại tâm hay không, chúng tôi chọn phương pháptrong cơ thể người tới 60 năm sau mới phát sinh tin học (bioinformatics) để khảo sát bướcbệnh(4, 6, 7, 16). Giống như các vi khuẩn Gram âm đầu. Kết quả thu được sẽ giúp thiết kế thíkhác, sự phiên mã gene ở Burkholderia nghiệm trong lab kiểm chứng lại và mở rộngpseudomallei được bắt đầu khi phức hợp đa yếu nghiên cứu theo nhiều hướng khác nhau.tố RNA polymerase bám vào yếu tố phiên mã Ngoài RpoS thì khi tham khảo tài liệu chúng tôi(sigma factor). Yếu tố phiên mã bản chất là cũng thấy rằng ở B. pseudomallei còn có khảprotein, có chức năng nhận biết vị trí khởi động năng tồn tại yếu tố phiên mã ...