Xây dựng quy trình khuếch đại và giải trình tự gen APC

Nghiên cứu được thực hiện với mục tiêu nhằm xây dựng quy trình khuếch đại toàn bộ 15 exon của gen APC bằng phản ứng PCR và giải trình tự gen APC. DNA được tách chiết từ máu ngoại vi của 15 người khỏe mạnh. Các exon của gen được khuếch đại bằng 29 cặp mồi, sản phẩm PCR sau đó được giải trình tự bằng máy tự động. Kết quả được phân tích bằng phần mềm chuyên dụng.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Xây dựng quy trình khuếch đại và giải trình tự gen APCNghiêncứuYhọcYHọcTP.HồChíMinh*Tập18*Số4*2014XÂYDỰNGQUYTRÌNHKHUẾCHĐẠIVÀGIẢITRÌNHTỰGENAPCĐoànNamKhánh*,NguyễnNgọcMinh**,LêMinhKhôi**,NguyễnTrungTín**,ĐỗThịThanhThủy**,LêThịHươngLan***,NguyễnThịBăngSương**TÓMTẮTGiớithiệu:GenAPC(adenomatouspolyposiscoligene)làmộtgenứcchếkhốiugồm15exonnằmtạivịtrí5q21‐q22,sảnphẩmdịchmãcủagenlàproteinAPCdài2843acidamin.ProteinAPCvớivaitròchínhlàcôlậpcáchiệuứngkíchthíchtăngtrưởngcủaBeta‐cateninnhằmthúcđẩysựchếttheochươngtrìnhcủatếbào.NgườimanggenAPCbịđộtbiếnsẽdẫnđếnmộtsốbệnhliênquannhưbệnhđapolypđạitrựctràng,bệnhungthưhệtiêuhóa,cáctuyến,cáccơquan(não,gan,tuyếnthượngthận,tuyếntụy,tuyếngiáp,…)vàmộtsốbệnhbẩmsinhkhác.Mụctiêu:Xâydựngquytrìnhkhuếchđạitoànbộ15exoncủagenAPCbằngphảnứngPCRvàgiảitrìnhtựgenAPC.Đốitượngvàphươngpháp:DNAđượctáchchiếttừmáungoạivicủa15ngườikhỏemạnh.Cácexoncủagenđượckhuếchđạibằng29cặpmồi,sảnphẩmPCRsauđóđượcgiảitrìnhtựbằngmáytựđộng.Kếtquảđượcphântíchbằngphầnmềmchuyêndụng.Kếtquả:XâydựngthànhcôngquytrìnhPCRkhuếchđại15exoncủagenAPCvớinhiệtđộbắtcặptốiưulà59 C,độnhạycủaquytrìnhlà1ng/μL.SảnphẩmgiảitrìnhtựchokếtquảtươngđồngvớitrìnhtựgenAPCchuẩntrênNCBI.oKếtluận:XâydựngthànhcôngquytrìnhkhuếchđạivàgiảitrìnhtựtoànbộgenAPC.Từkhóa:genAPC,khuếchđạigen,quytrìnhgiảitrìnhtự.ABSTRACTESTABLISHPROTOCOLFORAMPLIFICATIONANDSEQUENCINGAPCGENEDoanNamKhanh,NguyenNgocMinh,LeMinhKhoi,NguyenTrungTin,DoThiThanhThuy,LeThiHuongLan,NguyenThiBangSuong*YHocTP.HoChiMinh*Vol.18‐No4‐2014:100‐106Introduction:APC(adenomatouspolyposiscoli)isatumorsuppressorgene.Itcontains15exonslocatingat 5q21‐q22. The 2843 amino‐acid APC protein plays an important role in regulating the Beta‐catein growthsignal factor and leads cells to normal apoptosis. Mutations in APC gene cause colorectal polyposis diseases,cancerdiseasesindigestivesystem,inEndocrineSystem(pancreas,thyroid,adrenalgland)andcancerinotherorgans(brain,liver,…).Aim:Establishprotocoltoamplifyall15exonsofAPCgenebyPCRmethod,thenidentifyallsequencesofAPCgene.ObjectsandMethods:DNAwasextractedfromperipheralbloodof15healthypeople.15exonsofAPCgenewereamplifliedby29pairsofprimer,thensequencedbyABIsystem.Resultswereanalysedbyspecialistsoftware.Results:PCRmethodforamplifying15exonsofAPCgenewasoptimizedwithannealingtemperatureat59 Candprotocolhassensitivityof1ng/μL.SequencingproductsareidenticaltostandardsequencedatabaseofAPCgenefromNCBIgenbank.o*KhoaSinhhọc,ĐạihọcQuốcgiaTP.HồChíMinh,**ĐạihọcYDượcTP.HồChíMinh,***KhoaHóasinh,BệnhviệnĐakhoaTrungươngTháiNguyênTácgiảliênlạc:TS.BS.NguyễnThịBăngSương, ĐT:0913281386,Email:suongnguyenmd@gmail.com100YHọcTP.HồChíMinh*Tập18*Số4*2014NghiêncứuYhọcConclusion:WehavesuccessfullyestablishedtheprotocolforamplifyingandidentifyingallsequencesofAPCgene.Keywords:APCgene,amplifygene,sequencingprotocol.việcchẩnđoánsớmđộtbiếngeneAPCsẽgiúpĐẶTVẤNĐỀngười bệnh, đặc biệt là người thân của bệnhGenAPC(adenomatouspolyposiscoligene)nhâncó thể chủ động trong việc thăm khámlà một genức chế khốiu có tổng cộng 15 exonđịnhkỳcácbệnhungthưliênquan(2,5).TheocơnằmtrêncánhdàicủaNSTsố5.TrongđóexonsởdữliệuvềcácđộtbiếngenAPCđượccôngbố15cókíchthướclớnnhất,baogồm6574bp(basehiệnnay,cókhoảng96%cácđộtbiếnlàđộtbiếnpair), chiếm 75% trình tự mã hóa protein củanhỏnằmrảiráctrêntoànbộchiềudàigen,tronggen. Gen APC tổng hợp protein APC dài 2843đócó38%làđộtbiếnđiểm.Vớicácđộtbiếnnhỏ,acid amin(2,3). Protein APC tham gia vào conxảy ra trên 1 exon, phương pháp hiệu quả vàđường truyền tín hiệu Wnt điều hòa quá trìnhchính xác nhật để xác định đột biến gen làphânchiatếbàovàđổimớitổchứcmô.Sựkếtphương pháp giải trình tự. Bằng cách sử dụnghợpgiữaproteinAPCvàbeta‐catenintrongconphảnứngPCRkhuếchđại15exoncủagenAPCđườngtínhiệunàysẽphânhủy,ứcchếvaitròvà kỹ thuật giải trình tự toàn bộ các exon này,của beta‐catenin, điều hòa quá trình phân chiachúngtôitiếnhànhchuẩnhóacácđiềukiệncầnvàhướngtếbàođếnsựchếttheochươngtrình(1).thiết để thực hiện đề tài: “Xây dựng quy trìnhViệcmấtchứcnăngcủaproteinAPCdođộtbiếnk ...