Báo cáo y khoa: 'NGHIÊN CứU PHáT HIệN GIảM ĐIềU HOà GEN TRONG MÔ UNG THƯ ĐạI TRựC TRàNG BằNG CÔNG NGHệ MICROARRAY'

Nghiên cứu tiến hành đánh giá và so sánh biểu hiện gen trên 62 mẫu mô từ bệnh nhân (BN) ung th- đại trực tràng (UTĐTT) đ-ợc xác chẩn qua sinh thiết sau phẫu thuật, trong đó có 39 mẫu mô ung th- và 23 mẫu mô tổ chức xa khối u. Tách chiết ARN tổng số từ mô ung th- và mô lành. cADN, ARN, đ-ợc tổng hợp, tinh sạch RNA sử dụng bộ kit Ambion Illumina TotalPrep ARN Amplification Kit theo quy trình của nhà sản suất. Lai cARN lên chip sử dụng Sentrix(R)BeadChip HumanRef-8_V2, Illumina, Mỹ, 22185...
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Báo cáo y khoa: "NGHIÊN CứU PHáT HIệN GIảM ĐIềU HOà GEN TRONG MÔ UNG THƯ ĐạI TRựC TRàNG BằNG CÔNG NGHệ MICROARRAY" NGHI£N CøU PH¸T HIÖN GI¶M §IÒU HOµ GEN TRONG M¤ UNG TH¦ §¹I TRùC TRµNG B»NG C¤NG NGHÖ MICROARRAY Hoµng V¨n L−¬ng*; TriÖu TiÕn Sang; TrÇn V¨n Khoa* NguyÔn Duy B¾c*; Lª Quang Minh** TãM T¾T Nghiªn cøu tiÕn hµnh ®¸nh gi¸ vµ so s¸nh biÓu hiÖn gen trªn 62 mÉu m« tõ bÖnh nh©n (BN) ung th− ®¹i trùc trµng (UT§TT) ®−îc x¸c chÈn qua sinh thiÕt sau phÉu thuËt, trong ®ã cã 39 mÉu m« ung th− vµ 23 mÉu m« tæ chøc xa khèi u. T¸ch chiÕt ARN tæng sè tõ m« ung th− vµ m« lµnh. cADN, ARN, ®−îc tæng hîp, tinh s¹ch RNA sö dông bé kit Ambion Illumina TotalPrep ARN Amplification Kit theo quy tr×nh cña nhµ s¶n suÊt. Lai cARN lªn chip sö dông Sentrix(R)BeadChip HumanRef-8_V2, Illumina, Mü, 22185 gen. Röa vµ ph¸t hiÖn tÝn hiÖu b»ng Stepavidin-Cy3. Scan h×nh ¶nh lai cARN trªn chip cña hÖ thèng trªn hÖ thèng Illumina Bead array reader, Bead Station 500X. Ph©n tÝch kÕt qu¶ b»ng phÇn mÒm Beadstudio V1.5.1.3 vµ phÇn mÒm trùc tuyÕn DAVID. So s¸nh biÓu hiÖn gen ®−îc gi÷a c¸c mÉu m« ung th− vµ mÉu m« xa tæ chøc ung th− - m« lµnh. KÕt qu¶ ph¸t hiÖn 43 gen gi¶m biÓu hiÖn ë m« ung th− so víi m« lµnh (p < 0,01). * Tõ khãa:Ung th− ®¹i trùc trµng; C«ng nghÖ microarray. STUDY ON DOWN-REGULATED GENES IN COLORECTAL CANCER TISSUE USING MICROARRAY TECHNOLOGY SUMMARY The study was carried out on 62 tissue samples, including 39 tumor tissue and 23 normal tissue samples from colorectal cancer patients, confirmed by biopsy analysis after operation. Total RNA were extracted from the 62 samples. cDNA, RNA, were syntherized and purified using Ambion Illumina TotalPrep RNA Amplification Kit, according to manufactures procedure. cRNA were hybridized with oligonucleotide probes on Sentrix(R)BeadChip HumanRef-8_V2, Illumina, USA, 22185 genes. After washing, signal was detected with Stepavidin-Cy3. Scanning and getting image carried out on Illumina Bead array reader, Bead Station 500X. Analysis of the obtained data with Beadstudio V1.5.1.3 and online DAVID sofware. The rerults showed 43 down-regulated genes in tumor tissues in comparision with the normal ones of same type (p ≤ 0,01). * Key words: Colorectal cancer; Microarray technology. ®Õn 2002. N¨m 2002 c¶ n−íc cã 6.029 BN §ÆT VÊN §Ò míi m¾c UT§TT. Trong nh÷ng n¨m gÇn ®©y tû lÖ míi m¾c ung th− ®¹i -trùc trµng (UT§TT) t¨ng nhanh Lµ mét bÖnh diÔn biÕn thÇm lÆng, triÖu ë n−íc ta tõ 9,2 lªn 11, 8/100.000 ë nam giíi trøng nghÌo nµn vµ th−êng lÉn víi c¸c triÖu vµ tõ 6, 4 lªn 8,3/100.000 ë n÷ giíi tõ 1990 trøng rèi lo¹n c¬ n¨ng vµ thùc thÓ cña c¸c * Häc viÖn Qu©n y ** BÖnh viÖn Đa khoa tỉnh Hà Nam bÖnh lý ®−êng tiªu ho¸ kh¸c nªn Ýt ®−îc chó Ph¶n biÖn khoa häc:TS. TrÇn V¨n Khoa ý, dÔ bá qua, biÓu hiÖn râ h¬n khi bÖnh ®· nÆng. MÆc dï hiÖn nay cã nhiÒu ph−¬ng ph¸p chÈn ®o¸n hiÖn ®¹i, nh−ng tû lÖ ph¸t BeadChip HumanRef-8_V2, Illumina, Mü.). hiÖn UT§TT sím vÉn rÊt thÊp. ThiÕt bÞ m¸y mãc: m¸y nh©n gen ABI, 9700, Bead array 500X, Illumina. ë n−íc ta, cho ®Õn nay míi chØ ®Ò cËp ®Õn biÕn ®æi mét vµi gen riªng lÎ, ch−a cã 3. Ph−¬ng ph¸p nghiªn cøu. mét c«ng tr×nh nµo nghiªn cøu c¸ch cã hÖ Ph−¬ng ph¸p t¸ch chiÕt ARN tæng sè tõ thèng vµ ®Çy ®ñ vÒ biÕn ®æi gen trong m« sö dông bé kit t¸ch chiÕt ARN cña h·ng UT§TT còng nh− mèi liªn quan cña biÕn ®æi Ambion, theo quy tr×nh cña nhµ s¶n suÊt. nµy víi ®Æc ®iÓm l©m sµng, néi soi, m« Qu¸ tr×nh nghiÒn mÉu ®−îc tiÕn hµnh b»ng bÖnh häc. XuÊt ph¸t tõ thùc tÕ ®ã chóng t«i m¸y nghiÒn ®ång thÓ trong nit¬ láng. Dông tiÕn hµnh ®Ò tµi nµy nh»m môc tiªu: cô tr−íc khi dïng ®−îc tr¸ng c¸c dung dÞch Kh¶o s¸t sù biÓu hiÖn cña c¸c gen trong n−íc kh«ng cã ADNase, ARNase, dung dÞch genome ng−êi trong tæ ë UT§TT b»ng kü chèng ARNase DETC, NaOH 0,1M vµ EDTA thuËt microarray. 1M. Tæng hîp, tinh s¹ch cADN, phiªn m· sang ARN, tinh s¹ch ARN sö dông bé kit §èI T¦îNG Vµ PH¦¥NG PH¸P Ambion Illumina TotalPrep ARN Amplification NGHI£N CøU Kit theo quy tr×nh cña nhµ s¶n suÊt. Qu¸ tr×nh tæng hîp nãi trªn thùc hiÖn trªn hÖ 1. §èi t−îng nghiªn cøu. thèng m¸y nh©n gen ABI 9700. Bao gåm Tõ 1 - 2008 ®Õn 12 - 2009 nghiªn cøu tæng hîp sîi thø nhÊt sö dông l−îng RNA trªn 62 mÉu m« gåm 39 mÉu tæ chøc ung mÉu 50 - 500ng ë ®iÒu kiÖn 420C trong 2 th− vµ 23 mÉu tæ chøc xa khèi u (m« lµnh). giê. Tæng hîp sîi thø hai trong ®iÒu kiÖn BN ®Òu ®−îc ®−îc kh¸m, néi soi, sinh thiÕt, 16C trong 2 giê. Tæng hîp cARN trong ®iÒu phÉu thuËt, xÐt nghiÖm m« bÖnh häc t¹i kiÖn 370C. Ngay sau khi kÕt thóc mçi b−íc, BÖnh viÖn K TW vµ chÈn ®o¸n x¸c ®Þnh lµ cho mÉu ngay vµo trong ®¸ vµ chuyÓn vµo U ...