Bước đầu phân tích dịch tễ học vi khuẩn gây bệnh gram âm bằng kỹ thuật sinh học phân tử

Nghiên cứu được thực hiện với mục tiêu bước đầu phân tích dịch tễ học phân tử vi khuẩn E. coli và Klebsiella pneumoniae ESBL trong số các vi khuẩn gây bệnh gram âm để chứng minh tình trạng nhiễm chéo.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Bước đầu phân tích dịch tễ học vi khuẩn gây bệnh gram âm bằng kỹ thuật sinh học phân tử Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 15 * Phụ bản của Số 1 * 2011 BƯỚC ĐẦU PHÂN TÍCH DỊCH TỄ HỌC VI KHUẨN GÂY BỆNH GRAM ÂM BẰNG KỸ THUẬT SINH HỌC PHÂN TỬ Nguyễn Trọng Hiệp*, Nguyễn Hoàng Thu Trang*, Bùi Tùng Hiệp** TÓM TẮT Mở đầu: Nghiên cứu gần đây tại Việt Nam cho thấy hiện tượng sinh enzym β-lactamase phổ rộng (ESBL) ngày càng phổ biến trên vi khuẩn đường ruột và đang lan ra những vi khuẩn Gram âm khác. Mặt khác, nhiễm trùng bệnh viện và tình trạng nhiễm chéo là cặp bài trùng luôn song hành với nhau. Tuy nhiên ở Việt Nam chưa có nhiều nghiên cứu tỉ lệ nhiễm chéo các vi khuẩn gây bệnh qua phân tích dịch tễ học phân tử, phương pháp nghiên cứu đã được áp dụng hữu hiệu ở các nước phát triển để kiểm sóat nguy cơ này. Mục tiêu: Bước đầu phân tích dịch tễ học phân tử vi khuẩn E. coli và Klebsiella pneumoniae ESBL trong số các vi khuẩn gây bệnh Gram âm để chứng minh tình trạng nhiễm chéo. Phương pháp: Vi khuẩn thu thập được từ bệnh phẩm nước tiểu, máu, đàm, dịch phế quản, … được phân lập trên các môi trường chuyên biệt và định danh bằng các phản ứng sinh hóa. Thử nghiệm bằng phương pháp đĩa giấy kháng sinh kết hợp hiệp lực để sàng lọc vi khuẩn ESBL. Các chủng vi khuẩn E. coli và K. pneumoniae sinh ESBL được tiến hành kỹ thuật ERIC-PCR với mồi ERIC để xác định tỉ lệ nhiễm chéo, gồm ERIC-2 (5'AAG TAA GTG ACT GGG GTG AGC G-3') và ERIC-1026 (5'-TAC ATT CGA GGA CCC CTA AGT G-3'). Sản phẩm khuếch đại được điện di trên gel agarose và phân tích số lượng và kích thước các băng DNA thu được. Kết quả: 494 chủng vi khuẩn thu được năm 2009 từ 448 bệnh nhân tại bệnh viện Chợ Rẫy TP. HCM năm 2009, 351 chủng là vi khuẩn Gram âm là (71%). Tỉ lệ vi khuẩn có kiểu hình ESBL là 28,8% (101/351 chủng). Họ vi khuẩn đường ruột chiếm đến 81,1% các chủng ESBL (89/101 chủng), với đa số là E. coli và K. pneumoniae, tỉ lệ lần lượt là 36 chủng (40,4%) và 25 chủng (28,1%). Với kỹ thuật ERIC-PCR, các chủng E. coli và K. pneumoniae ESBL được xác định tỉ lệ nhiễm chéo cho thấy ở E. coli có tỉ lệ nhiễm chéo là 52,7% (19/36 chủng) với 7 type phụ, trong đó có 1 type phụ gây nhiễm chéo ra 9 chủng. Ở K. pneumoniae, tỉ lệ nhiễm chéo là 48% (12/25 chủng), có 4 type phụ gây nhiễm chéo. Như vậy bước đầu khảo sát với 2 loài vi khuẩn E. coli và K. pneumoniae, tỉ lệ nhiễm chéo đã rất cao, xác định được là 50,8%. Kết luận: Trong nghiên cứu của chúng tôi, bước đầu khảo sát trên 2 lòai vi khuẩn E. coli và K. pneumoniae ESBL, đã cho thấy tỉ lệ nhiễm chéo là từ gấp rưỡi đến gần gấp đôi so với các nghiên cứu nước ngoài. Kết quả này thật sự nghiêm trọng với việc điều trị tại bệnh viện vì các vi khuẩn ESBL đều đa đề kháng với nhiều kháng sinh thông dụng. Từ khóa: Vi khuẩn gây bệnh Gram âm, Họ vi khuẩn đường ruột, enzym β-lactamase phổ rộng, PCR trình tự chung xen kẽ lặp của vi khuẩn đường ruột (ERIC-PCR), nhiễm chéo **Bệnh viện cấp cứu Trưng Vương, TP. HCM *Khoa Dược- ĐH Y Dược TP HCM, TP. HCM Tác giả liên hệ: TS. Nguyễn Trọng Hiệp ĐT: 0907429991 Email: ntronghiep@yahoo.com 258 Chuyên Đề Dược Khoa Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 15 * Phụ bản của Số 1 * 2011 Nghiên cứu Y học ABTRACT PRELIMINARY EPIDEMIOLOGICAL ANALYSIS OF PATHOGENIC GRAM-NEGATIVE ISOLATES BY MOLECULAR BIOLOGY TECHNIQUE Nguyen Trong Hiep, Nguyen Hoang Thu Trang, Bui Tung Hiep * Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Vol. 15 - Supplement of No 1 - 2011: 258 - 264 Background: In Vietnam, recent studies show the emergence of extended-spectrum ß-lactamases (ESBLs) producing organisms along with multiple resistant isolates pose a serious problem in the hospital setting, ESBLproducing bacteria are frequently in the Enterobacteriaceae family and spread other Gram-negative bacteria. Moreover, nosocomial infections and the cross-transmission are always being together. However, there was not studied about the cross-transmission rates among bacterial pathogens by using molecular epidemiological analysis in Vietnam. This method is very common in the developed countries in order to control the crosstransmission. Objectives: To analyse the molecular epidemiology of E. coli and Klebsiella pneumoniae ESBL among pathogenic Gram-negative isolates for the cross-transmission. Method: The bacterial strains were isolated from urine, blood, sputum, bronchial aspiration, abdominal liquid and cerebrospinal fluid. The double disk synergy test was performed to screen ESBL strains. E. coli and K. pneumoniae ESBL isolates were realized the ERIC-PCR with ERIC primers: ERIC-2 (5'-AAG TAA GTG ACT GGG GTG AGC G-3') and ERIC-1026 (5'-TAC ATT CGA GGA CCC CTA AGT G-3'). The amplified products were electrophoresed on agarose gel, the profiles were analyzed on the number and the size of DNA bands. Results: 494 clinical isolates obtained in 2009 from 448 patients in Cho Ray hospital of HCM city, 351 strains were Gram-negative bacteria (71%). ESBL phenotypes occupied 28.8% (101/351 Gram-negative strains). ESBL isolat ...