Bước đầu ứng dụng kĩ thuật sinh học phân tử để đánh giá sự lưu hành của một số chủng Pseudomonas Aeruginosa và Staphilococcus Aureus gây nhiễm trùng bệnh vi

Trong nghiên cứu này, từ các 4 chủng P. aeruginosa và 4 chủng S. aureus đã được phân lập tại bệnh viện Đa khoa Trung ương Thái Nguyên, chúng tôi tiến hành phân tích sự tương đồng trong cấu trúc genome giữa các chủng của mỗi loài bằng kỹ thuật RAPD nhằm xác định sơ bộ xem thực chất có bao nhiêu chủng khác nhau về cấu trúc di truyền trong số các chủng được phân lập.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Bước đầu ứng dụng kĩ thuật sinh học phân tử để đánh giá sự lưu hành của một số chủng Pseudomonas Aeruginosa và Staphilococcus Aureus gây nhiễm trùng bệnh vi Nguyễn Phú Hùng và cs Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ 64(02): 91 - 96 BƢỚC ĐẦU ỨNG DỤNG KĨ THUẬT SINH HỌC PHÂN TỬ ĐỂ ĐÁNH GIÁ SỰ LƢU HÀNH CỦA MỘT SỐ CHỦNG PSEUDOMONAS AERUGINOSA VÀ STAPHILOCOCCUS AUREUS GÂY NHIỄM TRÙNG BỆNH VIỆN TẠI BỆNH VIỆN ĐA KHOA TRUNG ƢƠNG THÁI NGUYÊN Nguyễn Phú Hùng , 2Nguyễn Đắc Trung Trường Đại học Khoa học – ĐH Thái Nguyên, 2 Trường Đại học Y-Dược- ĐH Thái Nguyên) 1 1 TÓM TẮT Ứng dụng các kỹ thuật sinh học phân tử là phƣơng pháp có hiệu quả cao trong việc đánh giá bản chất di truyền và định loại vi sinh vật. Các phƣơng pháp này ngày càng đƣợc sử dụng rộng rãi trong các nghiên cứu y sinh học, kiểm soát sự lƣu hành của các vi sinh vật gây bệnh. Trong nghiên cứu này, từ các 4 chủng P. aeruginosa và 4 chủng S. aureus đã đƣợc phân lập tại bệnh viện Đa khoa Trung ƣơng Thái Nguyên, chúng tôi tiến hành phân tích sự tƣơng đồng trong cấu trúc genome giữa các chủng của mỗi loài bằng kỹ thuật RAPD nhằm xác định sơ bộ xem thực chất có bao nhiêu chủng khác nhau về cấu trúc di truyền trong số các chủng đƣợc phân lập. Sau đó, tiến hành nhân gen 16S - rRNA của các chủng bằng kỹ thuật PCR nhằm phục vụ cho việc đọc trình tự và định tên chủng bằng phân loại học phân tử . Kết quả, bằng kỹ thuật RAPD với việc sử dụng các mồi ngẫu nhiên khác nhau, chúng tôi đã xác định đƣợc có thể có 2 chủng P. aeruginosa và 3 chủng S. aureus khác nhau có mặt trong số các chủng phân lập tại bệnh viện. Bằng kỹ thuật PCR, chúng tôi đã khuếch đại thành công đoạn gen mã hóa cho 16S - rRNA thuộc các chủng đã đƣợc xác định. Từ khóa: Tương đồng di truyền, RAPD, PCR, Nhiễm trùng bệnh viện. ĐẶT VẤN ĐỀ Nhiễm trùng bệnh viện (NTBV) là trƣờng hợp nhiễm trùng mắc phải trong bệnh viện khi nằm điều trị, làm việc hoặc chăm sóc bệnh nhân. Theo thống kê, số ngƣời bị mắc NTBV ngày càng tăng, không chỉ riêng ở các bệnh viện Việt Nam mà đây còn là thực trạng chung đối với nhiều bệnh viện trên thế giới. Các tác nhân gây NTBV thƣờng là các vi sinh vật nhƣ vi khuẩn, virus, các loại ký sinh trùng và nấm. Khoảng 90% trong số đó là vi khuẩn. Trong đó, Pseudomonas aeruginosa và Staphylococcus aureus đƣợc đánh giá là các đối tƣợng gây NTBV hàng đầu và rất nguy hiểm. Nhiễm trùng do P. aeruginosa và S. aureus rất khó điều trị vì chúng có khả năng đề kháng cao với các loại thuốc sát khuẩn cũng nhƣ hầu hết các loại kháng sinh thông dụng. Đây là các loại vi khuẩn có độc lực cao và gây nhiễm trùng cơ hội nguy hiểm. Vì vậy, công tác đánh giá sự lƣu hành của các vi sinh vật gây NTBV nói chung, của P. aeruginosa và S. aureus nói riêng là vấn đề đặc biệt quan trọng đối với tất cả các bệnh viện trên toàn thế giới. Tại Việt Nam, vấn đề này cũng đang là mối * * Tel: 0914791904, Email: hungnguyenphu@gmail.com quan tâm hàng đầu. Trong bài báo này chúng tôi đã bƣớc đầu ứng dụng một số kỹ thuật sinh học phân tử nhƣ RAPD và PCR để kiểm soát các vi sinh vật gây NTBV - P. aeruginosa và S. aureus tại bệnh viện ĐKTW Thái Nguyên. NGUYÊN LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Nguyên liệu nghiên cứu là các chủng P. aeruginosa (Pa 34, Pa 45, Pa 47 và Pa 63) và S. aureus (Sa 54, Sa 217.1, Sa 411 và Sa 220) đƣợc phân lập từ bệnh phẩm của các bệnh nhân bị nhiễm trùng bệnh viện tại bệnh viện ĐKTW Thái Nguyên do Bộ môn Vi sinh vật Bệnh viện ĐKTW Thái Nguyên cung cấp. Hóa chất dùng cho tách chiết DNA tổng số và các loại hóa chất chuyên dụng dùng cho các kỹ thuật sinh học phân tử có chất lƣợng tốt, do các hãng có uy tín cung cấp. Phương pháp nghiên cứu bao gồm phƣơng pháp tách chiết DNA tổng số từ các chủng vi khuẩn làm nguyên liệu cung cấp cho các phản ứng RAPD để phân tích sự tƣơng đồng trong cấu trúc genome của các chủng vi khuẩn sau đó tiến hành PCR nhân đoạn gen mã hóa cho 16S - rRNA với cặp mồi đặc hiệu. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Phân tích sự tƣơng đồng trong cấu trúc genome giữa cá chủng bằng kỹ thuật RAPD 91 Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.Lrc-tnu.edu.vn Nguyễn Phú Hùng và cs Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ Đối với nhiễm trùng bệnh viện do trực khuẩn P. aeruginosa và vi khuẩn S. aureus, điều đáng lo ngại nhất là các đối tƣợng vi sinh vật này có tính biến chủng mạnh với khả năng kháng thuốc rất cao. Với mục đính xác định sơ bộ xác định sơ bộ xem các chủng nghiên cứu đƣợc phân lập tại bệnh viện Đa khoa Trung ƣơng Thái Nguyên thực chất là thuộc một hay nhiều chủng khác nhau, chúng tôi đã sử dụng phƣơng pháp phân tích sự tƣơng đồng trong cấu genome bằng kỹ thuật RAPD với 5 mồi ngẫu nhiên: RA36, RA40, RA45, RA142 và RA143. Các phân đoạn ngẫu nhiên bằng kỹ thuật RAPD đƣợc điện di trên gel agarose 2%. Kết quả điện di sản phẩm RAPD cho thấy: Đối với tất cả các chủng P. aeruginosa đều xuất hiện các phân đoạn đƣợc nhân lên giống nhau khi tiến hành nhân bản với các mồi RA40, RA45, RA142 và RA143. Riêng đối với mồi RA36, kết cho thấy có sự khác biệt trong cấu trúc ...