Bước đầu xác định Duck circovirus ở vịt tại Hà Nội

Mục đích của nghiên cứu này là xác định sự hiện diện và đặc điểm sinh học phân tử của một số chủng duck circovirus ở vịt tại Hà Nội. Tổng cộng 31 mẫu gộp gồm não, tim, gan, lách, phổi và túi Fabricius được thu thập từ 7 trang trại vịt trên địa bàn các Huyện Thường Tín, Ứng Hòa và Phú Xuyên từ tháng 4 đến tháng 6 năm 2021.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Bước đầu xác định Duck circovirus ở vịt tại Hà Nội Vietnam J. Agri. Sci. 2022, Vol. 20, No. 2: 140-146 Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam 2022, 20(2): 140-146 www.vnua.edu.vn Đồng Văn Hiếu*, Trần Thị Hương Giang, Đồng Thị Hồng Nhung, Lê Văn Phan, Dương Văn Nhiệm, Lại Thị Lan Hương, Lê Huỳnh Thanh Phương, Nguyễn Thị Lan Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam * Tác giả liên hệ: dvhieuvet@vnua.edu.vn Ngày nhận bài: 05.07.2021 Ngày chấp nhận đăng: 10.01.2022 TÓM TẮT Mục đích của nghiên cứu này là xác định sự hiện diện và đặc điểm sinh học phân tử của một số chủng duck circovirus ở vịt tại Hà Nội. Tổng cộng 31 mẫu gộp gồm não, tim, gan, lách, phổi và túi Fabricius được thu thập từ 7 trang trại vịt trên địa bàn các Huyện Thường Tín, Ứng Hòa và Phú Xuyên từ tháng 4 đến tháng 6 năm 2021. Mẫu được thu thập từ các vịt có biểu hiện nghi mắc bệnh gây ra do duck circovirus. Phương pháp polymerase chain reaction được sử dụng để phát hiện genome của virus. Các mẫu dương tính được lựa chọn giải trình tự một phần khung đọc mở (open reading frame) 1. Kết quả cho thấy, genome của virus được xác định trong 22 mẫu (70,97%) trong tổng số 31 mẫu nghiên cứu. Có 6/7 (85,71%) số trại cho kết quả dương tính. Kết quả phân tích trình tự gen cho thấy, tỉ lệ tương đồng nucleotide giữa 3 chủng virus trong nghiên cứu này dao động từ 99,48% đến 99,87%. Kết quả phân tích cây phả hệ thể hiện rằng, các chủng virus trong nghiên cứu này cùng thuộc genotype 1 và có mối quan hệ di truyền gần với các chủng virus ở Trung Quốc. Từ khóa: Genotype, duck circovirus, Hà Nội, PCR, vịt. Prelimilary Detection of Duck Circovirus from Ducks Farmed in Hanoi ABSTRACT The purposes of this study were to investigate duck circovirus infection and characterize some duck circovirus strains from ducks in Ha Noi. A total of 31 pool tissue samples including brain, heart, liver, spleen, lung, and the bursa of Fabricius, were collected from duck flocks farmed in Thuong Tin, Ung Hoa, and Phu Xuyen districts during April to June of 2021. All samples were collected from clinically suspected focks and diseased ducks. Polymerase chain reaction was used to detect the viral genome. The positive samples were forwarded to sequencing the partial open reading frame 1. The viral genome was detected in 22 out of 31 (70.97%) samples. Of the 7 duck farms examined, 6 flocks (85.71%) were positive for the viral genome. Genetic analysis indicated that nucleotide identity ranged from 99.48% to 99.87% among the three viral strains in this study. Phylogenetic analysis revealed that the three viral strains obtained belonged to genotype 1 and genetically related to the Chinese strains. Keywords: Duck, duck circovirus, genotype, Ha Noi, PCR. 140 Đồng Văn Hiếu, Trần Thị Hương Giang, Đồng Thị Hồng Nhung, Lê Văn Phan, Dương Văn Nhiệm, Lại Thị Lan Hương, Lê Huỳnh Thanh Phương, Nguyễn Thị Lan -  ™ µ  µ µ µ µ µ µ 141 Bước đầu xác định duck circovirus ở vịt tại Hà Nội     ™ -      Mục đích Tên mồi Trình tự (5' - 3') Sản phẩm PCR (bp) Tài liệu tham khảo PCR DuCV-3F CCCGCCGAA AACAAG TATTA 230 Fringuelli & cs. (2005 ) DuCV-3R TCGCTCTTGTACCAATCACG Giải trình tự gen DuCV-4F CGCCTCCGTCACCTGATCGT 802 Trong nghiên cứu này DuCV-4R CATTACGGCATGGGCATGAG 142 Đồng Văn Hiếu, Trần Thị Hương Giang, Đồng Thị Hồng Nhung, Lê Văn Phan, Dương Văn Nhiệm, Lại Thị Lan Hương, Lê Huỳnh Thanh Phương, Nguyễn Thị Lan 143 Đồng Văn Hiếu, Trần Thị Hương Giang, Đồng Thị Hồng Nhung, Lê Văn Phan, Dương Văn Nhiệm, Lại Thị Lan Hương, Lê Huỳnh Thanh Phương, Nguyễn Thị Lan Theo cá thể Theo trại Địa phương Số mẫu kiểm tra Số mẫu dương tính Tỉ lệ (%) Số mẫu kiểm tra Số mẫu dương tính Tỉ lệ (%) Phú Xuyên 13 9 69,23 3 2 66,67 Thường Tín 6 4 66,67 2 2 100 Ứng Hòa 12 9 75,00 2 2 100 Tổng 31 22 70,97 7 ...