Đa dạng di truyền nguồn gen giống lợn ngoại nuôi tại Việt Nam

Nghiên cứu này tiến hành phân tích đa hình di truyền các gen liên quan tính trạng kinh tế H-FABP (Heart Fatty Acid Binding Protein gene), LIF (Leukocyte Inhibitory Factor gene), MYOG (Myogenin gene), RYR1 (Ryanodine Receptor 1 gene) bằng phương pháp PCR-RFLP trên đối tượng là dòng lợn lai 2 máu Yorkshire x Landrace được nuôi tại Trại Chăn nuôi thực nghiệm Hòa An thuộc Đại học Cần Thơ.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Đa dạng di truyền nguồn gen giống lợn ngoại nuôi tại Việt NamHỘI NGHỊ KHOA HỌC TOÀN QUỐC VỀ SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT LẦN THỨ 4ĐA DẠNG DI TRUYỀN NGUỒN GEN GIỐNG LỢN NGOẠI NUÔI TẠI VIỆT NAMTẠ THỊ LOAN, NGUYỄN THỊ DIỆU THÚYViện Công nghệ Sinh họcNGUYỄN GIANG SƠNViện Sinh thái và Tài nguyên sinh vậtĐỖ VÕ ANH KHOATrường Đại học Cần ThơLợn là vật nuôi chiếm tỷ trọng cao trong ngành chăn nuôi ở Việt Nam với số lượng đànkhoảng 12 triệu con. Các giống lợn nội rất đa dạng, chiếm tới 60 - 90% về số lượng do chúngthích nghi với điều kiện khí hậu nhiệt đới và điều kiện chăn nuôi của vùng nông thôn nghèo. Hiệnnay các giống lợn nhập nội, chủ yếu là lợn Yorkshire và lợn Landrace, đang được nuôi phổ biến ởnước ta với những ưu điểm như tốc độ sinh trưởng nhanh, tỷ lệ nạc cao (45-55%). Các chươngtrình cải tạo nguồn gen bằng chọn lọc hình thái truyền thống kết hợp với sự hỗ trợ của các chỉ thịdi truyền liên quan đến các tính trạng có giá trị kinh tế như: chất lượng thịt, tốc độ tăng trưởng, sốlượng con sinh ra/lứa đã mang lại những lợi ích đáng kể cho ngành chăn nuôi lợn. Khá nhiều côngtrình nghiên c ứu đánh giá mức độ đa hình nguồn gen liên quan tính trạng có giá trị kinh tế ở giốnglợn nội Việt Nam đã được tiến hành (Nguyễn Ngọc Tuân và cs., 1999; Nguy ễn Văn Cường và cs.,2003; Nguyễn Vân Anh và cs., 2005; Nguyễn Thu Thúy và cs., 2005a, b). Với mục đích xác địnhsự tương quan giữa đa hình gen với một số tính trạng có giá trị kinh tế, tạo cơ sở khoa học để chọnlọc đàn giống lợn nhập ngoại, nghiên cứu này tiến hành phân tích đa hình di truyền các gen liênquan tính trạng kinh tế H-FABP (Heart Fatty Acid Binding Protein gene), LIF (LeukocyteInhibitory Factor gene), MYOG (Myogenin gene), RYR1 (Ryanodine Receptor 1 gene) bằngphương pháp PCR-RFLP trên đối tượng là dòng lợn lai 2 máu Yorkshire x Landrace được nuôi tạiTrại Chăn nuôi thực nghiệm Hòa An thuộc Đại học Cần Thơ.I. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU33 mẫu mô tai của lợn đực thuộc nhóm lai 2 máu Yorkshire x Landrace (YL) t ừ nguồn gốc 14mẹ khác nhau, có khối lượng 33 ± 4,02 kg, được thu từ Trại Chăn nuôi thực nghiệm Hòa An, Đạihọc Cần Thơ. Lợn. ADN hệ gen được tách chiết từ các mẫu theo phương pháp của Ausubel (1995).Cặp mồi nhân đặc hiệu các đoạn gen H-FABP, LIF, MYOG, RYR1 được thiết kế dựa trêncơ sở các trình tự gen đã được công bố trên Genbank, có trình tự thể hiện ở Bảng 1.Bảng 1Trình tự mồi đặc hiệu các genGenH-FABPLIFMYOGRYR1Mồi xuôi (F)/ Mồi ngược (R) [5’-3’]F: ATT GCC TTC GGT GTG TTT GAGR: TCA GGA ATG GGA GTT ATT GGF: ATG TGG ATG TGG CCT ACG GR: GGG AAC AAG GTG GTG ATG GF: TCA GGA AGA ACT GAA GGC TGR: GTT TCC TGG GGT GTT GCF: GTT TGC CAC AGG TCC TAC CAR: ATT CAC CGG AGT GGA GTC TCKích thước sản phẩm PCR [bp]816407353656697HỘI NGHỊ KHOA HỌC TOÀN QUỐC VỀ SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT LẦN THỨ 4Thành phần và chu trình nhiệt PCR nhân bản các đoạn gen đích trình bày ở BảngBảng 3.2 vàBảng 2Thành phần hỗn hợp PCRThể tích [µl]Thành phầnTaq DNA polymerase 5UBuffer 10xMgCl2 25 mMdNTPs 2,5 mMPrimer F 5 mMPrimer R 5 mMH2ODNA templateH-FABPLIFMYOGRYR11,02,52,02,01,01,014,51,01,02,00,52,01,01,011,51,01,02,52,02,01,01,014,51,01,02,51,52,01,01,014,02,0Bảng 3Chu trình nhiệt PCRBướcNhiệt độ [°C] - Thời gian [phút]H-FABPLIFMYOGRYR194 - 496 - 394 - 495 - 4Biến tính94 - 0,7596 - 0,594 - 194 - 0,75Gắn mồi57 - 160 - 0,560 - 164 - 1Tổng hợp72 - 172 - 0,572 - 172 - 1Kết thúc72 - 1072 - 572 - 572 –10Giữ mẫu14 - ∞14 - ∞14 - ∞14 - ∞Biến tính ban đầuSố chu kì1351Sản phẩm PCR được cắt bằng enzyme giới hạn tương ứng gồm DraIII (LIF), HaeIII(H-FABP), Hin6I (RYR1), MspI (H-FABP và MYOG), điện di trên gel agarose 1,5%, nhuộmethidium bromide và soi dưới ánh sáng tử ngoại. Thành phần phản ứng cắt gồm 15,0 µl sảnphẩm PCR, 2,0 µl buffer 10x, 1,0 µl enzyme cắt giới hạn và 2,0 µl nước, ủ ở điều kiện 37°Ctrong 14 giờ.II. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU1. Đa hình đoạn gen H-FABPĐoạn gen H-FABP của các mẫu nghiên cứu đã được nhân thành công bằng kỹ thuật PCRbiểu thị là một băng điện di đặc hiệu có kích thước như thiết kế (816 bp) (Hình 1). Trên đoạngen này có 3 điểm đa hình tại vị trí nucleotide số 1489, 1556 được nhận biết do bị cắt bởienzyme MspI và vị trí 1811 do bị cắt bởi enzyme HaeIII, tương ứng các kiểu allele được trìnhbày trong Bảng 4. Sản phẩm cắt của các kiểu gen là tổ hợp các băng cắt của các allele tươngứng được trình bày đại diện cho một số mẫu nghiên cứu trong Hình 1.698HỘI NGHỊ KHOA HỌC TOÀN QUỐC VỀ SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT LẦN THỨ 4Bảng 4Các điểm đa hình trên đoạn gen H-FABP (6q21→q26, Y16180: 1401-2216)EnzymeMspIMspIMspIHaeIIIHaeIIITrình tựnhận biếtVị trí cắtĐộ dài sản phẩmsau cắt (bp)C↓CGGC↓CGGC↓CGGGG↓CCGG↓CCKhông14891489, 15561517, 1533, 18111517, 153381689/72767/89/66016/117/278/40516/117/683Vị trí ...