Đặc điểm phân bố các subtype HIV-1 tại Việt Nam

Bài viết nghiên cứu xác định các subtype HIV-1 bằng PCR đa mồi và giải trình tự của 720 mẫu trên các khu vực nghiên cứu, xác định được subtype của 679 mẫu, trong đó, chủ yếu là subtype CRF01-AE (98,53%), subtype B (1,33%), subtype CRF25_CPX (0,15%). Không xác định được subtype của 41 mẫu (5,69%). Sử dụng phương pháp PCR đa mồi đã tối ưu nhằm xác định các subtype HIV-1 tại Việt Nam có giá trị tương đương với phương pháp giải trình tự.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Đặc điểm phân bố các subtype HIV-1 tại Việt NamTẠP CHÍ Y - DƢỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 5-2013ĐẶC ĐIỂM PHÂN BỐ CÁC SUBTÝP HIV-1 TẠI VIỆT NAMPhạm Đức Minh*; Đặng Xuân Kiên*; Trần Văn Tuấn*TrÇn ThÞ Oanh**; Lê Bách Quang*TÓM TẮTNghiên cứu xác định các subtýp HIV-1 bằng PCR đa mồi và giải trình tự của 720 mẫu trên cáckhu vực nghiên cứu, xác định được subtýp của 679 mẫu, trong đó, chủ yếu là subtýp CRF01-AE(98,53%), subtýp B (1,33%), subtýp CRF25_CPX (0,15%). Không xác định được subtýp của 41 mẫu(5,69%). Sử dụng phương pháp PCR đa mồi đã tối ưu nhằm xác định các subtýp HIV-1 tại Việt Namcó giá trị tương đương với phương pháp giải trình tự.* Từ khóa: HIV-1; Phương pháp PCR đa mồi; Subtýp HIV; Ph©n bè.CHARACTERISTICS OF DISTRIBUTION OFSUBTyPe HIV-1 IN VIETNAMSummaryThe study identified the HIV-1 subtypes by mPCR and sequencing of 720 samples in the studyarea, the results showed the subtype of the 679 samples, which mainly subtype CRF01-AE(98.53%), subtype B (1.33%), subtype CRF25_CPX (0.15%). The subtype of 41 samples (5.69%)can not be identified. Optimal mPCR methods was used for identification of HIV-1 subtype inVietnam which is equivalent to the sequencing method.* Key words: HIV-1; mPCR; HIV subtype; Distribution.ĐẶT VẤN ĐỀHIV có 2 týp là HIV-1 và HIV-2, cả haitýp này đều lây truyền qua đường tình dục,đường máu và từ mẹ sang con. Riêng HIV1 có tính đa dạng di truyền cao và dễ dànglây lan nhanh trong cộng đồng. Các chủngcủa HIV-1 được phân thành 4 nhóm: M, N,O, P, trong đó, nhóm M chiếm đa số, đượcchia thành 10 phân týp, bao gồm: phân týpA, B, C, D, E, F, G, H, J và K và 49 dạng táitổ hợp (CRFs) [7] của các phân týp trên.Phân týp phân bố mang tính trội cho từngvùng địa lý khác nhau, mỗi phân týp lại có tínhtrội theo đường lây truyền nhất định. Ví dụ,ở Thái Lan, phân týp B trội ở những đốitượng tiêm chích ma túy, phân týp E trội ởtrường hợp lây nhiễm qua đường tình dục[6, 7]. Nghiên cứu sự phân bố các phân týpvà dạng tái tổ hợp của HIV-1 có giá trị tronggiám sát dịch tễ học ở tầm quốc gia và khuvực, góp phần xây dựng chiến lược dự phòng,phát triển vắcxin thích hợp cho từng khuvực, đối tượng, chế tạo kit chẩn đoán vàlựa chọn liệu pháp kháng virut đặc hiệu dohiệu quả của thuốc kháng virut khác nhauvới từng phân týp [1, 3, 6].* Học viện Quân y** Bộ Y tếNgười phản hồi (Corresponding): Phạm Đức Minhdminhphamduc@gmail.com33TẠP CHÍ Y - DƢỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 5-2013VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁPNGHIÊN CỨU1. Đối tượng nghiên cứu.- Đối tượng: 720 bệnh nhân (BN) từ cácTrung tâm Phòng chống HIV-AIDS của tỉnh,trại cai nghiện, Trung tâm Giáo dục Laođộng Xã hội (số 02, 05), bệnh viện tỉnh,thành phố đang điều trị HIV-1 của KhánhHòa, Đ¾k Lắk, TP. Hồ Chí Minh, Cần Thơ,Tây Ninh, Đà Nẵng, Hà Nội, Yên Bái, SơnLa, Lạng Sơn, Quảng Ninh và Nghệ An.- Bệnh phẩm: mẫu bệnh phẩm là mẫumáu từ các đối tượng nghiên cứu như trên.Chia mỗi mẫu bệnh phẩm để bảo quản theomáu toàn phần và buffy coat, bảo quản -800Ctrong các Eppendorf 1,5 ml vô trùng.- Mẫu chứng: những người không cóHIV-1 dương tính: 50 BN bị nhiễm HBVnhưng không nhiễm HIV-1 làm đối chứng(được xét nghiệm và đang điều trị ngoại trútại Bệnh viện 103, Học viện Quân y).2. Phương pháp nghiên cứu.sạch ADN bằng bộ kít QIAamp DNA MiniKit (QIAGEN).Các ADN mồi cho phản ứng mPCR để xácđịnh phân týp HIV (Fumihiro Y [3]), gồm:+ BECO5 (7938-7960 bp): 5’ GGCATCAAACAGCTCCAGGCAAG 3’+ BECO3 (8766-8791 bp): 5’AGCAAAGCCCTTTCTAAGCCCTGTCT3’+ BE-ANCH (7963-7985 bp): 5’TCCTGGCTGTGGAAAGATACCTA3’+ B-SPEC (8384-8403 bp): 5’GTCCCCTCGGGGCTGGGAGG 3’.+ E-SPEC (8585 bp) 5’ GTCTCAGTCCCTTGAGACTGCTG 3’.+ C-SPEC (8615-8638 bp): 5’ AGACCCCAATACTGCACAAGACTT 3’.+ F-SPEC (8720-8744 bp): 5’AACAGCTCTACCAGCTCTTTGCAAA 3’.+ 5’A (8094-8112 bp):5’ GANAACATGACCTGGCTGC 3’.3’A (8693-8716 bp): 5’TCTATAACCCTATCTGTCCAGCCA 3’.Cắt ngang và phân tích labo để tìm hiểuphân týp HIV-1.+ 5’E (8181-8207 bp): 5’CAGGAAAGGAATGAAAAGGATTTGTTA 3’.Xác định cỡ mẫu bằng phương phápdịch tễ học nghiên cứu tỷ lệ trong quần thể.3’E (8693-8713 bp): 5’ATAACCCTATCTGTCCACCCC 3’.Mẫu máu được chống đông, ly tâm táchhuyết tương, bảo quản lạnh, vận chuyển vềTrung tâm Nghiên cứu Y - Dược học Quânsự, Học viện Quân y. Tách khối bạch cầu,tách và tinh sạch ADN bằng bộ kít QIAampDNA Mini Kit (QIAGEN, Đức).+ 5’G (8131-8757 bp): 5’ACAATTACACATACCACATATACAGCC 3’.Sử dụng kỹ thuật mPCR xác định phântýp HIV [1, 2, 3]; kiểm chứng phân týp bằngkỹ thuật giải trình tự, đối chiếu với Genbank[7]. Tiến hành kỹ thuật nghiên cứu tại Trungtâm Nghiên cứu Y - Dược học Quân sự,Học viện Quân y.Thu thập mẫu máu của đối tượng HIV(+), sau đó tách khối bạch cầu, tách và tinh3’G (8694-8716 bp): 5’TCTATAACCCTATCTGTCCAGTT 3’.+ 5’D (8037-8058 bp): 5’ACCACTAATGTGCCCTGGAACT 3’.3’D (8356-8386 bp): 5’ AGGAGGGTCTGAAATGACAGA 3’.* Phương pháp mPCR xác định phân týpHIV-1 với ADN mồi khuếch đại vùng gen env(gp120 và gp41) tiến hành theo trình tự sau(cải tiến ...