Đặc trưng di truyền của chủng IHHNV phân lập tôm nuôi ở đồng bằng sông Cửu Long

Sự đa dạng di truyền của chủng IHHNV đã được xác định trên nhiều vùng địa lý khác nhau trên thế giới. Trong nghiên cứu này, khi phân tích và giải trình tự gen IHHNV trên những mẫu tôm sú nuôi ở Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) cho thấy đã có sự hiện diện chủng virus IHHN type A không lây bệnh, đoạn gen khuếch đại 1100 bp của chủng này có độ tương đồng rất cao với đoạn gen chủng IHHNV type A phân lập ở Úc và Mandagasca là 100%.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Đặc trưng di truyền của chủng IHHNV phân lập tôm nuôi ở đồng bằng sông Cửu Long VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN 2 ĐẶC TRƯNG DI TRUYỀN CỦA CHỦNG IHHNV PHÂN LẬP TÔM NUÔI Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG Cao Thành Trung1, Nguyễn Thị Kim Mỹ2 và Phạm Hùng Vân3 TÓM TẮT Sự đa dạng di truyền của chủng IHHNV đã được xác định trên nhiều vùng địa lý khác nhau trên thế giới. Trong nghiên cứu này, khi phân tích và giải trình tự gen IHHNV trên những mẫu tôm sú nuôi ở Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) cho thấy đã có sự hiện diện chủng virus IHHN type A không lây bệnh, đoạn gen khuếch đại 1100 bp của chủng này có độ tương đồng rất cao với đoạn gen chủng IHHNV type A phân lập ở Úc và Mandagasca là 100%. Đồng thời, chủng virus IHHN type lây nhiễm cũng đã được xác định hiện diện trên tôm sú nuôi vùng này. Phân tích trình tự cho thấy chủng có kí hiệu KG phân lập tại tôm nuôi ở Kiên Giang và chủng kí hiệu ST phân lập trên tôm con ở Bình Thuận nhưng nuôi Sóc Trăng mất đi một đoạn khoảng 79 nucleotide, tuy nhiên sự mất này không ảnh hưởng đến các vùng đọc mở của bộ gen để mã hóa protein của virus. Phân tích trình tự của chủng IHHNV KG có sự tương đồng rất cao với các chủng IHHNV ở Hawaii, Mexico, Đài Loan C và Ecuador, độ tương đồng bộ gen trên 95%. Và một chủng IHHNV type lây nhiễm khác có kí hiệu ST, phân tích trình tự chủng này cho thấy có độ tương đồng thấp đối với chủng có kí hiệu KG và chủng IHHNV phân lập ở Hawaai, nhưng có độ tương đồng cao với chủng IHHNV phân lập ở Đài Loan A, B và Thái Lan. Trình tự bộ gen của 2 chủng KG và ST có kích thước khoảng 3824 bp. Kết quả nghiên cứu cho thấy, tôm sú nuôi ở ĐBSCL có sự hiện diện 2 chủng IHHNV type lây nhiễm và chủng IHHNV type A không lây nhiễm. Từ khóa: Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL), virus IHHN, tôm sú P. monodon. I. ĐẶT VẤN ĐỀ xanh L. stylirostris có tỷ lệ chết lên đến 90%. Bệnh do virus là vấn đề rất nghiêm trọng Tôm thẻ chân trắng và tôm sú nuôi khi nhiễmđối với ngành công nghiệp nuôi tôm trên toàn vi virus này có hiện tượng dị hình và chậm lớncầu. Hàng loạt các dịch bệnh bùng phát đã gây (Rai và ctv., 2013).thiệt hại kinh tế đến người dân nuôi tôm. Bệnh IHHNV là virus có kích thước nhỏ nhấthoại tử cơ quan tạo máu và cơ quan lập biểu được phát hiện trên tôm he. Virus này chỉ cómô do virus có tên infectious hypodermal and đường kính 22nm, cấu trúc khối cầu đa diệnhemotopoietic necrosis virus (IHHNV), đây là và không có vỏ ngoài. Dựa trên kích thước,một trong số bệnh nguy hiểm trên tôm xanh hình thái học và hóa sinh, IHHNV được xếpLitopenaeus stylirostris. Bệnh IHHN lần đầu vào họ Parvoviridae và có thể là thành viêntiên được mô tả trên hệ thống nuôi siêu thâm của giống Brevidensovirus (Bonami, 1990).canh tôm xanh L. stylirostris tại Hawaii năm Virus này mang một phân tử DNA mạch đơn,1981 (Lightner, 1983). Khi mắc bệnh này, tôm kích thước bộ gen 4,1kb chứa trình tự 3 ORF1 Trung Tâm Quốc Gia Quan Trắc Cảnh Báo Môi Trường và Phòng Ngừa Dịch Bệnh Thủy Sản Khu Vực Nam Bộ - Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản 2. Email: thanhtrung77@yahoo.com2 Trường Đại học khoa học Tự Nhiên Tp. Hồ Chí Minh3 Công Ty TNHH Dịch Vụ Và Thương Mại Nam KhoaTAÏP CHÍ NGHEÀ CAÙ SOÂNG CÖÛU LONG - 1 - THAÙNG 7/2013 49 VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN 2(1, 2 và 3) (Nunan và ctv. 2000, Shike và ctv. độ tương đồng cao nhất 98% với chủng IHHNV2000). Trong đó, ORF1 có kích thước khoảng phân lập ở Đài Loan, 97% với chủng IHHNV2001 bp chiếm 50% trình tự bộ gen và được dự Thái Lan (An và ctv., 2009). Tuy nhiên, do sự duđoán có thể mã hóa cho một chuỗi peptide 666 nhập tôm bố mẹ từ nhiều nguồn khác nhau nênamino acid với trọng lượng phân tử là 75.77 có thể có sự đa dạng về di truyền của các chủngkDa, trên cơ sở tương đồng trình tự với 2 virus IHHNV truyền nhiễm hiện diện tại ĐBSCL là rấtBrevidensoviruses trên muỗi, trình tự amino cao. Do vậy, việc phân lập IHHNV nhiều chủngacid này được dự đoán là protein giả định 1 và giải trình tự sẽ cho biết được cấu trúc vật liệu(non-structural protein 1 - NS1). ORF2 có kích di truyền các chủng IHHNV tại Việt Nam và mốithước khoảng 1092 bp bắt đầu từ nucleotide thứ quan hệ di truyền với các chủng trên thế giới. Qua56 nằm ngay phía trước của ORF1 và giao trình đó hiểu rõ hơn về đặc tính di truyền cũng nhưtự với ORF1, vùng ORF2 có khả năng mã hóa đột biến dẫn đến ả ...