Khảo sát vai trò của liên kết hyđro trong hoạt tính xúc tác CD38 và một số thể đột biến

Bài báo này trình bày những kết quả khảo sát kỹ lưỡng hơn về liên kết hyđro giữa CD38 và các thể đột biến với các phối tử có liên quan nhằm khẳng định vai trò của liên kết hyđro đến hoạt tính xúc tác của CD38.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Khảo sát vai trò của liên kết hyđro trong hoạt tính xúc tác CD38 và một số thể đột biếnKHAO S A T V A I TRO CUA LIEN KET HYDRO TRONG HOAT TINH • XUC TAC CD38 VA MOT SO THE DOT BIEN HOANG THj HOA, DANG IJ^NG VAN Trung tim Lfng dpng tin hpc trong hda hpc, Dai hpc Khoa hpc tp nhien, Dai hpc Qude gia Hi Npi SUMMARY Using the docking softwares integrated molecular mechanics and quantum mechanics the hydrogenbonds map (HDM) ofligands in CD38 and E226- and El46- mutants have been calculated. There is anevidence to prove the existence of relationship between HDM and catalytic activities. The calculationalso shown that the docking calculation could give useful information to studying protein-ligand com-plexes. I. Md DAU Trong nhQng nghign cQu trudc day [1,2], blng vigc tQ nhQ nhdm OH eiJa ribosyl ma trong thpe te lign ketQng dpng cac phan mdm kdt hpp ed hpc lupng tQ va hydro vln eo thd hinh thanh d cac nguygn td am dignCd hpc phan tQ, chung tfli da tfnh toan dp bao Inh khac nhQ N. Bai bao nay trlnh bay nhQng kdt qui khIohudng ciJa dflt bidn gen ddn tfnh ehlt xuc tac cua CD38 sat ky ludng hdn vd lign kgt hydro giQa CD38 va caetu nhign va cac thd dflt bidn eua nfl. TQ dd da gia djnhrang lign kit hydro cd vai trd chi phfli dac tinh xuc tac thd dflt bien vdi cac phfli tQ ed lign quan nhIm khIngcija cac enzym. Tuy vay, vigc khao sat lign kdt hydro djnh vai trd cua lign kgt hydro ddn hoat tfnh xuc tac cuamdi chl dQng d mflt sd nhflm chQc d$e trQng cua phfli CD38. II. DOI TtfONG VA PHUONG PHAP NGHIEN CtfU NhQ da bigt [3], CD38 la mflt protein, khflng chl la hoat tfnh xuc tac eua CD38 [4,5].khang thd ma efln cd hoat tfnh xuc tac cho phln Qng PhUdng phap nghign cQu gdm cac budc nhQ sau:vdng hfla va thijy phan nicotinamit adenine dinueleotit(NAD). Trong qua trlnh xuc tac eua CD38 chl cd mflt - xay dpng cae thd dflt bien blng each thay thdphln tham gia trpc tidp vao phln Qng dd kdt hpp vdi Glut46 va Glu226 trong tam hoat dflng eua CD38 va tfliCd chit gpi la tam hoat dflng. Clu tao dac bigt eiJa QU hinh hpc sin phlm thu dupe trgn phln mdm Hyper-tam hoat dflng quygt djnh tinh dae higu va hoat tfnh chem 7.5 [6], What if [7] va Svifiss-PDB Viewer [8].xuc tac cua CD38. Tam hoat dflng cua CD38 tp nhign - SQ dpng phln mdm Quantum 3.3 |9] dd gin kgtva cac thd dflt bidn gdm cfl 10 axitamin sau; Arg127, CD38 va cac thd dflt bidn vdi cac phfli tQ thfch hpp,Asp155, Glu146, Glu226, Lys129, Ser126, Ser193, tQ dfl xac djnh bin dd lign kdt hydro cija cac phfli tQThr221, Trp125 va Trp 189. Vigc thay thd mflt vai axi- khac nhau tham gia vao phln Qng xuc tac eua CD38tamin trong tam hoat dflng cija CD38 nhu Glu146 va vdi cac axitamin trong tam hoat dflng cija CD38 vaGlu226 bdi cac axitamin khac lam thay dfli vd cd bin cac thd dflt bidn. III. K E T QUA VA THAO L U ^ N 1. Dflt bien gen CD38 va toi lAi hinh hpc. cija tdng blnh phQdng sai khac trung blnh tpa dfl eua Khi so sanh clu true dflt bidn thu dQpc tQ ba phln ^^c nguygn tQ cua thd dflt bidn va 1yh3 la rlt nhfl,mdm Hyperchem 7.5, What if va Sw/iss-PDB View/er chQng td khflng cfl sp sai khac nhidu giQa clu true 1yh3vdi cau true CD38 gflc (ma trong ngan hang dQ ligu gfle vdi cae clu true dflt bidn. Kgt qui gia trj RMSDprotein PDB la 1yh3) ddu cho gia trj RMSD (A) tQc can dQpc trinh bay trong bing 1. H6a hpc & tfng d u n g 5^24 (ioS)/20og