Làm giàu trình tự toàn bộ exon của gen ARID1A trong u nguyên bào thần kinh

U nguyên bào thần kinh (UNBTK) là dạng u đặc nguyên phát của mô thần kinh giao cảm, có nguồn gốc từ tế bào mào thần kinh, thường gặp nhất trong các loại ung thư ở trẻ em, chiếm 15% các trường hợp tử vong do ung thư ở trẻ em. Tối ưu hóa quy trình PCR khuếch đại toàn bộ 20 exon và vùng tiếp giáp exon-intron của gen ARID1A.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Làm giàu trình tự toàn bộ exon của gen ARID1A trong u nguyên bào thần kinhNghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 20 * Số 1 * 2016 LÀM GIÀU TRÌNH TỰ TOÀN BỘ EXON CỦA GEN ARID1A TRONG U NGUYÊN BÀO THẦN KINH Lê Thị Kim Hòa*, Phạm Thị Hồng Đào*, Bùi Thị Thanh Huyền**, Nguyễn Thị Hà Giang***, Bùi Chí Bảo***TÓM TẮT Giới thiệu: U nguyên bào thần kinh (UNBTK) là dạng u đặc nguyên phát của mô thần kinh giao cảm, cónguồn gốc từ tế bào mào thần kinh, thường gặp nhất trong các loại ung thư ở trẻ em, chiếm 15% các trường hợptử vong do ung thư ở trẻ em. Gần đây, những nghiên cứu về giải trình tự gen thế hệ mới (high-throughput nextgeneration sequencing) đã phát hiện các đột biến liên quan đến điều hòa ngoại di truyền trong ung thư trẻ em, đặcbiệt là gen ARID1A ở UNBTK. ARID1A là một tiểu phần của phức hợp SWI/SNF tham gia điều hòa phiên mãgen thông qua thay đổi cấu trúc chromatin. Do đó, việc xây dựng quy trình giải trình tự gen thông qua làm giàusản phẩm các exon ARID1A là cần thiết. Mục tiêu: Tối ưu hóa quy trình PCR khuếch đại toàn bộ 20 exon và vùng tiếp giáp exon-intron của genARID1A. Phương pháp: Khảo sát mồi in silico, khảo sát nhiệt độ bắt cặp, tối ưu hóa các điều kiện phản ứng PCR, kiểmchuẩn bằng phương pháp giải trình tự. Áp dụng quy trình khảo sát trên DNA được tách chiết từ máu nhóm đốichứng và từ khối u của 3 bệnh nhân UNBTK. Toàn bộ sản phẩm khuếch đại được xác định bằng kỹ thuật giảitrình tự Sanger. Kết quả: Tối ưu được phản ứng PCR của các cặp mồi của 20 exon từ một phần exon 1 (1b) đến exon 20.Tuy nhiên, exon 1a chưa được tối ưu hóa thành công do sản phẩm gen chứa nhiều vùng giàu GC. Kết luận: Quy trình tối ưu hóa PCR thành công là bước đầu xây dựng quy trình giải trình toàn bộ exon củagen ARID1A thành công. Từ khóa: U nguyên bào thần kinh, làm giàu sản phẩm PCR, ARID1A.ABSTRACT TARGETED GENE ENRICHMENT FOR SEQUENCING OF ARID1A IN NEUROBLASTOMA Le Thi Kim Hoa, Pham Thi Hong Dao, Bui Thi Thanh Huyen, Nguyen Thi Ha Giang, Bui Chi Bao * Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Supplement of Vol. 20 - No 1 - 2016: 136 - 143 Background: Neuroblastoma (NB) is a primitive solid tumor of sympathetic system which originates fromneural crest. NB is the most common tumor of children, accounting for 15% cases of death in pediatric cancer.Recent studies using high-throughput next generation sequencing identified mutations that involved in epigeneticregulations, particularly ARID1A gene in neuroblastoma. ARID1A is a subunit of SWI/SNF complex whichparticipates in transcriptional regulation through chromatin remodeling. Until now, there is no ARID1Asequencing data reported of NB cases in Vietnam. Therefore, establishing the process of ARID1A sequencingthrough enriching ARID1A exon products is required. Objective: To identify all 20 exons and exon-intron boundary regions of ARID1A gene. Methods: Optimizing all PCR parameters for 20 exons of ARID1A gene. DNA was extracted from blood of    Đại học khoa học tự nhiên TP. HCM Bệnh viện Nhi Đồng 2 Đại học Y Dược TP. HCM Tác giả liên lạc: TS. Bùi Chí Bảo, ĐT: 09097008225 Email: bcbao@ump.edu.vn136 Chuyên Đề Nội Khoa IIY Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 20 * Số 1 * 2016 Nghiên cứu Y họchealthy people and tumors of neuroblastoma patients. All PCR products were confirmed by Sanger method. Results: PCR products showed specific for all primer designs of ARID1A from exon 2 to 20, and partial exon1 (1b). Exon 1a was unqualified due to high GC contents. Conclusion: Successful optimization for 20 exons of ARID1A and ready to step in next sequencing of thewhole exomes. Key words: Neuroblastoma, enrichment, sequencing, ARID1A.ĐẶT VẤN ĐỀ hóa và phát triển của tế bào. BAF250a tương tác với vùng methyl hóa nhằm làm “im lặng” các U nguyên bào thần kinh (UNBTK) là một gen phiên mã trong một số ung thư ở người. Độtdạng u đặc ở trẻ em, chứa các tế bào ung thư biến gen ARID1A cũng được tìm thấy ở nhiềuhình thành từ mô thần kinh của tuyến thượng loại ung thư khác nhau với tần số đột biến caothận, cổ, ngực, hoặc cột sống. Hầu hết các trường như: ung thư tế bào ác tính ở tử cung (49,1%),hợp UNBTK xảy ra ở trẻ em dưới 5 tuổi .UNBTK ...