Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Nghiên cứu đa dạng di truyền phân đoạn S7 của các chủng virus gây bệnh lúa lùn sọc đen

Luận văn với những mục tiêu chính như sau: Phân lập và giải trình tự phân đoạn S7 của vius SRBSDV trên các mẫu lúa nhiễm bệnh thu thập tại 5 vùng sinh thái trồng lúa của Việt Nam; phân tích tính đa dạng di truyền và so sánh mức độ tiến hóa của các chủng SRBSDV ở Việt Nam với các chủng SRBSDV khác trên thế giới.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Nghiên cứu đa dạng di truyền phân đoạn S7 của các chủng virus gây bệnh lúa lùn sọc đen ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN --------------------- Lại Phƣơng Liên NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN PHÂN ĐOẠN S7 CỦA CÁC CHỦNG VIRUS GÂY BỆNH LÚA LÙN SỌC ĐEN LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội – Năm 2013 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN --------------------- Lại Phƣơng Liên NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN PHÂN ĐOẠN S7 CỦA CÁC CHỦNG VIRUS GÂY BỆNH LÚA LÙN SỌC ĐEN Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 60420121 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS. Phạm Xuân Hội PGS.TS. Nguyễn Thị Hồng Vân Hà Nội – Năm 2013 LỜI CẢM ƠN Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành và sâu sắc tới PGS.TS. Phạm Xuân Hội và PGS.TS. Nguyễn Thị Hồng Vân đã tận tình chỉ bảo, hƣớng dẫn, giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu để hoàn thành luận văn này. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn tới ThS. Nguyễn Duy Phƣơng, CN. Nguyễn Hoàng Quang cùng các cán bộ, anh chị em trong Bộ môn Bệnh học Phân tử Thực vật, Viện Di truyền Nông nghiệp đã nhiệt tình hƣớng dẫn và giúp đỡ tôi rất nhiều trong thời gian thực tập tại Bộ môn. Tôi cũng xin gửi lời cảm ơn chân thành tới toàn thể các thầy cô giáo trong bộ môn Di truyền học, khoa Sinh học , trƣờng Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội đã tạo điều kiện cho tôi đƣợc học tập và nghiên cứu trong một môi trƣờng học tập khoa học, giúp cho tôi có những kiến thức bổ ích trong suốt 2 năm học. Cuối cùng tôi cũng xin gửi lời biết ơn sâu sắc đến gia đình và bạn bè,những ngƣời luôn đứng sau giúp đỡ và tạo điều kiện để tôi hoàn thành luận văn tốt nghiệp. Tôi xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 10 tháng 12 năm 2013 Học viên thực hiện Lại Phƣơng Liên i DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT BVTV Bảo vệ thực vật bp Base pair (Cặp bazơ) cDNA complementary (DNA bổ sung) ddNTP Dideoxyribonucleoside triphosphate DNA Axit deoxy ribonucleic dNTP Deoxynucleotidetriphosphates dsRNA Double stranded RNA (ARN sợi đôi) FDV Fiji disease virus (Virus bệnh Fiji) EDTA Axit Ethylenediaminetetra acetic ELISA Enzyme-linked immunosorbent assay (xét nghiệm hấp thụ miễn dịch liên kết với enzyme) EtBr Ethidium Bromide IRRI International Rice Research Institute (Viện nghiên cứu lúa quốc tế) Kb Kilobase LB Môi trƣờng Luria Bertani LSĐPN Lùn sọc đen phƣơng Nam MRCV Mal de Río Cuarto virus (Virus Mal de Rio Cuarto) MRDV Maize rough dwarf virus (Virus lùn ngô) NLRV Nilaparvata lugens virus (Virus nilaparvata lugens) NN&PTNT Nông nghiệp và phát triển nông thôn OD Optical Density (mật độ quang học) ORF Open reading frame (Khung đọc mở) OSDV Oat Sterile-Dwarf Virus (Virus lùn yến mạch) PCR Polymerase chain reaction (Phản ứng chuỗi trùng hợp) RBSDV Rice black streaked dwarf virus (Virus lùn sọc đen) RGSV Rice grassy stunt virus (Virus lúa cỏ) RNA Axit ribonucleic RRSV Rice ragged stunt virus (Virus lùn xoắn lá) ii RSV Rice stripe virus (Virus lúa sọc) RT-PCR Reverse transcription polymerase chain reaction (phản ứng chuỗi trùng hợp phiên mã ngƣợc) RTSV Rice tungro spherical virus (Virus Tungro hình cầu) RTBV Rice tungro bacilliform virus (Virus Tungro dạng thẳng) RDV Rice dwarf virus (Virus bệnh lúa lùn) RGDV Rice gall dwarf virus (Virus vết u lùn lúa) SRBSDV Southern rice black-streaked dwarf virus (Virus lùn sọc đen phƣơng Nam) TAE Tris base – Acetic - EDTA iii DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1 Các cặp oligo nucleotide sử dụng trong nghiên cứu. 22 Bảng 2 Các biểu hiện của bệnh lùn sọc đen trên lúa 35 Bảng 3 Kết quả sàng lọc mẫu bệnh bằng phƣơng pháp Sandwich-ELISA và 40 RT-PCR một bƣớc Bảng 4 Trình tự các mồi đặc hiệu đƣợc thiết kế phục vụ cho phản ứng 42 RT-PCR Bảng 5 So sánh mức đồng nhất trình tự phân đoạn S7 phân lập của các 54 mẫu Việt Nam và Trung Quốc iv DANH MỤC CÁC HÌNH Trang Hình 1 Cây lúa bị nhiễm bệnh lùn sọc đen phƣơng Nam 8 Hình 2 Rầy lƣng trắng Sogatella furcifera truyền virus SRBSDV 9 Hình 3 Cấu trúc phân tử các Fijivirus 11 Hình 4 Tổ chức bộ gen của các Fijivirus 11 Hình 5 Cấu trúc hình đa diện kiểu icosahedral T=13 12 Hình 6 Ảnh điện di 10 phân đoạn RNA sợi đôi của virus SRBSDV 14 trên gel polyacrylamide 12,5%. Hình 7 Sự xuất hiện của protein P7-1 trong tế bào vector truyền bệnh 16 (rầy Sogatella furcifera) dƣới kính hiển vi điện tử Hình 8 Xét nghiệm virus SRBSDV bằng phƣơng pháp DOT-ELISA 17 Hình 9 Vector nhân dòng pGEM-T và một số vị trí cắt của các 32 enzyme cắt giới hạn trên vector pGEM-T Hình 10 Triệu chứng một số mẫu lúa thu thập tại các tỉnh Việt Nam 37 Hình 11 Một số kết quả kiểm ...