Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Nghiên cứu xây dựng phương pháp multiplex PCR xác định một số tác nhân gây nhiễm khuẩn huyết

Mục tiêu của đề tài là lựa chọn và thiết kế các mồi đặc hiệu các gen đích của các chủng vi khuẩn gây nhiễm khuẩn huyết; tối ưu điều kiện phản ứng multiplex PCR; thử nghiệm phương pháp multiplex PCR trên mẫu bệnh phẩm của bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Nghiên cứu xây dựng phương pháp multiplex PCR xác định một số tác nhân gây nhiễm khuẩn huyết ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN ---------- Phạm Thị Thùy NGHIÊN CỨU XÂY DỰNG PHƢƠNG PHÁP MULTIPLEX PCR XÁC ĐỊNH MỘT SỐ TÁC NHÂN GÂY NHIỄM KHUẨN HUYẾT LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội - 2016 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN ---------- Phạm Thị Thùy NGHIÊN CỨU XÂY DỰNG PHƢƠNG PHÁP MULTIPLEX PCR XÁC ĐỊNH MỘT SỐ TÁC NHÂN GÂY NHIỄM KHUẨN HUYẾT Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 60420114 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS. Lã Thị Huyền PGS.TS. Nguyễn Quang Huy Hà Nội - 2016 Lời cam đoan Tôi xin cam đoan: Luận văn là công trình nghiên cứu thực sự của cá nhân, được thực hiện dưới sự hướng dẫn khoa học của PGS. TS. Nguyễn Quang Huy và TS. Lã Thị Huyền. Các số liệu, kết quả trong luận văn là trung thực và chưa được ai công bố trong bất kỳ công trình nào khác. Tôi xin chịu trách nhiệm về nghiên cứu của mình. Hà Nội, tháng 12 năm 2016 Học viên Phạm Thị Thùy Lời cảm ơn Trước hết, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành và sâu sắc tới: PGS. TS. Nguyễn Quang Huy – Trưởng khoa Sinh học - Trường đại học Khoa học Tự nhiên – Đại học Quốc Gia Hà Nội và TS. Lã Thị Huyền – Phụ trách phòng Công nghệ Tế bào Động vật – Viện Công nghệ Sinh học – Viện Hàn lâm và Khoa học Việt Nam đã tận tình hướng dẫn tôi trong quá trình nghiên cứu để hoàn thành luận văn thạc sĩ. Tôi xin chân thành cảm ơn các thầy cô giáo Khoa Sinh học – Trường đại học Khoa học Tự nhiên – Đại học Quốc Gia Hà Nội nói chung và thầy cô giáo chuyên ngành Sinh học thực nghiệm học nói riêng đã chỉ bảo tận tình và tạo điều kiện thuận lợi cho tôi thực hiện luận văn. Tôi xin chân thành cảm ơn Khoa Hóa sinh, khoa Vi sinh và các khoa phòng liên quan của Bệnh viện Thanh Nhàn đã cung cấp mẫu thí nghiệm cho tôi. Tôi xin gửi lời cảm ơn tới các cô chú, anh chị và các bạn công tác tại phòng phòng Công nghệ Tế bào Động vật cùng toàn thể các cô chú, anh chị và các bạn đồng nghiệp Khoa Hóa sinh – Bệnh viện 198 đã nhiệt tình giúp đỡ và tạo điều kiện thuận lợi để tôi hoàn thành luận văn. Cuối cùng, tôi xin chân thành cảm ơn tất cả những người thân, bạn bè đã động viên và giúp đỡ tôi trong thời gian qua. Hà Nội, tháng 12 năm 2016 Học viên Phạm Thị Thùy MỤC LỤC MỞ ĐẦU ....................................................................................................................1 CHƢƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ..................................................................3 1.1. Nhiễm khuẩn huyết ..........................................................................................3 1.1.1. Khái niệm, lịch sử và tình hình nhiễm khuẩn huyết trên thế giới và Việt Nam ......................................................................................................................3 1.1.2. Dấu hiệu của nhiễm khuẩn huyết...............................................................7 1.2. Tác nhân vi khuẩn gây nhiễm khuẩn huyết thường gặp ...................................7 1.2.1. Tụ cầu khuẩn Staphylococcus aureus ........................................................8 1.2.2. Acinetobacter baumannii ...........................................................................9 1.2.3. Klebsiella pneumoniae.............................................................................11 1.2.4. Pseudomonas aeruginosa ........................................................................12 1.2.5. Escherichia coli .......................................................................................14 1.3. Các phương pháp chẩn đoán nhiễm khuẩn huyết ...........................................15 1.3.1. Chẩn đoán nhiễm khuẩn huyết bằng phương pháp cấy máu ...................15 1.3.2. Lai huỳnh quang tại chỗ ..........................................................................15 1.3.3. Các kỹ thuật khuếch đại DNA .................................................................16 1.3.4. Giải trình tự ..............................................................................................18 1.4. Multiplex PCR và ứng dụng ...........................................................................19 1.4.1. Giới thiệu chung về multiplex PCR .........................................................19 1.4.2. Các loại phản ứng multiplex PCR ...........................................................19 1.4.3. Thiết kế mồi cho phản ứng multiplex PCR .............................................20 1.4.4. Ưu điểm của phương pháp multiplex PCR ..............................................21 1.4.5. Tối ưu hóa các thành phần cho phản ứng multiplex PCR .......................22 1.4.6. Ứng dụng của phản ứng multiplex PCR ..................................................24 1.4.7. Tình hình ứng dụng kỹ thuật PCR trong việc xác định các tác nhân nhiễm khuẩn huyết ........................................................................................................25 CHƢƠNG 2. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .......................27 2.1. Vật liệu .......................................... ...