Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Ứng dụng phương pháp giải trình tự thế hệ mới (NGS) để phân tích gen HBB ở người nghi ngờ mang đột biến gây bệnh β- thalassemia

Mục tiêu của đề tài là tối ưu quy trình “ứng dụng phương pháp giải trình tự thế hệ mới (Next Generation Sequencing – NGS) để phân tích gen HBB”; ứng dụng quy trình NGS để phân tích đột biến gen HBB ở một số người nghi ngờ mang đột biến gây bệnh β-thalassemia.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Ứng dụng phương pháp giải trình tự thế hệ mới (NGS) để phân tích gen HBB ở người nghi ngờ mang đột biến gây bệnh β- thalassemia ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN ---    --- Ngô Kim NgânỨNG DỤNG PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ THẾ HỆ MỚI (NGS)ĐỂ PHÂN TÍCH GEN HBB Ở NGƯỜI NGHI NGỜ MANG ĐỘT BIẾN GÂY BỆNH β-THALASSEMIA LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội – 2020 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN ---    --- Ngô Kim NgânỨNG DỤNG PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ THẾ HỆ MỚI (NGS)ĐỂ PHÂN TÍCH GEN HBB Ở NGƯỜI NGHI NGỜ MANG ĐỘT BIẾN GÂY BỆNH β-THALASSEMIA Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 8420101.21 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS. DƯƠNG QUỐC CHÍNH TS. TRẦN ĐỨC LONG Hà Nội – 2020 Lời cảm ơn Để thực hiện thành công khóa luận tốt nghiệp này, em xin gửi lời cảm ơn sâusắc đến Tiến sĩ Dương Quốc Chính, Trưởng khoa Di truyền - Sinh học phân tử,Viện Huyết học – Truyền máu Trung ương cùng với Tiến sĩ Trần Đức Long ngườiđã hướng dẫn, chỉ bảo tận tình trong suốt thời gian em thực hiện luận văn. Em xin gửi lời cảm ơn đến Thạc sĩ Nguyễn Lê Anh, Thạc sĩ Trần Tuấn Anhcùng toàn thể nhân viên khoa Di truyền - Sinh học phân tử, Viện Huyết học –Truyền máu Trung ương đã luôn giúp đỡ chia sẻ những kiến thức chuyên môn,thường xuyên động viên về tinh thần giúp em vững tin trong suốt quá trình thựchiện luận văn. Em cũng xin gửi lời cảm ơn tới các thầy cô giáo Khoa Sinh học đã giảng dạycho em nhiều kiến thức quý báu. Em xin cảm ơn Bộ môn Di truyền học, Phòng sauđại học, Phòng công tác chính trị Học sinh - Sinh viên đã tạo điều kiện thuận lợicho em hoàn thành luận văn thạc sỹ. Xin cảm ơn dự án “Nghiên cứu sản xuất chip sinh học trên nền DNAmicroarray để chẩn đoán một số bệnh ở người” mã số 01/2017/CNC_HDKHCNcủa công ty BIMEDTECH đã hỗ trợ tôi thực hiện nghiên cứu này. Cuối cùng em xin gửi lòng biết ơn tới gia đình, bạn bè thân thiết đã độngviên, bên cạnh em trong thời gian em thực hiện luận văn này. Em xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 30 tháng 12 năm 2020 Sinh viên Ngô Kim Ngân BẢNG KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮTViết tắt Tên đầy đủ và ý nghĩa bp Base pair DNA Deoxyribonucleic AcidCluster Cụm khuếch đại của DNA khuôn được gắn trên bề mặt flowcell. Mỗi cụm được khuếch đại từ một sợi DNA khuôn ban đầu cho đến khi có khoảng 1000 bản sao. Mỗi cluster sẽ tạo ra một trình tự đọc duy nhất. HbA Hemoglobin AHbA2 Hemoglobin A2 HbE Hemoglobin E HbF Hemoglobin F Index Là trình tự DNA tag được gắn vào các trình tự đích, cho phép kết hợp nhiều mẫu trong một bể thư viện và phân tách dữ liệu sau khi đã hoàn thành lần chạy kb kilobase = 1000 bp MCH Mean Cell Hemoglobin: lượng hemoglobin trung bình hồng cầu MCV Mean Corpuscular Volume: thể tích trung bình hồng cầu PCR Polymerase Chain Reaction RNA Ribonucleic AcidWHO World Health Organization: Tổ chức Y tế thế giới MỤC LỤCChương 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU .....................................................................2 1.1. Đại cương về β-thalassemia .......................................................................2 1.1.1. Đặc điểm và cơ chế sinh bệnh Thalassemia ............................................2 1.1.2. Đặc điểm và phân loại bệnh β-thalassemia .............................................3 1.1.3. Dịch tễ học bệnh β-thalassemia ...............................................................5 1.1.4. Cơ sở phân tử bệnh β-thalassemia ...........................................................6 1.1.5. Các phương pháp chẩn đoán bệnh β-thalassemia..................................11 1.2. Các kỹ thuật sinh học phân tử chẩn đoán bệnh β-thalassemia ................13 1.2.1. Kỹ thuật ARMS-PCR (Amplification Refractory Mutation System) ...13 1.2.2. Kỹ thuật lai điểm ngược (Reverse hybridization - kit Strip Assay) ......15 1.2.3. Giải trình tự ...........................................................................................16 1.3. Hệ thống giải trình tự thế hệ mới của Illumina - MiSeq . .......................20 1.3.1. Lịch sử phát triển ....................................................................... ...