Mô hình Petri Net các quá trình sinh hóa

Petri Net được sử dụng để mô hình hoá, phân tích và mô phỏng các quá trình hóa học và sinh hóa. Bài viết trình bày một số ví dụ mô hình Petri Net các quá trình hóa sinh như các mô hình các đường dẫn trao đổi chất.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Mô hình Petri Net các quá trình sinh hóa KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ MÔ HÌNH PETRI NET CÁC QUÁ TRÌNH SINH HÓA TS. Hồ Khánh Lâm MÔ HÌNH PETRI NET CÁCđoàn Bưu chính Viễn thông Việt Nam (VNPT) Tập QUÁ TRÌNH SINH HÓA Tác giả liên hệ: TS. Hồ Khánh Lâm lamhokhanh@gmail.com Ngày nhận: 20/4/2023 Tập đoàn Bưu chính Viễn thông Việt Nam (VNPT) Ngày nhận bản sửa: 14/6/2023 Tác giả liên hệ: lamhokhanh@gmail.com Ngày duyệt đăng: 26/6/2023 Ngày nhận: 20/4/2023 Ngày nhận bản sửa: 14/6/2023 Tóm tắt duyệt đăng: 26/6/2023 Ngày Petri Net được sử dụng để mô hình hoá, phân tích và mô phỏng các quá trình hóa học và sinh Tóm tắt hóa. Petri Net được phát minh năm 1962 bởi Carl Adam Petri nhằm mục đích mô tả các quá trình hoá học. Năm 1993, Reddy lầnđể mô hình hoá,sinh học đã sử dụng Petri Net để mô hìnhhọc phân tích Petri Net được sử dụng đầu tiên trong phân tích và mô phỏng các quá trình hóa và và chất lượng Petri Net được trao đổi năm 1962 bởi Carl Adam Petri nhằm từ đó, Petri Net được sử sinh hóa. các đường dẫnphát minh chất (Reddy và Mavrovouniotis). Kể mục đích mô tả các dụng để mô hoá học. Năm 1993, Reddy lần đầu tiên trong sinh học đã sử yếu trong các hệ thống sinh quá trình hình hóa và mô phỏng một số loại quá trình sinh hóa, chủ dụng Petri Net để mô học phân phân tích chất lượng các đường dẫn trao hình sinh thái. và Mavrovouniotis). Kể từ hình và tử, cũng như trong các bệnh tật và các môđổi chất (ReddyHơn nữa, các loại Petri Net được sửđó, Petri Net được mô dụng để mô hình tích và mô phỏng một sốquá trình trình sinh phứcchủ và đa dụng rộng rãi để sử hình hoá, phân hóa và mô phỏng nhiều loại quá sinh hóa hóa, tạp dạng trong nhiềuhệ thốngcứu y học phân học cũng như trong các bệnh trình bày một số ví dụ mô hình yếu trong các nghiên sinh học, hóa tử, và sinh học. Bài báo này tật và các mô hình sinh Petri Net các quá các loại Petri Net được mô dụng các đường dẫn trao đổi chất. tích và mô thái. Hơn nữa, trình hóa sinh như các sử hình rộng rãi để mô hình hoá, phân Từ khóa: Mô hình Petri sinh hóa phức tạp và đa dạng trong nhiềuđổi chất.cứu y học, hóa học phỏng nhiều quá trình Net, quá trình sinh hóa, đường dẫn trao nghiên và sinh học. Bài báo này trình bày một số ví dụ mô hình Petri Net các quá trình hóa sinh như Petri mô hình các đường dẫn trao đổi Processes các Net Model of Biochemical chất. Từ khóa: Mô hình Petri Net, quá trình sinh hóa, đường dẫn trao đổi chất. Dr. Ho Khanh Lam Petri Net Model of Biochemical Processes Vietnam Posts and Telecommunications Group (VNPT) Dr. Ho Khanh Lam Corresponding author: lamhokhanh@gmail.com Abstract Vietnam Posts and Telecommunications Group (VNPT) Petri Nets (PN) have found extensive applications in author: lamhokhanh@gmail.com Corresponding modeling, analyzing, and simulating both chemical and biochemical processes. In the field of biology, Reddy was the first to utilize PN in Abstract develop models and perform qualitative analysis of metabolic pathways (Reddy and 1993 to Mavrovouniotis). Since then, various types of biological processes have been modeled andand Petri Nets (PN) have found extensive applications in modeling, analyzing, simulated using PN, primarily in molecular biological systems, In the field of biology, Reddy was the simulating both chemical and biochemical processes. but also in disease and ecological models. PN models havePN inbeen widely adopted in modern medical, chemical, and biological studies to first to utilize also 1993 to develop models and perform qualitative analysis of metabolic enable the modeling, analysis, and simulation then, variousand diverse biochemical processes. This pathways (Reddy and Mavrovouniotis). Since of complex types of biological processes have paper presents a fewsimulated using PN, Net models that have been utilized as models also in been modeled and examples of Petri primarily in molecular biological systems, but of metabolic pathways and ecological models. PN models have also been widely adopted in modern medical, disease in biochemical processes. Keywords: Petri biological studies to enable the modeling, analysis, and simulation of complex chemical, and net Model, biochemical process, metabolic pathway. and diverse biochemical processes. This paper presents a few examples of Petri Net models that have been utilized as models of metabolic pathways in biochemical processes. Keywords: Petri net Model, biochemical process, metabolic pathway. 1. Giới thiệu function), được biểu diễn bởi các phương 1.1. Petri Net trình: Petri Net (PN) [1-3] là một đồ thị PN = ( P, T , I , O) (1) song hướng có trọng số được xác định bởi Trong đó: 4 bộ: tập hợp các vị trí P (place), tập hợp các chuyển tiếp T (transition), hàm vào I (input function) và hàm ra O (output 86 Tạp chí KH&CN Trường Đại học Hòa Bình - Số 08 - Tháng 6.2023 KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ P = {p1 , p 2 ,..., p m }; m ³ 0ü chuyển tiếp ...