Mức độ đa dạng di truyền của một số quần đàn cá tra sử dụng chỉ thị phân tử cytochrome B

Nghiên cứu này sử dụng trình tự gen cytochrome b để tìm hiểu đa dạng và cấu trúc di truyền của một số quần đàn cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus) thu tại Đồng bằng sông Cửu Long.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Mức độ đa dạng di truyền của một số quần đàn cá tra sử dụng chỉ thị phân tử cytochrome BTrường Đại học VinhTạp chí khoa học, Tập 46, Số 4A (2017), tr. 21-31MỨC ĐỘ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ QUẦN ĐÀNCÁ TRA SỬ DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ CYTOCHROME BTrần Thị Thúy Hà (1), Nguyễn Thị Hương (1)Ngô Phú Thảo (1), Trần Nguyễn Ái Hằng (2)1Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I2Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản IINgày nhận bài 19/10/2017, ngày nhận đăng 25/02/2018Tóm tắt: Nghiên cứu này sử dụng trình tự gen cytochrome b để tìm hiểu đa dạngvà cấu trúc di truyền của một số quần đàn cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus) thutại Đồng bằng sông Cửu Long. Kết quả cho thấy tổng số 13 haplotype xuất hiện trong60 trình tự thuộc 03 quần đàn cá nuôi và 03 quần đàn cá tự nhiên. Mức độ đa dạnghaplotype và đa dạng nucleotide của các quần đàn cá Tra được nghiên cứu lần lượt daođộng trong khoảng từ 0,356±0,159 đến 0,867±0,08 và từ 0,00091±0,00041 đến0,00924±0,00267. Khoảng cách di truyền giữa các đàn cá Tra thấp và không có sựkhác biệt di truyền đáng kể giữa nhóm quần đàn cá Tra thu từ tự nhiên và nhóm quầnđàn cá Tra nuôi.1. MỞ ĐẦUCá Tra (Pangasianodon hypophthalmus) được nuôi phổ biến ở hầu hết các nướcĐông Nam Á, trong đó có Việt Nam. Việc sản xuất và cung ứng giống cá Tra tại các tỉnhĐồng bằng sông Cửu Long phần lớn vẫn mang tính tự phát, thiếu sự phù hợp giữa sốlượng và chất lượng con giống. Bên cạnh đó, phả hệ cũng như cấu trúc đa dạng di truyềncủa các đàn cá bố mẹ chưa được các trại sản xuất thực sự quan tâm [2]. Đây là một trongnhững nguyên nhân chính dẫn đến sự suy giảm chất lượng con giống như sinh trưởngchậm, tỷ lệ dị hình cao. Thêm vào đó, các nghiên cứu về đa dạng di truyền và cấu trúcquần đàn cá Tra ở hạ lưu sông Mekong còn hạn chế và thiếu sự kết nối [6]. Việc đánh giáđa dạng di truyền cá Tra giúp định hướng quản lý tốt và nâng cao chất lượng di truyềnđàn cá bố mẹ phục vụ phát triển bền vững đối tượng thủy sản là cần thiết.Trong những năm gần đây, một số chỉ thị như COI, D-loop, cytochrome b (Cyt b)thuộc hệ ADN ty thể được sử dụng để tìm hiểu về quan hệ di truyền phân loại và địnhdanh các loài với nhiều ưu điểm. ADN ty thể có tỷ lệ đột biến cao hơn 5-10 lần so với hệgen trong nhân, đặc biệt hơn cả là vùng D-loop (displacement loop) hay còn gọi là vùngđiều khiển của ADN ty thể có tỷ lệ thay đổi rất cao. Phân tích haplotype trong vùng Dloop này là công cụ hữu dụng để đánh giá đa dạng di truyền [12]. Đây là vùng khôngdịch mã, chứa các trình tự khởi đầu cho quá trình tái bản và các trình tự điều hòa quátrình phiên mã của các gen trong vùng mã hóa. Tốc độ đột biến cao dẫn đến nhiều biến dịtrong ty thể, không chỉ giữa các loài mà còn xảy ra ngay cả trong cùng một loài. Ngoàira, Cyt b cũng là vùng được sử dụng cho nghiên cứu đa dạng di truyền, đặc biệt là trongcùng một loài. Nổi bật là các nghiên cứu sử dụng vùng gen Cyt b như nghiên cứu về loàiCoilia ectenes thuộchọ cá Cơm Engraulidae [8]. Các nghiên cứu đều cho kết quả chỉ sốvề happlotype cao và đưa ra đánh giá vùng gen Cyt b rất thích hợp để phục vụ nghiêncứu về đa dạng di truyền..Email: thuyha@ria1.org (T. T. T. Hà)21T. T. T. Hà, N. T. Hương, N. P. Thảo, T. N. Á. Hằng / Mức độ đa dạng di truyền của một số quần đàn…Trong nghiên cứu này, chúng tôi đánh giá haplotype của vùng gen Cyt b thuộcADN ty thể để đánh giá đa dạng di truyền và xác định cấu trúc di truyền của một số quầnthể cá Tra (P. hypophthalmus) ở Đồng bằng sông Cửu Long. Kết quả nghiên cứu sẽ gópphần giúp định hướng quản lý nguồn lợi, bảo tồn nguồn gen cũng như các hoạt động thủysản khác đối với cá Tra phục vụ phát triển bền vững.2. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU2.1. Vật liệu nghiên cứuMẫu vây cá Tra (P. hypophthalmus) phục vụ nghiên cứu được thu thập từ 6 quầnđàn (10 mẫu/quần đàn) ở các tỉnh Bến Tre, Tiền Giang, An Giang và Sóc Trăng, đượcchia thành 2 nhóm: nhóm mẫu thu từ cá sông/tự nhiên (cá tự nhiên) và nhóm mẫu thu từcá ở các trung tâm, trại sản xuất (cá nuôi). Chi tiết về các quần đàn và địa điểm thu mẫuđược trình bày tại bảng 1 và hình 1.Bảng 1: Danh sách địa điểm thu mẫu vây cá TraKí hiệuĐịa điểm thuThời gianSTTNhóm1Cá nuôiP. Bến TreTrại cá Châu Hưng, xã Châu Hưnghuyện Bình Đại, Bến Tre04/11/20152Cá nuôiP. Viện 2Trung tâm Quốc gia giống Thủy sảnnước ngọt Nam Bộ, Viện Nghiên cứuNuôi trồng Thủy sản II, Tiền Giang03/2/20153Cá nuôiP. An GiangTrại cá Vĩnh Hạnh, Tri Tôn,An Giang12/10/20144Cá tự nhiênN. Bến TreSông Cổ Chiên, Mỏ Cày Nam,Xã Thành Thới B, Bến Tre06/8/20155Cá tự nhiênN. Sóc TrăngẤp Chợ, xã Trung Bình, huyện TrầnĐề, tỉnh Sóc Trăng20/7/20156Cá tự nhiênN. An GiangPhà Ô Môi, phường Mỹ Long,Long Xuyên, An Giang12/9/201422quần đànthu mẫuTrường Đại học VinhTạp chí khoa học, Tập 46, Số 4A (2017), tr. 21-31326415Hình 1: Bản đồ địa điểm thu mẫuCác chữ số trên bản đồ tương ứng với số thứ tự của địa điểm thu ...