Phân tích cấu trúc gen LMP-1 và mối quan hệ nguồn gốc phả hệ của 34 chủng virut epstein barr từ bệnh nhân ung thư vòm họng ở Việt Nam

Bài viết này trình bày quá trình giải trình tự, thu nhận chuỗi nucleotid, phân tích đặc điểm khung gen LMP-1 và thu nhận chuỗi gen ARN thông tin của 34 chủng EBV phân lập từ BN UTVMH ở Việt Nam. Trình tự nucleotid, đặc điểm cấu trúc phân tử gen LMP-1 và mối quan hệ nguồn gốc phả hệ của 34 chủng dựa vào dữ liệu gen ARN thông tin LMP-1 cũng được xây dựng, so với các chủng thế giới nhằm xác định phân nhánh của EBV Việt Nam.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Phân tích cấu trúc gen LMP-1 và mối quan hệ nguồn gốc phả hệ của 34 chủng virut epstein barr từ bệnh nhân ung thư vòm họng ở Việt NamTẠP CHÍ Y - DƢỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ PHỤ TRƢƠNG 2014PHÂN TÍCH CẤU TRÚC GEN LMP-1 VÀ MỐI QUAN HỆNGUỒN GỐC PHẢ HỆ CỦA 34 CHỦNG VIRUT EPSTEIN-BARRTỪ BỆNH NHÂN UNG THƢ VÒM HỌNG Ở VIỆT NAMLê Thanh Hà*; Nguyễn Lĩnh Toàn**Nguyễn Đình Phúc***; Lê Thanh Hòa****TÓM TẮTTách chiết ADN tổng số chứa hệ gen Epstein-Barr virut (EBV) từ mẫu mô sinh thiết của 64 BNđược chẩn đoán ung thư vòm mũi họng (UTVMH) ở 3 miền Bắc Trung Nam (Việt Nam). Bằng phảnứng PCR sử dụng cặp mồi LPMP1F/LMP1R, thu nhận, dòng hóa và giải trình tự 34 sản phẩm PCR.Trình tự nucleotid của 34 chuỗi gen LMP-1 có độ dài biến động từ 1.238 - 1.337 bp. Kết quả phântích gen LMP-1 của 34 chủng này cho thấy có 3 exon và 2 intron trong khung gen của LMP-1, trongđó exon 1 là 268 bp; intron là 76 - 78 bp; exon 2 là 87 bp; intron 2 là 76 -77 bp và exon 3 có độ biếnđộng độ dài cao nhất từ 728 - 827 bp. Kích thước ARN thông tin từ 1.083 - 1.182 bp, mã hóa proteinLMP-1 có độ dài 353 - 387 a.a. So sánh đối chiếu với các chủng quốc tế đã được đăng ký trongNgân hàng Gen cho thấy, 34 chủng nghiên cứu này của Việt Nam có độ đồng nhất cao nhất vớichủng China 1 (Trung Quốc) và 3 chủng khác (NPC1, NPC2, NPC3) của Việt Nam. Phân tích phảhệ cho thấy 34 chủng nghiên cứu thuộc về 3 nhóm, trong đó, nhóm I: 20/34 thuộc về nhóm gồm cácchủng di truyền China 1, nhóm I: 9/34 thuộc về nhóm các chủng di truyền China 2, Alaska và NorthCarolina và nhóm III: 5/34 thuộc về nhóm các chủng di truyền Med+ và Med-.* Từ khóa: Ung thư vòm mũi họng; EBV; Exon; Intron; LMP-1, Phả hệ.STRUCTURE OF LMP-1 AND PHYLOGENETIC ANALYSIS OF 34 EBVSTRAINS ISOLATED FROM NASOPHARYNGEAL CARCINOMAPATIENTS IN VIETNAMSUMMARYGenomic DNAs of Epstein-Barr virus were extracted from biopsy tissue of 64 patients withnasopharyngeal carcinoma. Of 64 templates using PCR with primers LPMP1F/LMP1R, 34 productswere successfully obtained, cloned and sequenced. The entire LMP-1 sequence for 34 isolates wasbetween 1,238 and 1,337 bp. There were 3 exons and 2 introns inside the LMP1 frame of which,exon 1 was 268 bp, itron 1 was 76 -78 bp, exon 2 was 87 bp, intron 2 was 76 - 77 bp and exon 3was variable, between 728 and 827 bp. The full length of mRNA varied between 1,083 and 1,182bp, encoding for 353 - 387 amino acid. Comparative analysis revealed that 34 EBV strains of theVietnamese patients have highest identity and homology with China 1 (China) and 3 others ofVietnam (NPC1, NPC2, NPC3). Phylogenetic tree showed that there were 3 groups, including groupI of 20/34 strains clustered with the China 1; group II with 9/34 belonging to the China 2, Alaska andNC (North Carolina); and group III of 5/34 strains with the Med + and Med- .* Key words: Nasopharyngeal carcinoma; EBV; Exon; Intron; LMP-1; Phylogeny.* Bệnh viện Quân y 103** Học viện Quân y*** Viện Tai Mũi Họng Trung ương**** Viện Công nghệ Sinh học - Viện Hàn lâm KHCN Việt NamNgười phản hồi (Corresponding): Lê Thanh Hà (lethanhhash@yahoo.com)Ngày nhận bài: 24/01/2014; Ngày phản biện đánh giá bài báo: 12/02/2014Ngày bài báo được đăng: 25/02/201418TẠP CHÍ Y - DƢỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ PHỤ TRƢƠNG 2014ĐẶT VẤN ĐỀEpstein-Barr virut (EBV) là một loạiHerpesvirut thuộc họ Herpesviridae, tồntại trong cơ thể người và thường khônggây ra các triệu chứng lâm sàng. EBV cótỷ lệ nhiễm cao trong cộng đồng và hầunhư tất cả mọi người đến tuổi trưởng thànhđều có khả năng mang EBV (Adham và CS,2012; Ai và CS, 2012; Young, Rickinson,2004). Trạng thái nhiễm tiềm tàng EBVlà hiện tượng đặc trưng ở loại virut này,khi gặp điều kiện thuận lợi, chúng chuyểnsang dạng hoạt động và làm tăng nguycơ mắc một số bệnh như ung thư dạ dày,UTVMH và u lympho Burkitt (Kondo vàCS, 2012).Nhiễm tiềm tàng EBV là hiện tượngkhởi đầu cho quá trình tiến triển ung thư(Kondo và CS., 2012). Sự truyền nhiễmEBV chủ yếu đặc trưng bởi biểu hiện củanhững gen tiềm tàng, bao gồm EBNA-1,LMP-1, LMP-2 và EBER (Junker, 2005).Trong các gen và protein ảnh hưởng đếnsự tiến triển thành ung thư, LMP-1 có vaitrò đặc biệt quan trọng, được chứng minhcó khả năng đơn phương gây ung thưtrên chuột thực nghiệm (Shair và CS,2008). LMP-1 chính là gen tiềm ẩn đầutiên của EBV được phát hiện có chứcnăng chuyển đổi và thay đổi kiểu hình củadòng tế bào lympho B.Sản phẩm ARN thông tin của LMP-1 làkết quả ghép-nối (splicing) của 3 chuỗiexon 1, 2 và 3, chịu trách nhiệm tổng hợpprotein LMP-1 (Ai và CS., 2012). ProteinLMP-1 có phân tử lượng 63 kDa, cấu tạotừ khoảng 386 axít amin, chia thành 3vùng: i) Vùng N tận (từ axít amin 1 - 23): cóvai trò gắn phần gốc của protein LMP-1vào nguyên sinh chất tế bào; ii) Vùng 6nhóm axít amin kỵ nước nằm ở giữa vàliên quan đến chức năng tự liên kết; iii)Vùng C tận (từ axít amin 187 - 386): chứa200 axít amin, có chức năng kích hoạtcác con đường dẫn truyền tín hiệu chínhgây chuyển ...