Phân tích trình tự gen mã hóa glycoprotein của Avian Metapneumovirus phát hiện được ở một số cơ sở chăn nuôi gà tại miền Bắc

Bài viết tiến hành giải trình tự gen, sử dụng phương pháp tin sinh học để phân tích đặc điểm di truyền của virus. Dựa vào trình tự phân đoạn gen mã hóa protein G đã xác định 5/5 chủng aMPV thuộc subgroup B. Mặc dù 5/5 chủng aMPV nằm ở nhánh bắt nguồn từ chủng virus vacxin nhưng chúng đều mang đặc điểm biến đổi ở cấp độ nucleotide và amino khác với chủng virus vacxin Nemovac đã và đang lưu hành ở nước ta.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Phân tích trình tự gen mã hóa glycoprotein của Avian Metapneumovirus phát hiện được ở một số cơ sở chăn nuôi gà tại miền BắcVietnam J. Agri. Sci. 2021, Vol. 19, No. 5: 596-604 Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam 2021, 19(5): 596-604 www.vnua.edu.vn PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN MÃ HÓA GLYCOPROTEIN CỦA Avian Metapneumovirus PHÁT HIỆN ĐƯỢC Ở MỘT SỐ CƠ SỞ CHĂN NUÔI GÀ TẠI MIỀN BẮC Nguyễn Văn Giáp1*, Cao Thị Bích Phượng1, Huỳnh Thị Mỹ Lệ1, Đặng Hữu Anh1, Chu Thị Thanh Hương1, Vũ Thị Ngọc1, Võ Văn Hiểu1, Tạ Thị Kim Chung1, Lê Bá Hiệp2, Lê Thị Trinh2, Trương Quang Lâm1, Nguyễn Thị Hoa1, Lê Thị Luyên1 1 Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam 2 Công ty Cổ phần Thú y xanh (Greenvet) * Tác giả liên hệ: nvgiap@vnua.edu.vn Ngày nhận bài: 05.03.2021 Ngày chấp nhận đăng: 09.04.2021 TÓM TẮT Avian Metapneumovirus (aMPV) là một trong những căn nguyên gây bệnh hô hấp phức hợp của gà tây và gàmới được phát hiện ở Việt Nam. Do tính mới đó, hiện mới có công bố về mặt lâm sàng, tỷ lệ dương tính huyết thanhhọc và tỷ lệ phát hiện aMPV ở gà nuôi tại miền Bắc. Nhằm làm rõ hơn về sự lưu hành của aMPV, nghiên cứu này đãgiải trình tự gen, sử dụng phương pháp tin sinh học để phân tích đặc điểm di truyền của virus. Dựa vào trình tự phânđoạn gen mã hóa protein G đã xác định 5/5 chủng aMPV thuộc subgroup B. Mặc dù 5/5 chủng aMPV nằm ở nhánhbắt nguồn từ chủng virus vacxin nhưng chúng đều mang đặc điểm biến đổi ở cấp độ nucleotide và amino khác vớichủng virus vacxin Nemovac đã và đang lưu hành ở nước ta. Từ khóa: Avian Metapneumovirus, trình tự gen G, đặc điểm sinh học phân tử. Characterizing Glycoprotein-gene Encoding Sequences of Avian Metapneumovirus Found in Poultry in Northern Vietnam ABSTRACT Avian Metapneumovirus (aMPV) is one of the causative agents of respiratory disease complex in turkeys andchickens, which has been recently detected in Vietnam. Due to its novelty, a few published papers are available onpreliminary results, describing the clinical disease, sero- and viral- positivity rates. This study aimed at providing moredetails about the molecular characterizations of the circulating virus by sequenced and then applied bioinformatics fordata mining. Based on the sequence of partial attachment glycoprotein coding gene, 5/5 aMPV strains wereclassified as subgroup B. Though 5/5 strains belonged to the vaccine-derived lineage, all of them had differences atthe nucleotide and amino acid levels compared to the attenuated strain of Nemovac vaccine available in Vietnam. Keywords: Avian Metapneumovirus, attachment glycoprotein gene, molecular characterization. Trong nhóm bệnh do virus, các nghiên cứu trên1. ĐẶT VẤN ĐỀ thế giới cho thấy bệnh do Avian Kể từ khi có sự chuyển dịch từ phương thức Metapneumovius (aMPV) cũng thường gặp, gâychăn nuôi nhỏ lẻ sang phương thức chăn nuôi thiệt hại về kinh tế lên tới hàng chục triệucông nghiệp với mật độ cao, các bệnh hô hấp ở USD/năm cho ngành chăn nuôi gà (Lwamba &vật nuôi nói chung và của gia cầm nói riêng đã cs., 2002).trở nên thường trực. Mầm bệnh thường gặp Avian Metapneumovirus là thành viên củatrong bệnh hô hấp phức hợp ở gia cầm được xác giống Metapneumovirus (Afonso & cs., 2016).định bao gồm nhiều loại virus, vi khuẩn và Virus có thể nhiễm cho gia cầm (gà tây, gà, vịt,mycoplasma... (Kleven, 1998; Fulton, 2014). ngan) (Sun & cs., 2014; Brown & cs., 2019) và596 Nguyễn Văn Giáp, Cao Thị Bích Phượng, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Đặng Hữu Anh, Chu Thị Thanh Hương, Vũ Thị Ngọc, Võ Văn Hiểu, Tạ Thị Kim Chung, Lê Bá Hiệp, Lê Thị Trinh, Trương Quang Lâm, Nguyễn Thị Hoa, Lê Thị Luyêndã cầm (Jardine & cs., 2018; Motamed Chaboki và Gy-5’-TCT CGC TGA CAA ATT GGT CCT& cs., 2018). Gà tây và gà là hai loài vật nuôi GA-3’ (Bayon-Auboyer & cs., 1999).mẫn cảm nhất, với biểu hiện bệnh chủ yếu ở hệ + Kít tách ARN (Patho Gene-spinhô hấp (Aung & cs., 2008) và có thể ảnh hưởng DNA/RNA Extraction Kit, 17154, iNtRON); kíttới năng suất sinh sản (Cook & cs., 2000; ...