Quy trình phân tích đoạn Cytochrome B trên các mẫu cá tra (Pangasianodon hypophthalmus)

Với mục đích kiểm định cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus), việc xây dựng quy trình phân tích đoạn Cytochrome b là cần thiết. Cặp mồi universal cho Cytb được sử dụng để nhân gen thuộc vùng gen ty thể thông qua PCR các mẫu cá Tra và một số loài cá da trơn khác với kích thước 430 bp. Sản phẩm PCR sau đó được tinh sạch và giải trình tự.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Quy trình phân tích đoạn Cytochrome B trên các mẫu cá tra (Pangasianodon hypophthalmus) VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN II QUY TRÌNH PHÂN TÍCH ĐOẠN CYTOCHROME B TRÊN CÁC MẪU CÁ TRA (Pangasianodon hypophthalmus) Trần Nguyễn Ái Hằng1*, Trần Thị Thúy Hà2 TÓM TẮT Với mục đích kiểm định cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus), việc xây dựng quy trình phân tích đoạn Cytochrome b là cần thiết. Cặp mồi universal cho Cytb được sử dụng để nhân gen thuộc vùng gen ty thể thông qua PCR các mẫu cá Tra và một số loài cá da trơn khác với kích thước 430 bp. Sản phẩm PCR sau đó được tinh sạch và giải trình tự. Các chuỗi trình tự nghiên cứu sau khi giải cần phải được xử lý sơ bộ trước khi được đưa vào chương trình phân tích chính. Đầu tiên, các chuỗi trình tự cần được kiểm tra chất lượng giải trình tự và xử lý bằng kết hợp hai phần mềm FinchTV và Bioedit để đạt được trình tự chuẩn xác nhất cho các bước phân tích tiếp theo. Kế tiếp, dùng phần mềm BLAST của NCBI để so sánh và xác định mức độ tương đồng của mẫu nghiên cứu với trình tự chuẩn đã được công bố trong dữ liệu của NCBI. Cuối cùng, phần mềm Mega 6 sẽ là phần mềm thích hợp cho các phân tích về sự phát sinh loài và khoảng cách di truyền của cá Tra và những loài cá da trơn khác trong họ Pangasiidae muốn quan tâm. Từ khóa: cá Tra, Cytochrome b, FinchTV và Bioedit, Pangasianodon hypophthalmus, quy trình phân tích đoạn I. ĐẶT VẤN ĐỀ đoạn trong vòng đời (trứng và ấu trùng) thậm Theo Ủy hội sông Mekong (MRC: Mekong chí còn phức tạp hơn việc nhận dạng khi trưởngRiver Commission) thì Việt Nam có tổng số 13- thành.14 loài trong họ Pangasiidae, bao gồm 1 loài Ngày nay, sự phát triển vượt bậc của ngànhthuộc giống Helicophagus, 11 loài thuộc giống gienome học (gienomics) và các thiết bị thế hệPangasius và 2 loài thuộc giống Pangasianodon mới đã mở đường cho việc nghiên cứu toàn bộ(MRC, 2008). Tuy nhiên, việc phân loại dựa vào gienome của các sinh vật thủy sản. Đặc biệt vớihình thái học biến động lớn và còn nhiều tranh sự xuất hiện của kỹ thuật giải trình tự giene thếcãi. Hiện nay, một số trang web cung cấp thông hệ mới đã giảm chi phí và nhân công một cáchtin rộng rãi về hình thái cá (www.fishbase.org); đáng kể trong khi có thể tạo được nguồn dữ liệutuy nhiên, trong một số trường hợp đặc tính hình di truyền khổng lồ trong thời gian ngắn. Đồngthái bị giới hạn như đặc điểm khác biệt giữa các thời, với những chương trình phần mềm đa dạngloài là quá nhỏ hoặc khó nhận thấy từ bên ngoài đã giúp ích rất nhiều cho việc phân tích dữ liệunhư xương lá mía, bóng hơi... . Thêm vào đó, gien, phát hiện ra những vùng đột biến điểm rấtnhiều đặc tính hình thái đã bị loại bỏ trong quá hiệu quả cho việc đánh giá khác biệt di truyềntrình tiêu hóa (ví dụ, cá tra bần thì thường thấy cũng như phát sinh loài quần thể của sinh vật.trái bần bên trong dạ dày của nó) hoặc xử lý chế DNA ty thể (mtDNA) được sử dụng rộngbiến (ví dụ như đồ hộp, thịt phi lê) thì việc xác rãi trong nghiên cứu phân loại và phả hệ bởiđịnh trở nên khó khăn hoặc thậm chí không thể. tính di truyền theo dòng mẹ, không bị trộn lẫnHơn nữa, việc xác định hình thái qua các giai qua các thế hệ tiến hóa nhanh (gấp 10 lần so1 Phòng Sinh học Thực nghiệm, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản II.2 Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I* Email: hangtna.ria2@mard.gov.vnTẠP CHÍ NGHỀ CÁ SÔNG CỬU LONG - SỐ 8 - THÁNG 9/2016 19 VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN IIvới DNA ở trong nhân) và phương pháp thuật thủy sản An Giang, Trại cá giống Châu Hưng,phân tích đơn giản (Kuhner và ctv., 2000). Bình Đại Bến Tre,…Trong đó, một số gien nằm trên DNA ty - Mẫu cá sau khi thu được rửa sạch bằng nướcthể (mtDNA) được xem như những DNA ngọt và mã hóa. Tiến hành phân loại bằng hình tháimã vạch trong phân loại động vật như khi mẫu còn tươi. Mẫu vây ngực (2 - 4g) được thugien Cytochrme c oxidase subunit 1 (COI) và cố định riêng rẽ trong các ống eppendorf 2ml, giữ(Hebert và ctv., 2003; Puckridge và ctv., trong cồn 96o. Các mẫu cá sau đó được bảo quản lạnh2013), Cytochrome b (Sevilla và ctv., ở - 200C cho mục đích phân tích sinh học phân tử sau2007), 16s rRNA (Vences và ctv., 2005). này.Trong đó, vùng nhỏ của gien cytochromeb cũng được xem là một marker tiềm năng 2.2. Phương pháp xây dựng quy trìnhcho mục tiêu này. 2.2.1. Tách chiết DNA tổng số từ mẫu vây cá Tra Tuy nhiên, chưa có nghiên cứu nào Quy trình tách DNA từ mẫu vậy là quy trình tủađược thực hiện để xây dựng quy trình phân muối được mô tả như trong Hình 1.tích đoạn gien Cytochrome b trên mẫu cáTra (P. hypophthalmus) phục vụ cho mục Eppendorf chứa mẫuđích nghiên cứu kiểm định. Do đó, nghiên 500µl Solution 1 đã cắt mịn 5x5 mm + 5 µlcứu này nhằm góp phần xây dựng quy ProteinaseK Votex nhanhtrình phân tích đoạn gien Cytochrome btrên các mẫu cá Tra (P. hypophthalmus). ...