So sánh hiệu quả thu nhận DNA tự do từ huyết tương thai phụ

Phát hiện và định lượng DNA thai tự do (cffDNA) trong huyết tương thai phụ đang trở thành hướng đi mới trong sàng lọc tiền sản không xâm lấn (NIPS). Rất nhiều phòng thí nghiệm đã ứng dụng cffDNA như là một nguồn vật liệu di truyền quan trọng để xác định giới tính thai nhi, các bệnh lí di truyền và một số lệch bội nhiễm sắc thể.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
So sánh hiệu quả thu nhận DNA tự do từ huyết tương thai phụY Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 22 * Số 5 * 2018 Nghiên cứu Y họcSO SÁNH HIỆU QUẢ THU NHẬN DNA TỰ DO TỪ HUYẾT TƯƠNG THAI PHỤ Lương Bắc An*,***, Quách Thị Hoàng Oanh**, Trịnh Nhựt Thư Hương**, Nguyễn khắc Hân Hoan**, Lê Quang Thanh**, Đỗ Thị Thanh Thủy*.TÓM TẮT Mở đầu: Phát hiện và định lượng DNA thai tự do (cffDNA) trong huyết tương thai phụ đang trở thànhhướng đi mới trong sàng lọc tiền sản không xâm lấn (NIPS). Rất nhiều phòng thí nghiệm đã ứng dụng cffDNAnhư là một nguồn vật liệu di truyền quan trọng để xác định giới tính thai nhi, các bệnh lí di truyền và một sốlệch bội nhiễm sắc thể. Trong NIPS, hạn chế lớn nhất khi phân tích cffDNA trong huyết tương thai phụ là hàmlượng cffDNA thấp (chỉ chiếm 3 - 13% trong tổng số cfDNA huyết tương thai phụ tùy theo tuổi thai) và độ tinhsạch của cfDNA sau tách chiết, cả hai yếu tố này đều tác động tới độ nhạy của xét nghiệm. Vì vậy, phương pháptối ưu để tách chiết cfDNA từ huyết tương thai phụ đóng vai trò quan trọng trong xét nghiệm NIPS. Mục tiêu: So sánh hiệu quả của 3 bộ kít tách chiết cfDNA từ mẫu huyết tương thai phụ. Phương pháp: Nghiên cứu mô tả cắt ngang. Nghiên cứu so sánh hiệu quả 3 quy trình tách chiết gồm 1phương pháp sử dụng công nghệ hạt từ (MagMAX circulating DNA (Applied Biosystems)) và 2 phương phápsử dụng công nghệ cột lọc (QIAamp Curculating Nucleic Acid Kit (QIAGen) và Quick-cfDNATMSerum &Plasma (Zymo Research)) để thu nhận cfDNA từ 30 mẫu huyết tương thai phụ. Nồng độ cfDNA được đo bằnghệ thống Qubit flourometer và phân bố kích thước được xác định bằng hệ thống Labchip GX Touch. Kết quả: Hàm lượng cfDNA khác nhau khi tách chiết từ 3 bộ kít (p = 9e - 11). So sánh nồng độ thu đượcgiữa các bộ kít, chúng tôi nhận thấy bộ kít MagMAX circulating DNA thu được nồng độ cfDNA cao hơn bộ kítQIAamp Circulating Nucleic acid (p = 0,00016) và Quick-cfDNATMSerum & Plasma (p = 3,7e - 11). Kết luận: Phương pháp ly trích cfDNA có thể ảnh hưởng chất lượng và kích thước sản phẩm cfDNA thunhận. Chúng tôi nhận thấy bộ kít MagMAX circulating DNA thể hiện nhiều ưu điểm vượt trội so với QIAampCurculating Nucleic Acid Kit (QIAGen) và Quick-cfDNATMSerum & Plasma (Zymo Research). Từ khóa: cfDNA, cffDNA, NIPS.ABTRACTS. COMPARING THE EFFICIENCY OF THREE METHODS IN EXTRACTION OF CELL-FREE DNA FROM MATERNAL BLOOD. Luong Bac An, Quach Thi Hoàng Oanh, Trinh Nhut Thu Huong, Nguyen Khac Han Hoan, Le Quang Thanh, Do Thi Thanh Thuy * Ho Chi Minh City Journal of Medicine * Vol. 22 - No 5- 2018: 185 – 191 Introduction: Detection and quantification of circulating free fetal (cffDNA) in maternal plasma hasrecently emerged as an alternative method for prenatal genetic diagnosis. Many laboratories have shown theutility of fetal circulating DNA as a unique source of genetic material for noninvasive prenatal evaluation of fetalgender, genetic disease and aneuploidy. Limitations in using cell-free fetal DNA in plasma for NIPS include thefetal fraction is low (about 3 - 13% in total cfDNA in maternal plasma with depending on gestational age) andfailure to recover highly purified total cfDNA, both of which impact to assay sensitivity. Therefore, optimalmethods to isolate cell-free fetal DNA from maternal plasma are critical in developing noninvasive fetal DNA *Đại học Y Dược TP. HCM, ** Bệnh viện Từ Dũ TP.HCM, *** Đại học Khoa Học Tự Nhiên TP. HCM. Tác giả liên lạc: CN. Lương Bắc An ĐT: 0933.908.241 Email: luongbacan1991@gmail.com 185Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 22 * Số 5 * 2018testing strategies. Objective: We aimed to compare the efficiency of three methods in extraction of cell free DNA from maternal blood. Methods: A cross-sectional study. The present study compares the one magnetic-bead based (MagMAXcirculating DNA (Applied Biosystems)) and two column-based (QIAamp circulating Nucleic acid (QIAgen) andQuick-cfDNATMSerum & Plasma (Zymo Research)) using 30 plasma samples from maternal blood. CfDNAconcentration was measured using the Qubit flourometer. DNA fragments length was assessed using the LabchipGX Touch. Results: CfDNA concentration were different among the three methods tested (p = 9e - 11). Intermethodcomparisons, we observed that MagMAX circulating DNA method significantly extracted more cfDNA thanQIAamp circulating Nucleic acid (p = 0.00016) and Quick-cfDNATMSerum & Plasma (p = 3.7e - 11),respectively. Conclusion: Methods for isolation of cfDNA can affect D ...