Tạo dòng và xác định trình tự cDNA mã hóa Protein Antivirus liên quan đến cơ chế kháng virus ở Tôm sú (Penaeus Monodon)

Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã tiến hành tạo dòng và xác định trình tự cDNA đầy đủ mã hóa protein antivirus PmAV. Gen antivirus có chiều dài 513 bp, mã hóa cho 170 amino acid. Kết quả so sánh trình nucleotide của gen antivirus cho thấy không có sự sai khác về trình tự nucleotide so với trình tự gen PmAV đã công bố trên GenBank (mã số GenBank tương ứng: AY302750, DQ641258 và HM034318).
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Tạo dòng và xác định trình tự cDNA mã hóa Protein Antivirus liên quan đến cơ chế kháng virus ở Tôm sú (Penaeus Monodon)Hoàng Thị Thu Yến và ĐtgTạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ85(09)/2: 161 - 164TẠO DÕNG VÀ XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ cDNA MÃ HÓA PROTEINANTIVIRUS LIÊN QUAN ĐẾN CƠ CHẾ KHÁNG VIRUS Ở TÔM SÖ(PENAEUS MONODON)Hoàng Thị Thu Yến1, Kim Thị Phương Oanh2,Phạm Anh Tuấn3, Nông Văn Hải21Đại học Thái nguyên; 2 Viện Công nghệ sinh học - Viện KHCN Việt NamTổng Cục Thủy Sản - Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam3TÓM TẮTCác bệnh gây ra do virus là thách thức lớn nhất đối với nghề nuôi tôm trên toàn thế giới, đặc biệtlà bệnh do virus gây hội chứng đốm trắng (White Spots Syndrome Virus- WSSV). Hiện nay vẫnchưa có biện pháp để kiểm soát WSSV khi dịch bệnh tôm xảy ra. Do đó, các gen thực hiện chứcnăng liên quan đến khả năng miễn dịch của tôm được đặc biệt quan tâm nghiên cứu. Trong đóantivirus là gen đầu tiên liên quan đến khả năng kháng virus gây hội chứng đốm trắng đã đượccông bố ở tôm sú (PmAV). Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã tiến hành tạo dòng và xác địnhtrình tự cDNA đầy đủ mã hóa protein antivirus PmAV. Gen antivirus có chiều dài 513 bp, mã hóacho 170 amino acid. Kết quả so sánh trình nucleotide của gen antivirus cho thấy không có sự saikhác về trình tự nucleotide so với trình tự gen PmAV đã công bố trên GenBank (mã số GenBanktương ứng: AY302750, DQ641258 và HM034318). Trình tự gen PmAV của chúng tôi phân lập đãđược đăng ký trên GenBank với mã số HQ662559. Đoạn cDNA mã hóa antivirus mà chúng tôiphân lập được là nguyên liệu có thể phục vụ cho những nghiên cứu tiếp theo nhằm làm sáng tỏchức năng của protein này.Từ khóa: Tôm sú, gen liên quan đến virus gây bệnh đốm trắng, gen liên quan đến miễn dịch, genliên quan đến kháng khuẩn, antivirus gen, hội chứng đốm trắng.MỞ ĐẦU*Nước ta có diện tích mặt nước ngọt, lợ vàbiển khá lớn, bao gồm các sông, suối, ao hồvà gần 2000 km bờ biển với thành phần giốngloài thủy sản phóng phú là tiềm năng to lớnđể phát triển nuôi trồng thủy sản. Tôm sú làđối tượng nuôi phổ biến ở các vùng nước lợ,mặn trên toàn quốc. Nghề nuôi tôm ở nước talà một thế mạnh của thuỷ sản. Theo Hiệp hộiChế biến và Xuất khẩu thủy sản Việt Nam(VASEP), năm 2010 lần đầu tiên xuất khẩutôm của Việt Nam vượt con số 2 tỷ USD, với241.000 tấn, tăng 13,4% về khối lượng và24,4% về giá trị so với 209.567 tấn và 1,675tỷ USD của năm 2009, diện tích nuôi tôm súcả nước đạt 613.718 ha, giá trị xuất khẩu tômsú ước đạt 1,45 tỷ USD. Việt Nam đã trởthành một trong năm quốc gia xuất khẩu tômlớn nhất thế giới.Tuy nhiên, nghề nuôi tôm ở nước ta cũng nhưcác nước trên thế giới đã gặp nhiều khó khăndo tôm bị nhiễm vi khuẩn và virus. Đặc biệt,bệnh do WSSV đã gây nên sự thiệt hại lớn vềkinh tế [1], [5]. Hiện nay vẫn chưa có biệnphát để kiểm soát WSSV khi dịch bệnh tôm*xảy ra. Do đó, nghiên cứu khả năng miễn dịchcủa tôm được đặc biệt quan tâm. Gần đây, đãcó một số nghiên cứu về các protein/gen cóliên quan đến các phản ứng của vật chủ đốivới một số loại virus phổ biến như: virus gâybệnh đốm trắng (WSSV), virus gây bệnh đầuvàng (YHV) và Taura virus [2]. Tuy nhiên, cơchế phân tử của các phản ứng miễn dịch ởtôm đối với virus thì vẫn chưa được sáng tỏ.Năm 2003, Luo và đồng tác giả đã phân lậpgen kháng virus đầu tiên từ tôm sú nhiễmWSSV (kí hiệu PmAV). cDNA của gen nàycó chiều dài 513 bp, mã hóa cho 170 aminoacid. PmAV tái tổ hợp được tạo ra ở E. colivà cũng được chứng minh có chức năngkháng virus [4]. Sau đó, cấu trúc genome,hoạt tính promoter của gen PmAV và sơ lượcsự biểu hiện của gen này ở cả tôm thường vàtôm nhiễm virus đã được nghiên cứu [3].Trong nghiên cứu này chúng tôi tiến hànhphân lập gen AV từ tôm sú Việt Nam nhiễmWSSV phục vụ cho việc nghiên cứu cấu trúcvà chức năng của protein này.NGUYÊN LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁPNguyên liệuEmail: yenhtt79@gmail.comSố hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên161http://www.lrc-tnu.edu.vnHoàng Thị Thu Yến và ĐtgTạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆChúng tôi đã tiến hành thu thập mẫu tôm bịbệnh đốm trắng tại Trạm Nghiên cứu thủy sảnnước lợ, km10 đường cao tốc Hải Phòng - ĐồSơn và các đầm nuôi tư nhân vùng lân cận.Ngay sau khi nhận tôm nguyên con, mô ganđã được tách riêng và bảo quản trong dungdịch nitơ lỏng.Phương phápTách chiết RNA tổng số và tinh sạch mRNARNA tổng số được tách chiết từ mẫu mô gantôm sú bằng phương pháp sử dụng trizol(Invitrogen) theo hướng dẫn của nhà sản xuất.Trizol là một loại dung dịch hóa chất hỗn hợpcủa phenol và guadinine isothiocyanate đượcpha sẵn chuyên dùng để tách chiết RNA tổngsố từ tế bào và mô. Mẫu mô được nghiềntrong trizol thành dạng đồng nhất bằng dụngcụ nghiền chuyên dụng. Trong quá trìnhnghiền mẫu, sự có mặt của trizol giúp bảotoàn cấu trúc của RNA trong khi phá vỡ tếbào và phân giải những thành phần khác củatế bào. Sau đó, RNA tổng số được phân táchbằng cách bổ sung chloroform và kết tủa bằng2-propanol (isop ...