Ứng dụng PCR-RFLP xác định genotype của virut sởi phân lập được ở một số tỉnh miền bắc Việt Nam (2006-2013)

Mục tiêu nghiên cứu của bài viết nhằm xác định genotype virut sởi hiện đang lưu hành ở một số tỉnh miền Bắc Việt Nam bằng phương pháp PCR-RFLP và giải trình tự gen. Kết quả cho thấy 46 chủng virut sởi hoang dại khi phân tích genotype bằng RFLP và giải trình tự gen đều thuộc genotype H1 và có một số thay đổi ở một vài vị trí nucleotid so với chủng đối chứng H1.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Ứng dụng PCR-RFLP xác định genotype của virut sởi phân lập được ở một số tỉnh miền bắc Việt Nam (2006-2013) TẠP CHÍ Y - DƯỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 8-2014 ỨNG DỤNG PCR-RFLP XÁC ĐỊNH GENOTYPE CỦA VIRUT SỞI PHÂN LẬP ĐƢỢC Ở MỘT SỐ TỈNH MIỀN BẮC VIỆT NAM (2006 - 2013) Nguyễn Thái Sơn*; Nguyễn Thị Hồng Ngọc** Nguyễn Thị Kim Loan*; Diêm Đăng Thanh*** TÓM TẮT Trong những năm gần đây, mặc dù vắxin sởi đã được đưa vào chương trình tiêm chủng mở rộng, bệnh sởi vẫn bùng phát và diễn biến phức tạp ở một số địa phương. Ngoài lý do tiêm chủng không đầy đủ thì có hay không những thay đổi trong genotype các chủng virut sởi mới lưu hành ở Việt Nam?. Nghiên cứu này nhằm mục tiêu: xác định genotype virut sởi hiện đang lưu hành ở một số tỉnh miền Bắc Việt Nam bằng phương pháp PCR-RFLP và giải trình tự gen. Kết quả cho thấy 46 chủng virut sởi hoang dại khi phân tích genotype bằng RFLP và giải trình tự gen đều thuộc genotype H1 và có một số thay đổi ở một vài vị trí nucleotid so với chủng đối chứng H1 (Genbank: JF824649). * Từ khóa: Virut sởi; Genotype; PCR- RFLP; Giải trình tự gen. APPLICATION OF PCR-RFLP IN IDENTIFYING GENOTYPE OF MEASLES VIRUS IN NORTHERN OF VIETNAM SUMMARY In recent years, there has been routine measles vaccination for children, but measles still breaks out and develops complicatedly in some regions. Apart from reasons of not being fully immunized, we need to answer the question whether or not the changes in the new genotype of measles virus strains circulating in Vietnam. This study aims at identifying circulating meales genotype in some Northern provinces of Vietnam by using PCR-RFLP and sequencing method. The results showed that all of 46 strains of wild-type measles virus isolated belong to genotype H1 and also have some nucleotides changing to compare with H1 control (Genbank: JF824649). * Key words: Measles virus; Genotype; PCR-RFLP; Sequencing. ĐẶT VẤN ĐỀ Sởi là một bệnh nhiễm trùng đường hô hấp do virut sởi gây ra, thường gặp ở trẻ em. Theo thống kê của Tổ chức Y tế Thế giới (WHO), tình trạng tử vong do bệnh sởi đã giảm 78% và vắcxin đã cứu sống 4,3 triệu người trong thập kỷ qua. Tuy nhiên, số liệu công bố của WHO cho thấy trung bình * Bệnh viện Quân y 103 ** Trường Cao đẳng Y tế Hà Nội *** Bệnh viện Quân y 110 Người phản hồi (Corresponding): Nguyễn Thái Sơn (ntson65@yahoo.com) Ngày nhận bài: 09/06/2014; Ngày phản biện đánh giá bài báo: 17/09/2014 Ngày bài báo được đăng: 25/09/2014 42 TẠP CHÍ Y - DƯỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 8-2014 330 người chết mỗi ngày, 14 trẻ chết mỗi giờ vì căn bệnh này hiện vẫn là quá lớn đối với một bệnh hoàn toàn có thể phòng ngừa được [8]. Tại Việt Nam, trong những năm gần đây dịch bệnh lại bùng phát với diễn biến phức tạp hơn, bệnh gặp cả ở người lớn (18 - 40 tuổi), tản phát và khó khống chế, riêng từ cuối năm 2013 đến hết quý I - 2014 đã ghi nhận trên 5.000 trường hợp nghi bệnh sởi [1]. Trước tình hình đó, ngoài việc tiêm phòng vắcxin, vấn đề đặt ra là phải nhanh chóng xác định được chính xác các genotype của chủng virut sởi đang lưu hành tại nhiều vùng lãnh thổ của quốc gia, nhằm phục vụ cho công tác giám sát dịch tễ học. Đây cũng là chiến lược chung của WHO trong mục tiêu thanh toán bệnh sởi trên toàn cầu dựa vào việc hoàn thiện bản đồ phân bố genotype của virut sởi hiện đang lưu hành ở vùng địa lý dân cư trên tất cả các châu lục [9]. Để xác định genotype của virut sởi, hiện nay có nhiều phương pháp như: phương pháp giải trình tự gen (sequencing), phương pháp realtime-PCR. phương pháp PCRRFLP… [6, 9]. Mỗi phương pháp đều có những ưu nhược điểm riêng. Trong đó, phương pháp PCR-RFLP sử dụng enzyme giới hạn cắt trình tự đã biết của sản phẩm PCR nhân đoạn gen của virut sởi, qua đó xác định kiểu gen của virut sởi thông qua phân tích tính đa hình các đoạn giới hạn. Đây là một phương pháp đơn giản, dễ thực hiện, không đòi hỏi những trang thiết bị đắt tiền, do đó đáp ứng được yêu cầu về mặt giá thành và cũng rút ngắn thời gian, phù hợp với nghiên cứu dịch tễ. Chính vì những lý do đó, chúng tôi tiến hành đề tài 43 này với mục tiêu: Xác định genotype virut sởi hiện đang lưu hành ở một số tỉnh miền Bắc Việt Nam bằng phương pháp PCR-RFLP. ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 1. Đối tƣợng nghiên cứu. - Các chủng virut sởi được phân lập từ ba loại vắcxin sống giảm độc lực gồm: 6675/Rouvax Aventis Pasteur (Pháp); AIK-C Vero và MMR (Mỹ) thuộc genotype nhánh A. Các chủng này dùng như chủng chuẩn trong nghiên cứu genotype virut sởi. Ngoài ra, nghiên cứu này còn dùng chủng virut sởi H1 là MVi/Hanam.VNM/6.09/9 (Genbank: JF824649) làm chủng đối chứng để so sánh và phân tích với chủng phân lập (hoang dại) trong nghiên cứu. - 46 chủng virut sởi thu được từ một số vụ dịch sởi từ 2006 - 2013 tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam đang lưu giữ tại Khoa Virut, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, sử dụng để nghiên cứu genotype. 2. Phƣơng pháp nghiên cứu. Phát hiện genotype virut sởi trên các chủng thu thập bằng kỹ thuật PCR-RFLP và giải trình tự gen. Các chủng virut sau khi ...