Ứng dụng phản ứng PCR trực tiếp (Direct PCR) phát hiện một số vi khuẩn ở gà mắc bệnh hô hấp phức hợp tại Hà Nội và vùng phụ cận

Nghiên cứu này thiết lập và ứng dụng phản ứng PCR trực tiếp (direct PCR) để xác định tần suất có mặt của một số vi khuẩn thường gặp ở gà mắc bệnh hô hấp phức hợp. Kết quả chỉ ra rằng mức độ đồng thuận của phương pháp PCR trực tiếp so với PCR thường quy là rất cao.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Ứng dụng phản ứng PCR trực tiếp (Direct PCR) phát hiện một số vi khuẩn ở gà mắc bệnh hô hấp phức hợp tại Hà Nội và vùng phụ cận Vietnam J. Agri. Sci. 2022, Vol. 20, No. 2: 156-165 Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam 2022, 20(2): 156-165 www.vnua.edu.vn Cao Thị Bích Phượng*, Nguyễn Văn Giáp, Nguyễn Thành Trung, Mai Thị Ngân, Vũ Thị Ngọc, Huỳnh Thị Mỹ Lệ Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam * Tác giả liên hệ: ctbphuong@vnua.edu.vn Ngày nhận bài: 18.10.2021 Ngày chấp nhận đăng: 10.01.2022 TÓM TẮT Bệnh hô hấp phức hợp đã nổi lên như một thách thức kinh tế lớn đối với ngành chăn nuôi gia cầm. Cùng với đó, các công cụ chẩn đoán hiện tại như các quy trình xét nghiệm nuôi cấy phân lập vi khuẩn, huyết thanh học hay PCR thường quy tốn nhiều thời gian & sử dụng nhiều công lao động. Chính vì vậy, nghiên cứu này thiết lập và ứng dụng phản ứng PCR trực tiếp (direct PCR) để xác định tần suất có mặt của một số vi khuẩn thường gặp ở gà mắc bệnh hô hấp phức hợp. Kết quả chỉ ra rằng mức độ đồng thuận của phương pháp PCR trực tiếp so với PCR thường quy là rất cao. Khi kiểm tra 173 gà mắc hội chứng sưng phù đầu nghi do các mầm bệnh như Mycoplasma gallisepticum (MG), Avibacterium paragallinarum (APG), Ornithobacterium rhinotracheale (ORT) và avian pathogenic Escherichia coli (APEC) bằng phản ứng PCR trực tiếp, 68% trường hợp dương tính với ít nhất một mầm bệnh khảo sát, trong khi 23% gà bị nhiễm đồng thời 2-3 mầm bệnh. Như vậy, phương pháp PCR trực tiếp có thể được sử dụng như một công cụ hiệu quả để phát hiện một số vi khuẩn ở gà mắc bệnh hô hấp phức hợp ở Hà Nội và vùng phụ cận. Từ khóa: PCR trực tiếp, bệnh hô hấp phức hợp, vi khuẩn, gia cầm, Hà Nội. Application of Direct PCR for Detection of Several Bacteria in Chicken with Respiratory Disease Complex in Hanoi and Neighbour Vicinity ABSTRACT The respiratory disease complex has emerged as a major economic problem for the poultry industry. In addition, the current diagnostic tools, such as bacteria isolation, serological tests, and conventional PCR are time-consuming and labor-intensive. Therefore, this study was carried out to develop the direct PCR and to apply it to investigate the presence of some common bacteria in the swollen head syndrome. Compared with the conventional PCR results, the Kappa value for direct PCR was almost in perfect agreement. Among 173 samples screening by direct PCR, 68% of cases revealed infection by at least one investigated pathogen, while 23% had concurrent infections by two to three bacteria in a single case. As a result, direct PCR is recommended to be an effective tool for detecting the concurrent infections by Mycoplasma gallisepticum (MG), Avibacterium paragallinarum (APG), Ornithobacterium rhinotracheale (ORT) and avian pathogenic Escherichia coli (APEC) of the swollen head syndrome in chickens in the vicinity of Hanoi. Keywords: Direct PCR, complex respiratory disease, bacteria, co-infection, poultry, Hanoi. 156 Cao Thị Bích Phượng, Nguyễn Văn Giáp, Nguyễn Thành Trung, Mai Thị Ngân, Vũ Thị Ngọc, Huỳnh Thị Mỹ Lệ Ⅱ  157 Ứng dụng phản ứng PCR trực tiếp (direct PCR) phát hiện một số vi khuẩn ở gà mắc bệnh hô hấp phức hợp tại Hà Nội và vùng phụ cận µ  µ µ µ µ µ µ º  µ   µ  µ µ    Mồi xuôi Trình tự (5’-3’) Chu trình nhiệt phản ứng PCR thường quy /mồi ngược MG.732F GGATCCCATCTCGACCACGAGAAAA 1 vòng (94C - 4 phút) /MG.732R CTTTCAATCAGTGAGTAACTGATGA 40 vòng (94C - 20 giây, 55C - 40 giây, 72C - 60 giây) 1 vòng (72C - 5 phút) APG.500F CAATGTCGATCCTGGTACAATGAG 1 vòng (94C - 4 phút) /APG.500R CAAGGTATCGATCGTCTCTCTACT 40 vòng (94C - 20 giây, 60C - 30 giây, 72C - 40 giây) 1 vòng (72C - 5 phút) ORT.784F GAGAATTAATTTACGGATTAAG 1 vòng (94C - 4 phút) /ORT.784R TTCGCTTGGTCTCCGAAGAT 40 vòng (94C - 20 giây, 52C - 30 giây, 72C - 60 giây) 1 vòng (72C - 5 phút) APEC.553F AATCCGGCAAAGAGACGAACCGCCT 1 vòng (94C - 4 phút) /APEC.553R ...