Xác định các tương tác của protein xuyên màng nấm men trên quy mô lớn

Miller và đồng sự thực hiện sàng lọc trên quy mô lớn để xác định tương tác giữa các protein xuyên màng của Saccharomyces cerevisiae bằng kỹ thuật ubiquitin phân tách cải tiến (modified split-ubiquitin). Trong số 705 protein xuyên màng đã chú thích, các tác giả xác định được 1.985 tương tác giả định liên quan đến 536 protein.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Xác định các tương tác của protein xuyên màng nấm men trên quy mô lớn Xác định các tươngtác của protein xuyênmàng nấm men trênquy mô lớnMiller và đồng sự thực hiệnsàng lọc trên quy mô lớn để xácđịnh tương tác giữa các proteinxuyên màngcủa Saccharomycescerevisiae bằng kỹ thuậtubiquitin phân tách cải tiến(modified split-ubiquitin).Trong số 705 protein xuyênmàng đã chú thích, các tác giảxác định được 1.985 tương tácgiả định liên quan đến 536protein.Nhằm tăng độ tin cậy, họ sửdụng thuật toán SVM (supportvector machine ) để phân loại cáctương tác dựa trên kết quả thínghiệm và dữ liệu protein thuđược từ các nguồn tài liệu sẵn cókhác.Sử dụng các tương tác đã xácđịnh cũng như được đưa ra nhờmáy tính trước đây để “huấnluyện” SVM. Qua đó tìm ra 4nhóm tương tác theo mức độ tincậy giảm dần gồm 131 tương táccó độ tin cậy cao nhất, tiếp đến là209, 468 và 1.085 tương tác cóđộ tin cậy thấp.Nghiên cứu này đã tìm thấy córất nhiều tương tác giả định củamột nhóm protein mà thật sựchúng khó phân tích với hiệusuất cao nếu dùng các cách tiếpcận khác. Kết quả còn cho thấy rằng trong các nghiên cứu trước đây, người ta đã bỏ sót một số thànhThe split- phần trong quanubiquitin trọng các quá trìnhmembrane sinh học và vai tròyeast two- chức năng của cáchybrid protein xuyên màng.systemLarge-scale identification ofyeast integral membraneprotein interactions.Miller JP, Lo RS, Ben-Hur A,Desmarais C, Stagljar I, StaffordNoble W, Fields S.Proc Natl Acad Sci USA 2005Aug 10Sau đây là đánh giá về nghiêncứu này tại F1000 ngày 18-8-2005F1000 Factor 3.0John YatesThe Scripps Research Institute,United States of AmericaCHEMICAL BIOLOGYBài báo này mô tả cách tiếp cậnmới giúp giải quyết thách thức vềmặt công nghệ trong lĩnh vựctương tác protein-protein của cácprotein xuyên màng. Các tác giảđã dùng hệ thống ubiquitin phântách cải tiến để sàng lọc tươngtác protein-protein của cácprotein xuyên màng của S.cerevisiae. Họ đánh giá mức độtin cậy của 1.985 tương tác bằngthuật toán SVM trên cơ sở cáctương tác đã biết từ tài liệu vàcác tương tác đã được đánh giátrên máy tính.