Xác định trình tự vùng điều khiển D-loop DNA ty thể của Gà ri, Gà tre, Gà ác được nuôi ở Bắc Giang

DNA ty thể (mtDNA) bao gồm những gen mã hoá protein, gen tRNA, gen rRNA và vùng điều khiển – vùng không mã hoá duy nhất với các promoter điều khiển sự tái bản và phiên mã mtDNA. Vùng điều khiển mtDNA là vùng tiến hoá nhanh nhất của mtDNA, dựa trên cơ sở đó có thể đánh giá mối quan hệ gần gũi về mặt di truyền trong nghiên cứu giữa các quần thể của loài.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Xác định trình tự vùng điều khiển D-loop DNA ty thể của Gà ri, Gà tre, Gà ác được nuôi ở Bắc GiangVũ Thị Như Trang và csTạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ58(10): 86 - 89XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ VÙNG ĐIỀU KHIỂN D-LOOP DNA TY THỂ CỦA GÀ RI, GÀ TRE, GÀÁC ĐƯỢC NUÔI Ở BẮC GIANGVũ Thị Như Trang*, Nguyễn Trọng LạngTrường Đại học Sư phạm - Đại học Thái NguyênTÓM TẮTDNA ty thể (mtDNA) bao gồm những gen mã hoá protein, gen tRNA, gen rRNA và vùngđiều khiển – vùng không mã hoá duy nhất với các promoter điều khiển sự tái bản vàphiên mã mtDNA. Vùng điều khiển mtDNA là vùng tiến hoá nhanh nhất của mtDNA, dựatrên cơ sở đó có thể đánh giá mối quan hệ gần gũi về mặt di truyền trong nghiên cứugiữa các quần thể của loài. Chúng tôi xác định được trình tự vùng điều khiển D-loop của3 giống gà Ri, Ác, Tre gồm 1223 nucleotid và so sánh chúng với trình tự của gàWhitelergo gốc Anh thấy rằng giữa chúng có 15 điểm đa hình (đột biến).Từ khóa: DNA ty thể, vùng điều khiển D-loop, promoter, vùng tiến hóaSố hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyênhttp://www.lrc-tnu.edu.vnVũ Thị Như Trang và cs*Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ1. MỞ ĐẦUDNA ty thể (mtDNA) có dạng chuỗi kép, trần,mạch vòng và là vật chất di truyền nằm ngoàinhân di truyền theo dòng mẹ. DNA ty thể baogồm những gen mã hoá protein, gen tRNA,gen rRNA và vùng điều khiển – vùng khôngmã hoá duy nhất với các promoter để tái bảnvà phiên mã mtDNA. DNA ty thể có nhữngđặc tính đáng quan tâm như sau: (1) Tỷ lệtiến hoá phân tử của chúng nhanh hơnkhoảng 5 lần so với bất kỳ một gen trongnhân nào. (2) mtDNA là một phân tử đơn bộimà không tái tổ hợp. Vùng điều khiển mtDNAlà vùng tiến hoá nhanh nhất của mtDNA:chúng tích luỹ các đột biến với tỷ lệ cao hơngấp 5–10 lần so với các gen khác củamtDNA, dựa trên cơ sở đó có thể đánh giámối quan hệ gần gũi về mặt di truyền trongnghiên cứu giữa các quần thể của loài. Trongbài báo này, chúng tôi công bố kết quả xác địnhtrình tự vùng điều khiển D-loop DNA ty thể củagà Ri, gà Tre, gà Ác được nuôi ở Bắc Giang.58(10): 86 - 89của gà mà đầu 3’ của tiếp hợp vào (Desjadinsvà Morais, 1990) [3].- Tinh sạch sản phẩm PCR (thôi gel) theoprotocol của hãng Promega để thu sản phẩmPCR tinh sạch. Kiểm tra sản phẩm thôi geltrên gel agarose 0,8%.- Trình tự vùng D-loop được xác định dựatrên nguyên tắc chung của phương phápSanger [1], [2]. Vì đoạn gen cần xác định cóchiều dài khoảng 1.3 kb nên chúng tôi đã xácđịnh trình tự nucleotid từ hai chiều của tất cảcác đoạn DNA có trong sản phẩm PCR nhờcặp mồi H1255- L16725 và nhờ máy xác định®trình tự ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer.Sau đó chúng tôi sử dụng các phần mềmSeqscape & Bio Edit để kết hợp số liệu củahai chiều đọc và thu được trình tự hoàn chỉnhcủa vùng D-loop của 3 giống gà Ri, Ác, Tre.Các thí nghiệm được tiến hành tại phòng thínghiệm công nghệ DNA ứng dụng - ViệnCông nghệ Sinh học thuộc Viện Khoa học vàCông nghệ Việt Nam.2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN2.1. Vật liệu3.1. Tách chiết và tinh sạch DNA tổng sốtừ máu gàCác mẫu máu được lấy từ các giống gà Ri,gà Ác, gà Tre nuôi tại Bắc Giang.2.2. Phương pháp nghiên cứu- Tách chiết và tinh sạch DNA tổng số theoSambrook và Russell [6].- Điện di DNA theo phương pháp của HồHuỳnh Thùy Dương [1].Chúng tôi đã lựa chọn phương pháp táchchiết DNA tổng số của Sambrook và Russell[6]. Kiểm tra sản phẩm tinh sạch trên gelagarose 0,8%. Kết quả được thể hiện trênhình 1.- Nhân vùng điều khiển D-loop bằng kỹ thuậtPCR theo McPherson M.J. và Quirke P.,Taylor G.R. [4] bằng cặp mồi chuyên biệt làH1255- L16725 và đầy đủ các thành phầncủa phản ứng PCR.Trình tự của cặp mồi như sau:+ Mồi xuôi H1255:5’- CATCTTGGCATCTTCACTGCC -3’+ Mồi ngược L16725: 5’AGGACTACGGCTTGAAAGC - 3’Trong đó H, L là chữ viết tắt cho chuỗi nặng(Heavy) và chuỗi nhẹ (Light), chữ số là vị trínucleotid trên mtDNA trong trình tự đầy đủ*Vũ Thi Như Trang, Tel: 01685 475 445,College of Education, Thai Nguyen UniversitySố hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái NguyênHình 1. Kết quả điện di DNA tổng số1. Gà Ri; 2. Gà Ác; 3. Gà TreKết quả cho thấy, cả 3 băng DNA tổng số củagà Ri, Ác, Tre đều sáng tập trung và tươngđối rõ nét. Ba băng DNA thu được có kíchthước khoảng 21kb. Như vậy, có thể đánh giáDNA tổng số thu được đã đạt yêu cầu vềhttp://www.lrc-tnu.edu.vnVũ Thị Như Trang và csTạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ58(10): 86 - 89nồng độ và độ tinh sạch để dùng cho các thínghiệm tiếp theo.3.2. Nhân vùng điều khiển D-loop của DNAty thểBằng kỹ thuật PCR, chúng tôi đã khuếch đạiđược vùng điều khiển D-loop. Sản phẩm PCRđược kiểm tra trên gel agarose 0,8% với thểtích là 8 ml. Kết quả PCR được thể hiện trênhình 2.Hình 2. Kết quả điện di sản phẩm PCRM: Marker DNA lamda;1. Gà Ri; 2. Gà Ác; 3. Gà TreKết quả cho thấy, cả 3 mẫu đều xuất hiệnbăng DNA có kích thước khoảng 1,3 kb, phùhợp với tính toán lý thuyết. Các băng sángđậm, rõ nét, tập trung, chứng tỏ sản phẩmP ...