Xây dựng mô hình QSAR mô tả hoạt tính Estrogen của Bisphenol A và các dẫn xuất sử dụng lý thuyết hóa lượng tử và phép hồi quy đa biến tuyến tính

Bài báo trình bày kết quả nghiên cứu và xây dưng mô hình QSAR mô tả hoạt tính estrogen đối với Bisphenol A và các dẫn xuất. Các thông số lượng tử (cấu trúc, năng lượng) được tính toán theo phương pháp phiếm hàm mật độ (DFT), phiếm hàm tương quan trao đổi meta GGA và bộ hàm cơ sở 6-31+G*. Các tham số hóa lượng tử thu được – đóng vai trò là các biến độc lập, kết hợp với các giá trị sinh hóa thực nghiệm được chọn lọc – đóng vai trò là các biến phụ thuộc, tạo ra bộ dữ liệu số để xây dựng mô hình trên cơ sở sử dụng phương pháp hồi quy đa biến tuyến tính.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Xây dựng mô hình QSAR mô tả hoạt tính Estrogen của Bisphenol A và các dẫn xuất sử dụng lý thuyết hóa lượng tử và phép hồi quy đa biến tuyến tínhTạp chí Khoa học ĐHQGHN: Khoa học Tự nhiên và Công nghệ, Tập 34, Số 3 (2018) 84-94Xây dựng mô hình QSAR mô tả hoạt tính Estrogen củaBisphenol A và các dẫn xuất sử dụng lý thuyết hóa lượng tửvà phép hồi quy đa biến tuyến tínhVũ Văn Đạt1,*, Lâm Ngọc Thiềm1, Lê Kim Long2,Đoàn Văn Phúc3, Nguyễn Hoàng Trang2, Nguyễn Văn Tráng41Khoa Hóa học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQGHN, 19 Lê Thánh Tông, Hà Nội, Việt Nam2Trường Đại học Giáo c, ĐHQGHN, 144 Xuân Thủy, Cầu Giấy, Hà Nội, Việt Nam3Viện Hóa học Vật liệu, Viện Khoa học và Công nghệ Quân sự, 17 Hoàng Sâm, Hà Nội, Việt Nam4Viện Kỹ thuật Nhiệt đới, Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam,18 Hoàng Quốc Việt, Hà Nội, Việt NamNhận ngày 20 tháng 8 năm 2018Chỉnh sửa ngày 29 tháng 8 năm 2018; Chấp nhận đăng ngày 30 tháng 8 năm 2018Tóm tắt: Bài báo trình bày kết quả nghiên cứu và xây dưng mô hình QSAR mô tả hoạt tínhestrogen đối với Bisphenol A và các dẫn xuất. Các thông số lượng tử (cấu trúc, năng lượng) đượctính toán theo phương pháp phiếm hàm mật độ (DFT), phiếm hàm tương quan trao đổi meta GGAvà bộ hàm cơ sở 6-31+G*. Các tham số hóa lượng tử thu được – đóng vai trò là các biến độc lập,kết hợp với các giá trị sinh hóa thực nghiệm được chọn lọc – đóng vai trò là các biến phụ thuộc,tạo ra bộ dữ liệu số để xây dựng mô hình trên cơ sở sử dụng phương pháp hồi quy đa biến tuyếntính. Kết quả cho thấy, đã xây dựng được mô hình QSAR với 10 biến độc lập, mô tả/dự đoán tốthoạt tính estrogen của hệ chất nghiên cứu. Mô hình dự đoán QSAR thu được có R2> 0,9,22QLOO 0,512 và Rpredicted 0,5438 . Các chỉ số thống kê cho thấy, mô hình xây dựng bằngphương pháp hồi quy đa biến tuyến tính sử dụng các tham số hóa lượng tử trong nghiên cứu nàycó thể ứng dụng như một mô hình dự đoán hoạt tính estrogen cho các dẫn xuất và các chất đồngdạng của BPA với độ tin cậy trung bình.Keywords: Bisphenol A, Estrogen, DFT, QSAR, hồi quy đa biến tuyến tính.1. Đặt vấn đềlần đầu tiên vào những năm 1890 và được sửdụng thương mại từ năm 1950. Tuy nhiên, đếnđầu những năm 1990, các nghiên cứu chỉ rarằng BPA tồn dư trong các sản phẩm nhựapolycarbonate và nhựa epoxy là nguyên nhângây ra những rối loạn nội tiết trong cơ thể, gópphần gia tăng rủi ro đối với các bệnh liên quanđến tim mạch, béo phì [1] tiểu đường [2, 3], ảnhBisphenol A (BPA) là một trong những hóachất phổ biến nhất trên thế giới, được phát hiện_______Tác giả liên hệ. ĐT.: 84-934277732.Email: vvdat@most.gov.vnhttps://doi.org/10.25073/2588-1140/vnunst.477884V.V. Đạt và nnk. / Tạp chí Khoa học ĐHQGHN: Khoa học Tự nhiên và Công nghệ, Tập 34, Số 3 (2018) 84-94hưởng khả năng phát triển trí não của trẻ em[4]; ảnh hưởng hoạt động tuyến tiền liệt, gây raung thư vú, u nang buồng trứng …[5].Hiện nay, rất nhiều hãng đã chuyển sangsản xuất các sản phẩm không chứa BPA, thaythế BPA bằng BPS (bisphenol – S), BPF(bisphenol – F) hoặc các dẫn suất khác củaBPA. Tuy nhiên, những nghiên cứu gần đâycho thấy kể cả một số lượng nhỏ BPS và BPFcũng có thể ảnh hưởng đến chức năng của cáctế bào giống như BPA, mặc dù liều lượng tiếpxúc an toàn của chúng không giống nhau [6].Nhiệm vụ cấp thiết đặt ra trước mắt cho cácnhà khoa học hiện nay là xác định liều lượng tốithiểu gây ra các tác dụng sinh học tiêu cực củaBPA và nhóm dẫn xuất đối với con người cũngnhư môi trường sinh thái, từ đó, có hướng khaithác và sử dụng hiệu quả các chế phẩm từ BPAmà vẫn bảo đảm an toàn cho người sử dụng.Theo đó, nghiên cứu QSAR (quantitativestructure-activity relationship - nghiên cứu mốiquan hệ định lượng giữa cấu trúc phân tử vàhoạt chất sinh học) được ứng dụng rộng rãi nhưmột giải pháp tối ưu để kiểm tra, đánh giá vàsàng lọc về khả năng đáp ứng sinh học của bộchất cần khảo sát cũng như để thiết lập, kiểmnghiệm và cho đề xuất về các hợp chất mới cókhả năng đáp ứng các hoạt tính sinh học nhấtđịnh. Các mô hình QSAR được xây dựng trênquy trình nghiên cứu hóa học phân tử và phântích sinh hóa thực nghiệm để tham số hóa các85đặc điểm cấu trúc và hoạt tính sinh học của mộtbộ chất, kết hợp với quy trình xử lý số liệu bằngcác phương pháp thống kê để thiết lập mối quanhệ định lượng cấu trúc - hoạt tính dưới dạng cácmô hình toán học. Mỗi mô hình QSAR đượcthực hiện trên một bộ chất, có phạm vi ứngdụng nhất định, trong đó, có thể dự đoán sinhhọc đối với nhiều hợp chất khác mà không cầnthực hiện các phép kiểm tra sinh học phức tạpbằng thực nghiệm, cho phép tiết kiệm thời gian,chi phí và nhân lực. Hiện nay, nghiên cứuQSAR được phát triển mạnh mẽ trên toàn cầu,tạo ra một bộ cơ sở dữ liệu khổng lồ về các hoạttính thực nghiệm của rất nhiều hợp chất cũngnhư xây dựng thành công rất nhiều chươngtrình cho phép khảo sát và tính toán các tham sốcấu trúc đặc trưng cho phân tử.Mục đích của nghiên cứu này là khai tháccác dữ liệu sẵn có, k ...