Xây dựng quy trình ASO PCR xác định điểm đa hình RS2231142 trên ABCG2

Protein ABCG2 (ATP binding cassette sub-family G member 2) là một protein vận chuyển nằm trên màng tế bào thuộc đại gia đình protein vận chuyển phụ thuộc ATP. Protein ABCG2 được mã hóa bởi gen ABCG2 nằm trên nhánh dài nhiễm sắc thể số 4, có vai trò vận chuyển các thuốc hóa trị ung thư, nhiều nhóm thuốc và hợp chất nhau (statin, cimetidine, flavonoid…).
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Xây dựng quy trình ASO PCR xác định điểm đa hình RS2231142 trên ABCG2Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 22 * Số 1 * 2018XÂY DỰNG QUY TRÌNH ASO PCR XÁC ĐỊNH ĐIỂM ĐA HÌNH rs2231142 TRÊN ABCG2 Mai Phương Thảo*, Lê Thị Kim Hoàng**TÓM TẮT Đặt vấn đề: Protein ABCG2 (ATP binding cassette sub-family G member 2) là một protein vận chuyểnnằm trên màng tế bào thuộc đại gia đình protein vận chuyển phụ thuộc ATP. Protein ABCG2 được mã hóa bởigen ABCG2 nằm trên nhánh dài nhiễm sắc thể số 4, có vai trò vận chuyển các thuốc hóa trị ung thư, nhiều nhómthuốc và hợp chất nhau (statin, cimetidine, flavonoid…). Các nghiên cứu gần đây, phát hiện vai trò vận chuyểnvà bài tiết acid uric ở thận, gan, ruột và não của protein ABCG2. Gen ABCG2 có tính đa hình tương đối cao,trong đó r2231142 (Q141K, 421.C>A) là điểm đa hình được nghiên cứu nhiều nhất có ý nghĩa quan trọng trongchuyển hóa thuốc và acid uric. Biến thể Q141K vừa làm giảm biểu hiện protein ABCG2 vừa làm giảm hoạt độngvận chuyển phụ thuộc ATP của protein này. Việc xác định biến thể rs2231142 trên gen ABCG2 có ý nghĩa quantrọng đối với dược động học, chuyển hóa và đào thải của các loại thuốc cũng như chuyển hóa acid uric. Có nhiềuphương pháp để phát hiện vị trí đột biến gen như giải trình tự, ASO-PCR, RFLP PCR… trong đó, giải trình tựchuỗi DNA vẫn là tiêu chuẩn vàng. Tuy nhiên phương pháp này có điểm hạn chế là chi phí cao và thời gian trảkết quả chậm. Để khắc phục các nhược điểm này của phương pháp giải trình tự DNA, một yêu cầu đặt ra là cầncó phương pháp phát hiện biến thể rs2231142 trên gen ABCG2 chi phí thấp hơn, thời gian trả kết quả nhanh hơnnhưng vẫn đảm bảo độ chính xác. Mục tiêu nghiên cứu: Xây dựng quy trình ASO PCR xác định điểm đa hình rs2231142 trên gen ABCG2. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Phân tích mẫu máu ngoại vi của bệnh nhân được chẩn đoánParkinson đến khám tại Phòng khám Thần kinh, Bệnh viện Đại Học Y Dược Thành Phố Hồ Chí Minh. Tiến hànhtách chiết DNA, sử dụng kỹ thuật ASO-PCR xác định điểm đa hình, so sánh với kết quả giải trình tự Sanger. Kết quả: Chúng tôi đã xác định được trình tự cặp mồi phản ứng ASO PCR nhận diện đặc hiệu đúngnucleotide A ở vị trí 421 với độ nhạy và đặc hiệu 100%, đồng thời thiết lập thành công điều kiện phản ứng tối ưucủa phản ứng ASO PCR xác định điểm đa hình rs2231142 (Q141K) trên gen ABCG2. Kết luận: Việc thiết kế cặp mồi đặc hiệu cho phản ứng ASO PCR trong xác định điểm đa hình gen cho phépphân tích gen nhanh chóng, tiết kiệm thời gian và chi phí nhưng vẫn đảm bảo độ nhạy và độ đặc hiệu cao. Từ khóa: Bệnh Parkinson, biến thể ABCG2 (rs2231142), uric acid, ASO-PCR, giải trình tự Sanger.ABSTRACTAPPLICATION OF ASO-PCR FOR DETECTING SINGLE-NUCLEOTIDE POLYMORPHISM IN ABCG2 (rs2231142) Mai Phuong Thao, Le Thi Kim Hoang * Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Supplement Vol. 22 - No 2- 2018: 218 - 224 Introduction: ABCG2 belongs to ATP binding cassette sub-family G member 2, which is encoded by onchromosome 4 and related to drugs-resistance and exporter. Recent studies showed the function of ABCG2 in thetransportation and excretion of urate in renal, liver, colon and brain. rs2231142 is a common variant of ABCG2in which glutamine at codon 141 is mutated to lysine (Q141K). The resultant missense polymorphism at codon141 (Q141K) has been shown to be a loss-of-function mutation. The detection of ABCG2 variant (rs2231142)plays an important role in evaluating the metabolism of different drugs and even uric acid. There are various* Khoa Xét nghiệm, BV đa khoa Đồng Tháp, **Bộ môn Sinh lý học, Đại Học Y Dược TP.HCMTác giả liên lạc: TS. Mai Phương Thảo ĐT: 0918329999 Email:maithao292@gmail.com224 Chuyên Đề Nội KhoaY Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 22 * Số 1 * 2018 Nghiên cứu Y họcmethods in detecting single-point mutation, such as gene sequencing, ASO-PCR, RFLP PCR…., the mostvaluable standard among of which is gene sequencing. However, this technique is time-consuming and high cost.From this issue, it is necessary to find out a method which allows the result faster, low-cost, sensitive and specific. Objectives: Establish ASO-PCR procedure to analyze the single-nucleotide polymorphism rs2231142(Q141K) of ABCG2. Materials and Methods: DNA was extracted from 2 mL of peripheral blood sample of 30 Parkinsonpatients in the Department of Neurology, University Medical Center. These DNA were respectively applied toASO-PCR, and then compared to Sanger sequencing results. Results: We identified specific ...