Xây dựng và đánh giá qui trình phát hiện Acinetobacter baumannii bằng real-time PCR

Nhiễm khuẩn bệnh viện đang là vấn đề rất được quan tâm vì hầu hết các tác nhân là những vi khuẩn đa kháng thuốc. Một trong những vi khuẩn hàng đầu gây nhiễm khuẩn bệnh viện hiện nay là Acinetobacter baumannii. Vi khuẩn này thường có biểu hiện kiểu hình đa kháng sinh và liên quan đến các trường hợp nhiễm khuẩn đặc biệt nghiêm trọng ở bệnh viện.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Xây dựng và đánh giá qui trình phát hiện Acinetobacter baumannii bằng real-time PCRNghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 19 * Số 5 * 2015 XÂY DỰNG VÀ ĐÁNH GIÁ QUI TRÌNH PHÁT HIỆN ACINETOBACTER BAUMANNII BẰNG REAL-TIME PCR Nguyễn Tuấn Anh*, Đào Minh Ý **, Huỳnh Thị Thúy Hạnh**, Hồ Huỳnh Thùy Dương*,***TÓM TẮT Đặt vấn đề: Nhiễm khuẩn bệnh viện đang là vấn đề rất được quan tâm vì hầu hết các tác nhân là những vikhuẩn đa kháng thuốc. Một trong những vi khuẩn hàng đầu gây nhiễm khuẩn bệnh viện hiện nay làAcinetobacter baumannii. Vi khuẩn này thường có biểu hiện kiểu hình đa kháng sinh và liên quan đến các trườnghợp nhiễm khuẩn đặc biệt nghiêm trọng ở bệnh viện. Mục tiêu nghiên cứu: Xây dựng qui trình real-time PCR phát hiện A. baumannii. Phương pháp nghiên cứu: Qui trình real-time PCR tối ưu cho phản ứng nhân bản gene blaOXA-51 đặctrưng cho A. baumannii và gene 16S rRNA đặc trưng cho Acinetobacter spp. được xây dựng. Kết quả phát hiệnA. baumannii bằng real-time PCR được so sánh với kết quả định danh A. baumannii bởi hệ thống định danh visinh tự động Phoenix (BD). Kết quả: Kết quả cho thấy qui trình có thể phát hiện chính xác A. baumannii dựa vào gene blaOXA-51 với độnhạy là 11 bản sao/phản ứng và độ đặc hiệu cao. Tỉ lệ phát hiện A. baumannii đạt 90,8%; trong khi phương phápvi sinh tự động là 70,8% trên những mẫu khảo sát. Kết luận: Qui trình real-time PCR phát hiện A. baumannii đã được xây dựng thành công. Qui trình có thểđược sử dụng để phát hiện nhanh các chủng A. baumannii dựa trên gene blaOXA-51 trong môi trường bệnh viện. Từ khóa: A. baumannii, carbapenemase, blaOXA-51, meronem, real-time PCR.ABSTRACT DEVELOPMENT AND EVALUATION OF A REAL-TIME PCR ASSAY FOR THE DETECTION OF ACINETOBACTER BAUMANNII Nguyen Tuan Anh, Đao Minh Y, Huynh Thi Thuy Hanh, Ho Huynh Thuy Duong * Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Supplement of Vol. 19 - No 5 - 2015: 194 - 199 Backgrounds: Nosocomial infections are currently serious problems for community health since they aremostly multidrug resistant bacteria. One of the leading agents causing nosocomial infections is Acinetobacterbaumannii. Early and Accurate detection of these bacteria are of great important due to their frequent multidrugresistibility. Objectives: The study aimed to develop a real-time PCR protocol to detect A. baumannii. Methods: The real-time PCR was optimized to amplify blaOXA-51 and 16S rRNA genes specific to A.baumanii and Acinetobacter spp. correspondingly. The identification of A. baumannii by real-time PCR wascompared to those obtained with Phoenix bacterial identification system. Results: The result showed that the real-time PCR protocol correctly detect A. baumaniii based on blaOXA-51 gene with the sensitivity of 11 copies/reaction. Detection rate for A. baumannii was 90.8% and 70.8% by real-time PCR and automatic bacterial detection system respectively. ** * Công ty TNHH Công nghệ Sinh học Khoa Thương Khoa Vi sinh, Bệnh viện Đa khoa Đồng Nai *** Bộ môn Di truyền, Đại học Khoa học Tự nhiên TP. Hồ Chí Minh Tác giả liên lạc: ThS. Nguyễn Tuấn Anh ĐT: 0917 010198 Email: ntanhbio@gmail.com194 Chuyên Đề Điều Dưỡng Kỹ Thuật Y HọcY Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 19 * Số 5 * 2015 Nghiên cứu Y học Conclusions: The real-time PCR protocol could be used for rapid identification of A. baumannii in hospitalenvironment. Keywords: A. baumannii, carbapenemase, blaOXA-51, meronem, real-time PCRĐẶT VẤN ĐỀ 48 giờ, trong khi đối với hệ thống real-time PCR là 4-6 giờ(4,7). Phương pháp real-time PCR đã Acinetobacter baumannii (A. baumannii) là vi được ứng dụng để phát hiện rất nhiều vi sinhkhuẩn Gram (-) thuộc họ Moraxellaceae, bao vật gây bệnh nói chung và A. baumannii nóigồm Acinetobacter baumannii, Acinetobacter pittii, riêng, đặc biệt những chủng kháng thuốc, từAcinetobacter calcoaceticus, Acinetobacter lwoffii, nhiều nguồn khác nhau(2,4,6,7). Hệ thống real-timeAcinetobacter parvus, Acinetobacter nosocomialis … PCR trong nghiên cứu này sử dụng mẫu dò Taq-Các loài này đều có khả năng gây bệnh cho Man để nhân bản và phát hiện vùng genengười, trong đó A. baumannii chiếm hơn 80% blaOXA-51 của A. baumannii. Gene blaOXA-51trường hợp nhiễm khuẩn được phát hiện. A. được chọn vì nó hiện diện ở tất cả các chủng A.baumannii thường cư trú trong đất và nước(3), baumannii, đặc biệt là những chủng có khả năngnhưng được ...