Đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen cây mãng cầu ta tại tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu bằng chỉ thị phân tử RAPD

Nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen cây mãng cầu ta tại tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu bằng chỉ thị RAPD đã được thực hiện từ tháng 3/2018 đến tháng 10/2018.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen cây mãng cầu ta tại tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu bằng chỉ thị phân tử RAPD Tạp chí Khoa học Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam - Số 1(98)/2019 ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN NGUỒN GEN CÂY MÃNG CẦU TA TẠI TỈNH BÀ RỊA - VŨNG TÀU BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ RAPD Đỗ Văn Thịnh1, Phạm Thị Mười1, Trương Quốc Ánh2, Bùi Anh Xuân2, Nguyễn Đắc Thành2, Lương Thế Minh2, Chung Anh Dũng2, Mai Văn Trị1 TÓM TẮT Nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen cây mãng cầu ta tại tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu bằng chỉ thị RAPD đã được thực hiện từ tháng 3/2018 đến tháng 10/2018. Mẫu lá của 40 cá thể mãng cầu ta qua tuyển chọn được thu thập để ly trích DNA, sản phẩm DNA được khuếch đại bằng 10 chỉ thị RAPD. Kết quả cho thấy, dựa vào sơ đồ quan hệ di truyền có thể chia 40 cá thể thu thập thành 2 nhóm với hệ số tương đồng di truyền dao động từ 0,76 đến 1. Trong đó, nhóm I gồm 39 cá thể, nhóm II gồm 1 cá thể. Kết quả nghiên cứu đã cho thấy mức độ đa dạng di truyền của 40 cá thể thu thập, đồng thời cho thấy sự khác biệt giữa nhóm mãng cầu địa phương và mãng cầu ta du nhập mà có thể khai thác cho các chương trình chọn tạo giống. Từ khóa: Mãng cầu ta, đa dạng di truyền, RAPD, Bà Rịa - Vũng Tàu I. ĐẶT VẤN ĐỀ II. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Mãng cầu ta (Annona squamosa L.) còn gọi là 2.1. Vật liệu nghiên cứu na là cây ăn quả được trồng rộng rãi ở nước ta. Bà Vật liệu gồm 40 cá thể mãng cầu ta được tuyển Rịa - Vũng Tàu là một trong những tỉnh trồng nhiều chọn và thu thập từ một nghiên cứu trước đó của mãng cầu ta. Loài cây ăn quả này dễ trồng, có giá Nguyễn Tuấn Vũ và cộng tác viên (2018) tại tỉnh Bà trị kinh tế cao, có tiềm năng xuất khẩu và mang lại Rịa - Vũng Tàu (Bảng 1). Các cây mãng cầu ta được thu nhập tốt cho người trồng. Qua điều tra cho thấy, sử dụng làm mẫu được kí hiệu lần lượt từ BRVT01 giống sản xuất đại trà hiện nay có nhược điểm là quả đến BRVT40. nhỏ và nhiều hạt. Do đó việc nghiên cứu chọn tạo 2.2. Phương pháp nghiên cứu giống để cải thiện những tính trạng trên là cần thiết. Ngày nay, với sự phát triển của các kỹ thuật sinh học Ly trích và kiểm tra DNA: DNA của các mẫu lá phân tử, nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền sử mãng cầu ta được ly trích theo phương pháp CTAB dụng chỉ thị DNA đã được ứng dụng rộng rãi trong (Doyle and Doyle, 1990). Sau khi ly trích, DNA sẽ nghiên cứu và chọn lọc giống cây trồng (Nguyễn được kiểm tra bằng cách điện di trên gel agarose 2% (w/v), mẫu có vạch DNA rõ nét, không bị đứt gãy, Đức Thành, 2014). Trên thế giới, nhiều nghiên cứu và có độ tinh sạch cao sẽ được sử dụng cho phản ứng dụng chỉ thị phân tử RAPD (Random Amplified ứng PCR. Polymorphic DNA) phân tích đa dạng di truyền trên chi na (Annona) đã được thực hiện, trong đó có cây Phản ứng khuếch đại DNA với 10 đoạn mồi mãng cầu ta (Ronning et al., 1995, Bharad et al., RAPD (Bảng 2), sản phẩm PCR được sử dụng để chạy điện di trên gel agarose 2%, nhuộm gel bằng 2009; Ahmad et al., 2010; Guimarães et al., 2013; ethidium bromide và chụp gel bằng tia UV, kết quả sẽ Anugari et al., 2016). Ở Việt Nam, chỉ thị phân tử được sử dụng để xây dựng cây phân nhánh di truyền RAPD đã được ứng dụng để đánh giá đa dạng di bằng phần mềm NTSYSpc 2.11a theo phương pháp truyền của một số cây trồng nhưng chưa thực hiện UPGMA (Sneath and Sokal, 1973). Phân tích sơ đồ trên cây mãng cầu ta. Gần đây, nguồn gen cây mãng hình nhánh và đánh giá mối quan hệ di truyền giữa cầu ta ở tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu (BRVT) đã được các cây mãng cầu ta dựa trên ma trận hệ số tương khảo sát với 40 cây cá thể trong quần thể mãng cầu đồng (Nei and Li, 1979). Giá trị PIC (Polymorphic ta trong sản xuất có những khác biệt hình thái được information content) được sử dụng để đánh giá hiệu thu thập và bảo tồn (Nguyễn Tuấn Vũ và ctv., 2018). quả của mồi trong việc phân biệt kiểu gen đặc trưng Nghiên cứu này được tiến hành để đánh giá đa dạng của cây. Giá trị PIC được xác định theo công thức: di truyền nguồn gen cây mãng cầu ta tại tỉnh Bà Rịa PIC = 1 – Σ(Pi2); Trong đó: Pi là tần số của alen i - Vũng Tàu mà đại diện là 40 cá thể được thu thập của kiểu gene được kiểm tra, phạm vi giá trị PIC từ nêu trên bằng chỉ thị phân tử RAPD. 0 (không đa hình) tới 1 (đa hình hoàn toàn). 1 Trung tâm Nghiên cứu Cây ăn quả miền Đông Nam bộ, Viện Cây ăn quả miền Nam 2 Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam 22  Tạp chí Khoa học Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam - Số 1(98)/2019 Bảng 1. Danh sách địa điểm thu thập 40 mẫu mãng cầu ta tại tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu Mẫu Tên chủ vườn và địa điểm thu thập Tọa độ* Trần Văn Thêm (Ấp Phước Thới, xã Phước Long Thọ, 1-3 [N10029’52,6” E107017’10,5”] ± 10 m huyện Đất Đỏ) 4-6 Lê Văn Tùy (Khu phố Phước Sơn, T.T. ...