Luận văn : PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐỐM LÁ CÂY CẢI NGỌT TẠI TP. HCM BẰNG KỸ THUẬT PCR VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG 16S – 23S rDNA part 1

Đối tượng nghiên cứu là vi khuẩn Xanthomonas campestris pv. campestris gâybệnh đốm lá trên cây cải ngọt. Hiện nay, tại các vùng trồng rau ở Huyện Củ Chi, HócMôn và quận 12, thành phố Hồ Chí Minh, bệnh đốm lá đang gây thiệt hại rất lớn chonông dân trồng rau cải ngọt. Triệu chứng điển hình của bệnh là sự xuất hiện các đốmnhỏ có kích thước 1 – 2 mm trên lá rau. Khi bệnh phát triển, các đốm bệnh lớn dần, cóthể lên kết lại dẫn đến lá rau bị vàng và chết. Bệnh làm giảm năng...
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn : PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐỐM LÁ CÂY CẢI NGỌT TẠI TP. HCM BẰNG KỸ THUẬT PCR VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG 16S – 23S rDNA part 1 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** TRẦN VĂN KỲPHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐỐM LÁ CÂY CẢI NGỌT TẠI TP. HCM BẰNG KỸ THUẬT PCR VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG 16S – 23S rDNA LUẬN VĂN KỸ SƢ CHUYÊN NGÀNH: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Thành phố Hồ Chí minh -2006- BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***000***PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐỐM LÁ CÂY CẢI NGỌT TẠI TP. HCM BẰNG KỸ THUẬT PCR VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG 16S – 23S rDNA Giáo viên hướng dẫn: Sinh viên thưc hiện: TS. LÊ ĐÌNH ĐÔN TRẦN VĂN KỲ KS. HOÀNG XUÂN QUANG Thành phố Hồ Chí Minh -2006- MINISTRY OF EDUCATION AND TRAINING NONG LAM UNIVERSITY, HCMC DEPARTMENT OF BIOTECHNOLOGY ***000***ISOLATING AND IDENTIFYING AGENT CAUSED Brassicachinensis L. LEAF SPOT DISEASE IN HO CHI MINH CITY USING POLYMERASE CHAIN REACTION AND SEQUENCING 16S – 23S rDNA REGION GRADUATION THESIS MAJOR: BIOTECHNOLOGY Professor Student Ph.D, LE DINH DON TRAN VAN KY MSc, HOANG XUAN QUANG HCMC, 09/2006 LỜI CẢM TẠXin chân thành gửi lời cảm tạ đến:  Ban Giám Hiệu Trường Đại Học Nông Lâm thành phố Hồ Chí Minh.  Ban chủ nghiệm Bộ Môn Công Nghệ Sinh Học, cùng tất cả quý thầy cô đã truyền đạt kiến thức cho chúng tôi.  TS. Lê Đình Đôn và KS. Hoàng Xuân Quang đã hướng dẫn tận tình cho tôi trong suốt quá trình thực tập và giúp tôi hoàn thành khóa luận tốt nghiệp.  TS. Bùi Minh Trí, Trưởng Trung Tâm Phân Tích Hóa – Sinh trường Đại Học Nông Lâm thành phố Hồ Chí Minh.  Đặc biệt, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến cha mẹ, anh chị đã sinh thành, dạy dỗ và ủng hộ tinh thần cũng như vật chất cho tôi.  Các anh chị làm việc tại Trung Tâm Phân Tích Thí Nghiệm Hóa – Sinh đã hết lòng giúp đỡ, chia sẽ và động viên tôi trong suốt thời gian làm khóa luận.  Các bạn sinh viên thực tập tại Trung Tâm Phân Tích Thí Nghiệm Hóa – Sinh, trường Đại Học Nông Lâm thành phố Hồ Chí Minh đã giúp đỡ tôi.  Các bạn bè thân yêu của lớp Công Nghệ Sinh Học Khóa 28 đã chia sẻ cùng tôi những vui buồn trong thời gian học cũng như hết lòng hỗ trợ, giúp đỡ tôi trong thời gian thực tập. i TÓM TẮT Đề tài nghiên cứu: “Phân lập và định danh tác nhân gây bệnh đốm lá cây cải ngọttại Tp HCM bằng phương pháp PCR và giải trình vùng 16S – 23S rDNA” được thựchiện từ ngày 6 tháng 2 năm 2005 đến ngày 30 tháng 7 năm 2006 tại trường Đại HọcNông Lâm thành phố Hồ Chí Minh, Viện Khoa Học Kỹ Thuật Nông Nghiệp MiềnNam. Đề tài do sinh viên Trần Văn Kỳ thực hiện dưới sự hướng dẫn của TS. Lê ĐìnhĐôn và KS. Hoàng Xuân Quang. Đối tượng nghiên cứu là vi khuẩn Xanthomonas campestris pv. campestris gâybệnh đốm lá trên cây cải ngọt. Hiện nay, tại các vùng trồng rau ở Huyện Củ Chi, HócMôn và quận 12, thành phố Hồ Chí Minh, bệnh đốm lá đang gây thiệt hại rất lớn chonông dân trồng rau cải ngọt. Triệu chứng điển hình của bệnh là sự xuất hiện các đốmnhỏ có kích thước 1 – 2 mm trên lá rau. Khi bệnh phát triển, các đốm bệnh lớn dần, cóthể lên kết lại dẫn đến lá rau bị vàng và chết. Bệnh làm giảm năng suất cũng như chấtlượng cây rau cải ngọt. Mục đích đề tài nhằm định danh tác nhân gây bệnh bằng kỹ thuật PCR, giải trìnhtự gen nhằm làm cơ sở cho các nghiên cứu phòng và trị bệnh sau này. Các nội dung nghiên cứu bao gồm: 1. Phân lập tác nhân gây bệnh từ các mẫu bệnh thu được từ các vùng trồng rau ởhuyện Củ Chi, Hóc Môn và quận 12, thành phố Hồ Chí Minh. 2. Dùng kỹ thuật PCR và giải trình tự gen nhằm định danh tác nhân gây bệnh. Kết quả thu được như sau: 1. Phân lập được 8 dòng vi khuẩn gây bệnh đốm lá tại các vùng trồng rau thuộchuyện Củ Chi, Hóc Môn và quận 12, Tp HCM. 2. Sử dụng kỹ thuật PCR đã khuyếch đại vùng 16S – 23S rDNA ITS làm vật liệugiải trình tự và gen hrpF đặc trưng của vi khuẩn gây bệnh. 3. Do hạn chế phương pháp giải trình tự gen không mang lại kết quả. Tuy nhiên,kết quả PCR cho phép xác định vi khuẩn gây bệnh thuộc giống Xanthomonascampestris pv. campestris. ii ...