Luận văn : XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE HSP-70 và REVERSE TRANSCRIPTE-RNaseH Ở MỘT SỐ LOÀI VIRUS THỰC VẬT part 2

Với khả năng xử lý, lưu trữ, liên kết và truy xuấtmột lượng thông tin lớn một cách nhanh chóng của máy tính đã giúp nó trở thành mộtcông cụ hữu ích cho việc ứng dụng vào trong lĩnh vực sinh học. Sự kết hợp giữa ngànhtin học và sinh học dẫn đến cho ra đời một công cụ mới, phục vụ cho việc nghiên cứutrong sinh học đó là Tin - sinh học. Mặc dù Tin - sinh học là một lĩnh vực mới ra đờinhưng triển vọng của nó phục vụ cho nghiên cứu sinh học rất lớn....
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn : XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE HSP-70 và REVERSE TRANSCRIPTE-RNaseH Ở MỘT SỐ LOÀI VIRUS THỰC VẬT part 2 DANH MỤC HÌNH TrangHình 1.1 Định nghĩa Bioinformatics theo NCBI ............................................................. 1Hình 1.2 Định nghĩa bioinformatics được mở rộng ........................................................ 2Hình 2.1 Tương tác giữa Perl script-DBI-DBD-và RBDMS .......................................... 8Hình 2.2 Tương quan giữa NCBI, NLM ....................................................................... 11Hình 2.3 Một số cơ sở dữ liệu trong NCBI ................................................................... 14Hình 2.4 Ba cơ sở dữ liệu nucleotide (GenBank – EMB - DDB) và công cụ tìm kiếmtương ứng……………………………………………………………………………...16Hình 2.5. Sự hợp nhất của ba cơ sở dữ liệu MSD, PDBj, PDB .................................... 16Hình 2.6 Tổ chức genome của virus CaMV .................................................................. 19Hình 2.7 Một số loài trong họ Caulimoviridae ............................................................. 20Hình 2.8 Cơ chế nhân bản, sao mã và dịch mã vào tế bào ký chủ của virus dsDNA ......... 21Hình 2.9 Hình thái virion của Citrus tristeza virus thuộc Closterovirus ...................... 22Hình 2.10 Cơ chế nhân bản, sao mã và dịch mã vào tế bào ký chủ của virus(+)ssRNA ...................................................................................................................... 22Hình 2.11 Vị trí gene RT-RNasseH nằm trong cấu trúc genome Cauliflower mosaic virus ...................................................................................................................... 23Hình 2.12. Protein reverse transcriptase ........................................................................ 24Hình 2.13 Vị trí gene hsp-70 nằm trong tổ chức genome của Beet yellows virus .............. 24Hình 2.14 Protein HSP-70 ............................................................................................. 24Hình 3.1 Sơ đồ tóm tắt quá trình thu nhận trình tự ....................................................... 28Hình 3.2 Sơ đồ xác định gene trong genome virus ....................................................... 29Hình 3.3 Định dạng FASTA để thực hiện sắp gióng cột hai trình tự ............................ 30Hình 3.4 Kết quả sắp gióng cột cặp trình tự gene RT-RNaseH (đã biết vị trí) với RT- RNaseH trong ORF hay genome của virus .......................................................... 31Hình 3.5 Sơ đồ các đối tượng của CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH ........................ 32Hình 3.6 Tiến trình lấy thông tin từ CSDL hai gene ở hai loài virus ........................... 37Hình 3.7 Sơ đồ chi tiết các bảng quan hệ trong CSDL hai gene và protein hsp-70 vàRT-RNaseH ở hai họ virus Caulimoviridae và Closteroviridae …………………………38Hình 4.1 File chứa accession number và dòng định nghĩa của giống Crinivirus.......... 39 xHình 4.2 Mẫu tin về gene hsp-70 của Sweet potato chlorotic stunt virus trênNCBI………..40Hình 4.3 Mô hình thu nhận gene RT-RNaseH trong ORF5 của CMV………………..41Hình 4.4 Sơ đồ cấu trúc của trang web CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH................. 46Hình 4.5 Trang HOME PAGE ...................................................................................... 47Hình 4.6 Trang tìm kiếm trình tự khi biết ACCESSION NUMBER ............................ 48Hình 4.7 Trang kết quả tìm kiếm trình tự khi biết ACCESION NUBER ..................... 48Hình 4.8 Trang tìm kiếm trình tự tương đồng bằng Alignment .................................... 50Hình 4.9 Trang kết quả khi thực hiện Alignment giữa các trình tự…………………..51Hình 4.10 Trang tìm kiếm trình tự tương đồng bằng BLAST ...................................... 51Hình 4.11 Trang cây phân loài của hai họ Caulimoviridae và Closteroviridae............ 52Hình 4.12 Trang web thể hiện nội dung các đặc tính của họ…………………………53 xi DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT Cơ sở dữ liệu.CSDLRT-RNaseH Reverse transcriptase-RnaseHhsp-70 Heat sock protein 70.Perl Practical Extraction and Report LanguageCGI Common Gateway InterfaceDBI Database InterfaceDBD Datadbase DriverWWW World Wide WebHTML Hypertext Markup LanguageHTTP Hypertext Transfer ProtocolNCBI Center for Bioinformatic InformationBLAST Basic Local Alignment Search ToolEBI European Bioinformatics InsitureEMBL European Molecular Biolog ...