Nghiên cứu mô hình Docking và QSAR trên các chất đối kháng thụ thể Estrogen

Hiện nay 2/3 số phụ nữ ung thư vú có yếu tố nhạy cảm với thụ thể estrogen và cần estrogen cho sự phát triển khối u vì vậy các thuốc đối kháng thụ thể estrogen là rất cần thiết trong điều trị ung thư vú. Mô hình QSAR được sử dụng để phát triển mô hình dự đoán của các chất đối kháng thụ thể estrogen và tìm ra thuốc mới. Mô hình docking phân tử được thực hiện để cung cấp những tương tác giữa các chất đối kháng thụ thể estrogen với các khoang gắn kết tương ứng.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Nghiên cứu mô hình Docking và QSAR trên các chất đối kháng thụ thể EstrogenY Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 2 * 2019 Nghiên cứu Y học NGHIÊN CỨU MÔ HÌNH DOCKING VÀ QSAR TRÊN CÁC CHẤT ĐỐI KHÁNG THỤ THỂ ESTROGEN Trần Thành Đạo*, Lê Minh Trí*, Thái Khắc Minh*TÓMTẮT Mở đầu và mục tiêu: Hiện nay 2/3 số phụ nữ ung thư vú có yếu tố nhạy cảm với thụ thể estrogen vàcần estrogen cho sự phát triển khối u vì vậy các thuốc đối kháng thụ thể estrogen là rất cần thiết trong điềutrị ung thư vú. Mô hình QSAR được sử dụng để phát triển mô hình dự đoán của các chất đối kháng thụ thểestrogen và tìm ra thuốc mới. Mô hình docking phân tử được thực hiện để cung cấp những tương tác giữacác chất đối kháng thụ thể estrogen với các khoang gắn kết tương ứng. Đối tượng - Phương pháp nghiên cứu: Tổng cộng có 120 chất đối kháng thụ thể estrogen in vitrođược thu thập và tiến hành xây dựng 2D QSAR bằng phần mềm MOE. Quá trình docking được thực hiệnbằng phần mềm FlexX/ LeadIT lên thụ thể estrogen alpha mã pdb 3ERT. Kết quả docking được phân tíchnhờ kết hợp điểm số docking và các mô hình tương tác. Kết quả: Mô hình 2D QSAR các chất đối kháng thụ thể estrogen dựa trên 7 thông số mô tả phân tửcủa 120 chất được xây dựng và đánh giá với kết quả R2 = 0,58 và RMSE = 0,47. Mô hình này được sử dụngđể sàng lọc trên dữ liệu các chất từ bài thuốc cổ truyền Trung Hoa (TCM) và tìm ra được 41 chất có IC50 dựđoán nhỏ hơn 1 μM. Kết quả mô hình docking khẳng định rằng khả năng gắn kết tốt của các chất đối khángthụ thể estrogen với các khoang gắn kết tương ứng. Kết luận: Mô hình 2D QSAR trên các chất đối kháng thụ thể estrogen được xây dựng và ứngdụng dự đoán chất đối kháng thụ thể estrogen mới. Kết quả nghiên cứu mô hình QSAR và docking cóthể sử dụng để xác định cấu trúc có khả năng đối kháng thụ thể estrogen nhằm mục đích tìm ra nhữngthuốc mới trị ung thư vú. Từ khóa: thụ thể estrogen, đối vận estrogen, QSAR, ung thư vú, docking.ABSTRACT QSAR AND MOLECULAR DOCKING STUDIES ON ESTROGEN RECEPTOR ANTAGONISTS Tran Thanh Dao, Le Minh Tri, Thai Khac Minh * Ho Chi Minh City Journal of Medicine * Supplement of Vol. 23 - No 2- 2019: 747-755 Introduction: Currently two thirds of women with breast cancer have sensitive factors estrogenreceptor and estrogen retaled to tumor growth. Therefore, estrogen receptor antagonists are essential for thetreatment of breast cancer. QSAR modeling is used to develop predictive models of estrogen receptorantagonists and to design new novels. Molecular docking approach is applied to give the insight interactionbetween estrogen receptor antagonist with the corresponding receptor. Materials and methods: A total of 120 compounds with estrogen receptor antagonists in vitro werecollected and carried out 2D QSAR using MOE. The docking procedure was carried out by FlexX/LeadITon estrogen alpha receptor pdb code 3ERT. The results were subjected to analysis based on the combinationof docking scores and interactive models. Results: 2D QSAR model based on 7 descriptors of 120 compounds of estrogen receptor antagonist *Khoa Dược, Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh Tác giả liên lạc: PGS. TS. Thái Khắc Minh ĐT: 0909680385 Email: thaikhacminh@uphcm.edu.vnChuyên Đề Dược 747Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 2 * 2019was built and validation results with R2 = 0.58 and RMSE = 0.47. The QSAR model was used for screeningon Traditional Chinese Medicine Database (TCM) and resuted in 41 compounds with IC50 < 1 μM.Molecular docking results indicated that good binding ability of estrogen receptor antagonist with bindingsite of estrogen alpha receptor. Conclusion: 2D QSAR on estrogen receptor antagonist was developed and used for prediction newestrogen receptor antagonists. The results of QSAR and molecular docking models could be used foridentifing novels as estrogen receptor antagonist, which aims to find out breast cancer drugs. Key words: estrogen receptor, estrogen antagonist, QSAR, breast cancer, docking.MỞĐẦU thụ thể estrogen– để ứng dụng trong sàng lọc số lượng lớn các chất sẵn có trong ngân hàng Ung thư vú là một căn bệnh hay gặp và dữ liệu, định hướng thiết kế và tổng hợpchiếm tỷ lệ tử vong hàng đầu trong số các ung nhằm mục đích giải thích cơ chế tác động toànthư của nữ giới ở nhiều nước trên thế giới(11). diện của nhóm đối kháng estrogen. Từ đó tìmỞ phụ nữ sau mãn kinh, estrogen nội sinh ra những chất đối kháng estro ...