Nghiên cứu quan hệ di truyền tôm sú (Peneaus monodon) bằng kỹ thuật rapd

Trong đề tài này chúng tôi sử dụng kỹ thuật RAPD để xác định quan hệ di truyền của các mẫu tôm sú thu thập ở một số tỉnh: Nam Định, Quảng Ninh, Hải phòng và Thanh Hóa. Mời các bạn tham khảo!
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Nghiên cứu quan hệ di truyền tôm sú (Peneaus monodon) bằng kỹ thuật rapdNguyễn Thị Thu Phương và csTạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ77(01): 83 - 87NGHIÊN CỨU QUAN HỆ DI TRUYỀN TÔM SÖ (PENEAUS MONODON)BẰNG KỸ THUẬT RAPDNguyễn Thị Thu Phương, Nguyễn Phú Hùng, Hoàng Thị Thu Yến *Trường Đại học Khoa học, Đại học Thái NguyênTÓM TẮTRAPD (Random Amplified Polymorphic - DNA) là một trong những kỹ thuật được sử dụng trongphân tích đa dạng, bảo tồn và nhận dạng giống loài. Trong đề tài này chúng tôi sử dụng kỹ thuậtRAPD để xác định quan hệ di truyền của các mẫu tôm sú thu thập ở một số tỉnh: Nam Định,Quảng Ninh, Hải phòng và Thanh Hóa. Mẫu tôm thu được bảo quản trong cồn 98 % và lưu giữ ở- 200C. Sử dụng kỹ thuật RAPD để phân tích quan hệ di truyền của tôm sú với 6 mồi ngẫu nhiên:RA36, RA40, RA143, RA142, RA45, kết quả nhận được 45 phân đoạn đa hình trong 54 phân đoạnngẫu nhiên với kích thước ước tính từ 0.35 – 3.0kb. Kết quả xử lý bằng phần mềm NTSYSversion2.0, cho thấy 8 mẫu tôm được chia làm hai nhóm chính với hệ số sai khác là 0,17. Nhómchính còn lại bao gồm 7 mẫu tôm còn lại.Từ khóa: Tôm sú (Penaeus monodon), đa hình, hệ số đồng dạng di truyền, RAPDMỞ ĐẦUNghề nuôi tôm sú đã và đang phát triển rấtnhanh trên thế giới. Hiện tại, loài này đượcnuôi ở hơn 22 quốc gia, tôm sú đóng vai tròrất lớn trong việc cải thiện đời sống của cáccộng đồng dân cư ven biển và tạo nguồn thunhập ngoại tệ. Tại Việt Nam, nuôi trồng thuỷsản ngày càng khẳng định vị thế quan trọngtrong nền kinh tế quốc dân. Từ sự thuận lợi vềđiều kiện tự nhiên, khí hậu nên các tỉnh venbiển tiến hành nuôi trồng nhiều mặt hàng thuỷsản có giá trị kinh tế cao, trong đó nuôi tômsú đã trở thành ngành sản xuất hàng hoá cóhiệu quả ở các tỉnh ven biển nước ta. Hiệnnay, Việt Nam đã trở thành một trong 5 quốcgia xuất khẩu tôm lớn nhất thế giới [6]. Mặcdù vậy, việc nuôi tôm sú đang bị hạn chế bởinhững khó khăn như: sự lan tràn các dịchbệnh, chất lượng tôm giống sa sút, thiếu hụtnguồn tôm sú bố mẹ... Tại Việt Nam, theo BộThuỷ sản nhu cầu giống tôm sú khoảng 30 tỉcon, hiện tại các nhà cung cấp giống chỉ đápứng một nửa nhu cầu. Để cân bằng nguồncung và cầu, các nhà nuôi trồng thuỷ sản nhấtthiết phải đảm bảo nguồn tôm giống bố mẹ cóchất lượng sản xuất. Yêu cầu sản xuất củatôm sú Việt Nam đòi hỏi phải gấp rút giảiquyết tình trạng thiếu tôm sú bố mẹ và nângcao chất lượng tôm giống. Giống tôm phảisạch bệnh và có chất lượng cao [3].Tel:0912896298 ; Email: yenhoangthithu@gmail.comĐể có được giống tôm khoẻ và sạch bệnh, cácnhà khoa học đã có nhiều nghiên cứu để chọntạo giống. Trong đó, nghiên cứu một số chỉthị phân tử là công cụ hỗ trợ chính xác trongphân tích đa dạng, bảo tồn và nhận dạnggiống loài [5], [7]. Một số chỉ thị đang đượcquan tâm nghiên cứu như RAPD (RandomAmplified Polymorphic DNA), AFLP(Amplified Fragments Length Polymorphism.Ở Việt Nam nhóm tác giả Quyền Đình Thi vàcộng sự (2003), Nguyễn Thị Thảo và cộng sự(2004) đã sử dụng kỹ thuật RAPD, RFLP,microsattlelite để đánh giá sự đa dạng ditruyền tôm sú nuôi ở Việt Nam [1], [2]. Dođó, chúng tôi tiến hành sử dụng kỹ thuậtRAPD để góp phần đánh giá sự đa dạng ditruyền của tôm sú được nuôi tại một số tỉnh ởmiền Bắc nước ta.NGUYÊN LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁPNguyên liệuMẫu nghiên cứu: Là những mẫu tôm sú thuthập từ một số tỉnh khác nhau: Nam Định (1mẫu - NĐ), Thanh Hoá (1 mẫu - SS), HảiPhòng (3 mẫu – ĐS1, ĐS2, HA ), QuảngNinh (1 mẫu - QN). Mẫu sau khi thu thậpđược bảo quản trong cồn, lưu giữ ở - 200C.Phương pháp* Phương pháp tách chiết DNA tổng sốQuy trình tách chiết DNA tổng số theophương pháp của Ausubel và cộng sự (1993)có cải tiến [4].83Số hóa bởi Trung tâm Học liệu - Đại học Thái Nguyênhttp://www.lrc-tnu.edu.vnNguyễn Thị Thu Phương và csTạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ* Phương pháp phân tích quan hệ ditruyền các mẫu tôm súPhân tích quan hệ di truyền các mẫu tômsú thu thập từ các tỉnh khác nhau bằngcách sử dụng 6 mồi ngẫu nhiên được trìnhbày ở bảng sau.Bảng 1. Trình tự các mồi ngẫu nhiênMồiTrình tựRA365‟ GGGGGTCGTT 3‟RA405‟GGCGGACTGT 3‟RA455‟ TACCACCCCG 3‟RA1425‟CAATCGCCGT 3‟RA1435‟ TCGGCGATAG 3‟RA1595‟ GTTCACACGG 3‟Phản ứng RAPDPhản ứng RAPD được thực hiện bằng enzymeTaq DNA polymerase (Fermentas) với chutrình nhiệt như sau: 95oC -3 phút; (95oC -30giây; 36oC - 45 giây; 72oC -1 phút) x 45 chukỳ; 72o, 10 phút; kết thúc và giữ ở 4oC. Sảnphẩm được kiểm tra trên gel agarose 2%. Kếtquả được chụp bằng máy gel doc.Phân tích số liệuDựa vào hình ảnh điện di sản phẩm RAPD, sựxuất hiện các băng điện di được ước lượngkích thước dựa vào marker chuẩn và thống kêcác băng điện di với từng mồi ở từng mẫunghiên cứu. Sự xuất hiện hay không xuất hiệncác băng điện di được tập hợp để phân tích sốliệu theo nguyên tắc: số 1- xuất hiện phânđoạn DNA và số 0 – không xuất hiện phânđoạn DNA. Các số liệu này được xử lý trênmáy tính theo chương trình NTSYSpc versionpc 2.0 (Applie ...