Phân tích đa dạng di truyền của một số giống gấc ở đồng bằng sông Cửu Long dựa trên trình tự vùng Gene ITS và Gene Matk

Mục tiêu của đề tài này là xây dựng sơ đồ phả hệ giữa các loài nghiên cứu ở vùng ĐBSCL dựa trên giải trình tự vùng gene ITS và matK. Qua kết quả xác định DNA từ các mẫu lá gấc bằng phương pháp phản ứng PCR khuếch đại vùng ITS và gene matK cho thấy ITS1 + 5,8S + ITS2 với primer (ITS1 và ITS4) cho cùng kích thước gần 600 bp và matK với primer (matK472F và matK1248R) cho cùng kích thước gần 800 bp.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Phân tích đa dạng di truyền của một số giống gấc ở đồng bằng sông Cửu Long dựa trên trình tự vùng Gene ITS và Gene MatkTạp chí Khoa học – 2014, Quyển 3 (2), 25 - 29Trường Đại học An GiangPHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ GIỐNG GẤC Ở ĐỒNG BẰNG SÔNGCỬU LONG DỰA TRÊN TRÌNH TỰ VÙNG GENE ITS VÀ GENE MATKBùi Văn My Tin11ThS. Khoa Khoa học Nông nghiệp, Trường Đại học Cửu LongThông tin chung:Ngày nhận bài: 13/12/13Ngày nhận kết quả bình duyệt:18/01/14Ngày chấp nhận đăng:30/07/14Title:An analysis of morphologicalcharacteristics of severalmomordica cochinchinensis inthe Mekong Delta regionbased on the sequencing ITSand MATK geneTừ khóa:Gấc, giải trình tự, ITS, matK,phả hệKeywords:Momordica cochinchinensis(Lour) (Spreng), sequencing,matK (megakaryocyteassociated tyrosine Kinase),genealogy, ITS (internalTrancribeb Spacer)ABSTRACTIn terms of biology, Momordica cochinchinensis (Lour) (Spreng) is a fruitfunctional food containing antioxidants protecting cell membranes. The objectiveof this study was mapping the pedigree diagram of studied species in MekongDelta using sequencing ITS and matK gene. Results fromDNA analysis usingPCR amplifiel for ITS and matK gene showed that the size of ITS1 + 5,8S + ITS2with primer (ITS1 and ITS4) was identically 600 bp while matK with primer(matK472F và matK1248R) was approximately 800 bp. Results from ITS andmatK analysis indicated that four samples were relatively homogenous ofgenetics ( resulted from sequencing the ITS and matK gene) and the same speciesof Momordica cochinchinensis.TÓM TẮTXét về mặt sinh học quả gấc là loài trái cây thực phẩm chức năng có chứa cácchất chống oxy hoá bảo vệ màng tế bào. Mục tiêu của đề tài này là xây dựng sơđồ phả hệ giữa các loài nghiên cứu ở vùng ĐBSCL dựa trên giải trình tự vùnggene ITS và matK. Qua kết quả xác định DNA từ các mẫu lá gấc bằng phươngpháp phản ứng PCR khuếch đại vùng ITS và gene matK cho thấy ITS1 + 5,8S +ITS2 với primer (ITS1 và ITS4) cho cùng kích thước gần 600 bp và matK vớiprimer (matK472F và matK1248R) cho cùng kích thước gần 800 bp. Kết hợptương quan phân tích ITS và matK có thể kết luận bốn mẫu gấc này tương đốiđồng nhất với nhau về di truyền qua phân tích trình tự vùng gene ITS và matK vàđều cùng một loài Momordica cochinchinensis.học, nuôi cấy mô, sinh học phân tử, công nghệtổng hợp hoá dược,… đã tạo ra các biệt dược khácnhau sử dụng trong công tác phòng và chữa bệnhcho con người. Mặc dù việc nghiên cứu một cáchtoàn diện từ đặc điểm hình thái, cấu tạo tế bào,thành phần hóa học, đến phân tích vùng gene ITShay gene matK để xác định trình tự DNA, xâydựng sơ đồ phả hệ,… của những cây cỏ thiênnhiên có một ý nghĩa khoa học và thực tiễn cao.Tuy nhiên, ở nước ta và trên thế giới những côngtrình nghiên cứu về các lĩnh vực này còn rất ít. Dođó đề tài “Phân tích đa dạng di truyền của một sốgiống gấc ở Đồng bằng sông Cửu Long dựa trêntrình tự vùng gene ITS và gene matK” được tiến1. GIỚI THIỆUQuả gấc (Momordica cochinchinensis (Lour)(Spreng) thuộc họ bầu bí cucurbitaceae, là mộtloại quả rất quen thuộc với mỗi chúng ta. Ngoàigiá trị dinh dưỡng gấc còn có tác dụng chữa bệnh,là trái cây thực phẩm chức năng vì trong trái cóchứa lycopen, β-caroten (tiền vitamin A) và alphatocopherol (vitamin E) giữ vị trí quan trọng trongquá trình chuyển hoá sinh học, là chất chống oxyhoá bảo vệ sự toàn vẹn màng tế bào.... Ở ViệtNam có khoảng ba loài thường gọi là gấc nếp, gấctẻ và gấc lai. Hiện nay, với sự phối hợp mềm dẻocủa nhiều ngành khoa học như: công nghệ sinh25Tạp chí Khoa học – 2014, Quyển 3 (2), 25 - 29Trường Đại học An Gianghành với mục tiêu nhằm góp phần làm rõ thêm vềđa dạng di truyền, xây dựng sơ đồ phả hệ giữa cácloài nghiên cứu dựa trên giải trình tự vùng geneITS và matK.cặp mồi trên bằng kít ABI Prism BigDyeTMTerminator v1.1 Cycle Sequencing trên máy giảitrình tự tự động.2.3.1.5 Kiểm tra sản phẩm PCR bằng phươngpháp điện di2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁPPhát hiện sản phẩm PCR trên gel agarose 2% phatrong đệm TE 1 X, nhuộm với Ethidium bromide2 μl. Cho vào mỗi giếng 7 μl sản phẩm cộng vớiloading buffer. Chạy điện di trong 70 phút ở hiệuthế 100V. Chụp hình gel dưới ánh sáng đèn cựctím bởi máy đọc và chụp hình gel Bio-Rad UV2000. Nếu phổ điện di là băng sáng, rõ, không cóbăng phụ là DNA đạt.2.1 Vật liệuCác mẫu lá của bốn mẫu gấc có đặc tính hình tháikhác nhau được thu từ bốn tỉnh Bến Tre, VĩnhLong, Đồng Tháp và Cần Thơ để ly trích DNA.2.2 Thời gian, địa điểmĐề tài được thực hiện tại phòng thí nghiệm Sinhhọc phân tử - Viện Nghiên Cứu và Phát triểnCông nghệ Sinh học – Trường Đại học Cần Thơ.2.3.1.6 Phản ứng gắn huỳnh quang (cyclesequencing)Thời gian: tháng 9/2012 đến tháng 5/2013.2.3.1 Khảo sát trên geneSản phẩm PCR sau khi được tinh sạch và đo nồngđộ sẽ được thực hiện phản ứng PCR để gắn huỳnhquang. Phản ứng PCR (gắn huỳnh quang) đượcthực hiện trong thể tích 10 µl.2.3.1.1 Ly ...