Xây dựng quy trình Taq-Man real-time PCR phát hiện một số nhóm gene Blaoxa ở Acinetobacter baumannii

Acinetobacter baumannii là một trong những tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện nguy hiểm hàng đầu hiện nay. Đặc biệt, các chủng A. baumannii sở hữu một số nhóm gene blaOXA, có khả năng biểu hiện tính đa kháng kháng sinh, nhất là đối với carbapenem. Mục đích: Nghiên cứu nhằm xây dựng quy trình Taq-Man real-time PCR phát hiện một số nhóm gene blaOXA-23, blaOXA-51 và blaOXA-58 điển hình ở A. baumannii.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Xây dựng quy trình Taq-Man real-time PCR phát hiện một số nhóm gene Blaoxa ở Acinetobacter baumanniiBản tin Khoa học Trẻ số 2(1),2016 77 XÂY DỰNG QUY TRÌNH TAQ-MAN REAL-TIME PCR PHÁT HIỆN MỘT SỐ NHÓM GENE blaOXA Ở ACINETOBACTER BAUMANNII Nguyễn Tuấn Anh1*, Huỳnh Minh Tuấn2, Nguyễn Kim Huyền2, Nguyễn Vũ Hoàng Yến2, Trịnh Thị Thoa2, Huỳnh Kim Ngân2, Võ Thị Tuyết Nga2, Nguyễn Văn Vĩnh Châu3, Hồ Huỳnh Thùy Dương14 1 Công ty TNHH Công nghệ Sinh học Khoa Thương 2 Khoa Kiểm soát Nhiễm khuẩn, Bệnh viện Đại học Y Dược 3 Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới 4 Bộ môn Di truyền, Đại học Khoa học Tự nhiên TP. Hồ Chí Minh * Nguyễn Tuấn Anh, Email: ntanhbio@gmail.com TÓM TẮTTổng quan: Acinetobacter baumannii là một trong những tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh việnnguy hiểm hàng đầu hiện nay. Đặc biệt, các chủng A. baumannii sở hữu một số nhóm genebla OXA, có khả năng biểu hiện tính đa kháng kháng sinh, nhất là đối với carbapenem.Mục đích: Nghiên cứu nhằm xây dựng quy trình Taq-Man real-time PCR phát hiện một sốnhóm gene blaOXA-23, blaOXA-51 và blaOXA-58 điển hình ở A. baumannii.Phương pháp: Quy trình sử dụng các mẫu dò Taq-Man được thiết kế đặc trưng cho từng nhómgene với các kênh màu khác nhau (Cy5, FAM, Texas Red, HEX) để phát hiện các nhóm genebla OXA-23, blaOXA-51, blaOXA-58 và gene 16S rRNA tương ứng trong cùng một phản ứng.Phản ứng multiplex real-time PCR này được tối ưu để đạt hiệu suất nhân bản tốt nhất cho tất cảcác gene đích cần phát hiện.Kết quả: Kết quả cho thấy quy trình có khả năng phát hiện chính xác các gene blaOXA-23,bla OXA-51 và blaOXA-58 đặc trưng của A. baumannii với độ nhạy (4 bản sao/phản ứng) và độđặc hiệu cao, không cho tín hiệu dương tính với DNA của nhiều loài vi khuẩn thường thấy trongbệnh viện.Kết luận: Chúng tôi đã xây dựng thành công quy trình Taq-Man real-time PCR phát hiện mộtsố nhóm gene blaOXA-23, blaOXA-51 và blaOXA-58 ở A. baumannii. Quy trình có thể được sửdụng để đồng thời phát hiện nhanh các chủng A. baumannii và một số nhóm gene kháng khángsinh của chúng. Quy trình có thể được ứng dụng để nghiên cứu dịch tễ học phân tử về sự hiệndiện một số nhóm gene blaOXA phổ biến ở A. baumannii.Từ khóa: A. baumannii, β-lactamase, carbapenemase, OXA, real-time PCR, Taq-Man ABSTRACT DEVELOPMENT OF A TAQ-MAN REAL-TIME PCR ASSAY FOR THE DETECTION OF SEVERAL blaOXA GENES IN ACINETOBACTER BAUMANNIINguyen Tuan Anh*, Huynh Minh Tuan*, Nguyen Kim Huyen, Nguyen Vu Hoang Yen, Trinh Thi Thoa, Huynh Kim Ngan, Vo Thi Tuyet Nga, Nguyen Van Vinh Chau, Ho Huynh Thuy DuongBackgrounds: Acinetobacter baumannii currently is one of the most leading and dangerousfactors causing nosocomial infections. In addition, A. baumannii harbouring several blaOXAgenes could express the ability of multidrug resistance, especially with carbapenem.Bản tin Khoa học Trẻ số 2(1),2016 78Objectives: To set up a Taq-Man real-time PCR protocol for the detection of several typicalbla OXA genes in A. baumannii, including blaOXA-23, blaOXA-51 and blaOXA-58 genes.Methods: The process using Taq-Man probes was designed specifically to individual geneswith distinguish flourophores (Cy5, FAM, Texas Red, HEX) to detect blaOXA-23, blaOXA-51,bla OXA-58 and 16S rRNA correspondingly in one reaction. The multiplex Taq-Man real-timePCR was optimized to get the highest amplification efficiency for all targeted genes.Results: The results showed that the protocol could detect precisely blaOXA-23, blaOXA-51 andbla OXA-58 genes specific to A. baumannii with high sensitivity (4 copies/reaction) andspecificity, not reacting with DNA of many common bacteria in hospital environment.Conclusions: We built up a Taq-Man real-time PCR protocol successfully for the detection ofbla OXA-23, blaOXA-51 and blaOXA-58 genes in A. baumannii. The protocol can also be used toidentify A. baumannii rapidly and their antimicrobial resistant blaOXA genes. Potentially, theprotocol might become a tool to study molecular epidemiology of blaOXA genes popularly inA. baumannii.Keywords: A. baumannii, β-lactamase, carbapenemase, OXA, real-time PCR, Taq-ManTỔNG QUAN Acinetobacter baumannii (A. loại vi khuẩn siêu kháng thuốc, nổi lên như tácbaumannii) có cấu trúc của một cầu trực nhân hàng đầu gây nhiễm trùng tại các bệnhkhuẩn Gram âm, nguồn gốc từ thiên nhiên viện trên thế giới [7].(đất, nước), hiếu khí tuyệt đối và dễ mọc trên Carbapenem thường đ ...