Bài giảng Tin sinh học: Chương 1 - ThS. Nguyễn Thành Luân

Chương 1 Giới thiệu về tin sinh học nhằm mục tiêu môn học tin sinh học nhằm khám phá những lĩnh vực mới trong sinh học. Mở ra triển vọng có tính chất toàn cầu về nghiên cứu, thống nhất hóa các nguyên tắc, thành tựu của khoa học trong sinh học. Số hóa các cơ sở dữ liệu cũng như xây dựng cách quản lý công nghệ sinh học bằng tin học. Xây dựng và phát triển các chương trình ứng dụng trong công nghệ sinh học nhằm giải quyết vấn đề trong nghiên cứu.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Bài giảng Tin sinh học: Chương 1 - ThS. Nguyễn Thành Luân 3/8/2013 TRƢỜNG ĐH CÔNG NGHIỆP THỰC PHẨM TPHCM KHOA CNSH & KTMT HỆ ĐẠI HỌCGiới thiệu chung về Tin sinh học GV: ThS. Nguyễn Thành Luân Email: luannt@cntp.edu.vn Liên hệ: Khu A Lầu 3 Khoa CNSH & KTMT TIN SINH HỌC• Mã học phần : 08200018• Số tín chỉ : 2• Trình độ: Cho sinh viên năm thứ 3 đại học• Phân bố thời gian: 30 tiết ─ Lý thuyết: 12 tiết ─ Tiểu luận, bài kiểm tra tại lớp: 4 tiết ─ Thực hành, thí nghiệm: 14 tiết ─ Tự học : 60 tiết 1 3/8/2013 Nội dung học phầnSTT Tên chương1 Chương 1: Giới thiệu chung về tin sinh học2 Chương 2: Cơ sở dữ liệu tin sinh học (Bioinformatic Databases)3 Chương 3: Sắp xếp thẳng hàng trình tự (Sequence Alignment)4 Chương 4. Phép phân tích hệ thống phát sinh loài (Phylogeny)5 Chương 5.Giải mã trình tự toàn bộ bộ gen6 Chương 6. Ứng dụng các tiện ích của tin sinh học trong nghiên cứu khoa học7 Thực hành thao tác trong tin sinh học8 Báo cáo tiểu luậnMục tiêu môn học tin sinh học• Mục tiêu chính: Khám phá những lĩnh vực mới trong sinh học. Mở ra triển vọng có tính chất toàn cầu về NC Thống nhất hóa các nguyên tắc, thành tựu của khoa học trong sinh học. Số hóa các cơ sở dữ liệu (database) cũng như xây dựng cách quản lý CNSH bằng tin học. Xây dựng và phát triển các chương trình ứng dụng trong CNSH nhằm giải quyết vấn đề trong nghiên cứu. VD: cây phát sinh loài, đột biến gen… 2 3/8/2013 Mục tiêu của môn họcSau khi học xong học phần này, sinh viên có khả năng: ─ Trình bày các nguyên tắc cơ bản trong phân tích DNA, phân tích Protein, thiết kế các mồi oligonucleotide,… ─ Tìm kiếm các bài báo, công trình nghiên cứu & tìm kiếm các trình tự DNA, Protein. ─ Xử lý và Phân tích DNA, Protein & thiết kế các oligomer lai phân tử, các primer để khuyếch đại DNA. ─ Tìm kiếm các bản đồ của các RE trên DNA. & đăng ký trình tự gene vào ngân hàng gene thế giới. Tiêu chí đánh giá môn học • Bài tập lớn (Tiểu luận): 30% Nhóm theo chủ đề lớn GV giao (10% báo cáo Seminar nhóm + báo cáo chủ đề dạng Report MS Word) Khác: 20% (chuyên cần, bài tập cá nhân…) • Thi kết thúc học phần: 70% Hình thức thi: vấn đáp (đề mở) 3 3/8/2013 Tài liệu tham khảo• Tiếng Việt Nguyễn Thị Lang, Bùi Chí Bửu (2008). ‘Giáo trình Tin sinh học–Bioinformatics’, Nhà xuất bản nông nghiệp, TP. Hồ Chí Minh. Trần Linh Thước và cộng sự (2008). ‘Thực tập Bioinformatics –Lưu hành nội bộ’, Đại học Khoa học Tự nhiên TP.HCM.• Tiếng Anh Baxevanis, A.D. and Ouellette, B.F.F. (2005). Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, 3rd edition. Wiley. New York. Waterman, M.S. (1995). Introduction to Computational Biology: Sequences, Maps and Genomes. CRC Press. Mount, D.W. (2002). Bioinformatics: Sequence and Genome, Cold Spring Harbour Press, New York Yêu cầu chung cho môn học Tự chia nhóm và nộp cho lớp trưởng tổng hợp ( 3/8/2013 CHƢƠNG IGIỚI THIỆU CƠ BẢN VỀ TIN SINH HỌC TỔNG QUAN CHƢƠNG ILịch sử & khái niệm tin sinh họcVì sao phải cần nghiên cứu tin sinh học?Các lĩnh vực nghiên cứu ứng dụng củatin sinh họcCác công cụ, kỹ năng phục vụ cho tinsinh họcCác thuật ngữ sử dụng trong các ứngdụng tin sinh học 5 3/8/2013 Lịch sử Tin sinh học• Khởi nguồn từ nhu cầu cơ bản trong việc tìm kiếm cũng như nâng cao các phương pháp tìm kiếm trong máy tính về di truyền học• Làm hữu ích hơn cho sự tiến bộ của di truyền học và các kỹ thuật di truyền cũng như sinh học phân tử Lịch sử Tin sinh học• Sau sự phát kiến cấu trúc phân tử DNA của Watson-Crick (1953)  ngày càng nhiều nhu cầu quản lý dữ liệu sinh học & CNSH ở các công ty & các nhà khoa học về SHPT.• Chuyển hướng nghiên cứu từ in vitro  in vivo  in situ  in silico  Hình thành ngành tin sinh học. 6 3/8/2013Rất khó để xác định kháiniệm khi nào thuật ng ...