Bước đầu khảo sát tần suất phân bố kiểu hình của các STR thường được sử dụng trong xét nghiệm dấu vân tay DNA ở người Việt Nam

Mục đích của nghiên cứu là bước đầu khảo sát tần suất phân bố kiểu hình của các STR (Short tandem repeat) có trong quần thể người Việt để làm cơ sở dữ liệu cho xét nghiệm nhận dạng cá thể ở người Việt Nam. Mời các bạn cùng tham khảo bài viết.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Bước đầu khảo sát tần suất phân bố kiểu hình của các STR thường được sử dụng trong xét nghiệm dấu vân tay DNA ở người Việt NamY Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 15 * Phụ bản của Số 1 * 2011Nghiên cứu Y họcBƯỚC ĐẦU KHẢO SÁT TẦN SUẤT PHÂN BỐ KIỂU HÌNH CỦA CÁC STRTHƯỜNG ĐƯỢC SỬ DỤNG TRONG XÉT NGHIỆM DẤU VÂN TAY DNAỞ NGƯỜI VIỆT NAMTrần Khánh Linh*, Lê Thúy Quyên*, Võ Đức Xuyên An**, Phạm Hùng Vân*TÓM TẮTĐặt vấn đề: Để có thể tính được xác suất sai lầm trong phân tích kết quả xét nghiệm dấu vân tayDNA phát hiện quan hệ huyết thống trên cơ sở phát hiện các STR, cơ sở dữ liệu về tần số phân bố các kiểuhình STR rất là quan trọng. Tại Việt Nam, cho đến hiện nay vẫn chưa có một cơ sở dữ liệu như vậy.Mục đích nghiên cứu: Mục đích của nghiên cứu là bước đầu khảo sát tần suất phân bố kiểu hìnhcủa các STR (Short tandem repeat) có trong quần thể người Việt để làm cơ sở dữ liệu cho xét nghiệm nhậndạng cá thể ở người Việt Nam.Đối tượng và phương pháp: Đối tượng nghiên cứu là 180 người Việt Nam được lấy mẫu bằngquệt niêm mạc má hay chân tóc. Các mẫu được tách chiết DNA và sau đó sử dụng bộ mồi multiplexprimers của Beckman Coulter đặc hiệu 12 loci STR (TH001, D18S51, AMOELOGEN, D13S1357,D7S820, D16S539, PENTA E, D3S1358, D8S1179, TPOX, CSF1PO, PENTA D) để khuếch đại quaPCR. Sản phẩm PCR được phát hiện và xác định kiểu hình STR qua điện di mao quản trên máy giải trìnhtự CEQ 8000 bằng chương trình phân tích đoạn chuyên dụng cho STR. Kết quả ghi nhận được tính toánbằng phần mềm PowerStats để tính tần suất alen và các chỉ số tin cậy của pháp y đối với 12 loci STR trongmột mẫu 180 người Việt Nam không có quan hệ huyết thống.Kết quả: Đối với TH01 có 6 alen; D18S51 có 14 alen; AMOELOGEN có 2 alen; D13S1357 có 8alen; D7S820 có 9 alen;D16S539 có 7 alen; Penta E có 18 alen; D3S1358 có 8 alen, D8S1179 có 10 alen;TPOX có 6 alen; CSF1PO có 7 alen, PENTA D có 11 alen. Tất cả các alen (kiểu hình) đều được tính tần sốxuất hiện trong tổng số các kiểu hình xuất hiện và tần số các kiểu hình trong từng STR.Kết luận: Đây là lần đầu tiên một nghiên cứu về tần suất các kiểu hình STR được thực hiện tạimiền nam Việt Nam. Quy trình xét nghiệm và cơ sở dữ liệu thu được từ nghiên cứu đã được ứng dụng cụthể trong một số trường hợp nhận dạng cá thể người Việt Nam.Từ khóa: Xét nghiệm nhận dạng cá thể người; Đa hình di truyền; Trình tự lặp lại ngắn (STR);Dữ liệu quần thể người Việt Nam; Tần suất alen.ABSTRACTTHE PRELIMINARY CALCULATION OF ALLELE FREQUENCY OF 12 STR LOCI WHICH AREFREQUENTLY USED FOR DNA FINGERPRINTING TEST IN VIETNAMESE POPULATION.Tran Khanh Linh, Le Thuy Quyen, Vo Duc Xuyen An, Pham Hung Van* Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Vol. 15 - Supplement of No 1 – 2011: 1 - 6Background: In order to calculate mistakes probability in results analysis of fingerprinting testwhich determine family relationships based on detected STRs, a database for allele frequency of 12 STR lociis very important. In Viet Nam, there is no a database like that up till now.*Bộ môn Sinh học, khoa Khoa học Cơ bản – Đại học Y Dược Tp. Hồ Chí MinhCông ty Nam KhoaĐịa chỉ liên hệ: ThS. Trần Khánh LinhĐT: 0985274284Email: trankhanhlinh08@yahoo.com**Chuyên Đề Khoa học Cơ bản1Nghiên cứu Y họcY Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 15 * Phụ bản của Số 1 * 2011The aim of study: The aim of this study is determine the allele frequencies of 12 STR (shorttandem repeat) loci in Vietnamese population to establish an DNA database for the human identity testingin Vietnamese people.Materials and methods: 180 unrelated Vietnamese peoples were obtained samples by buccal swabcytobrush or hair-root. DNA was extracted from buccal swab samples or hair-root samples and then usingmultiplex primers kit of Beckman Coulter special for12 STR loci (TH001, D18S51, AMOELOGEN,D13S1357, D7S820, D16S539, PENTA E, D3S1358, D8S1179, TPOX, CSF1PO, PENTA D) toamplified by PCR. The PCR products were detected and identified STR phenotype by capillaryelectrophoresis on the CEQ 8000 Genetic Analyzer with fragment analysis program special for STR.Results was calculated by PowerStats software to calculate the allele frequencies and forensic efficiencyvalues for the 12 loci in a sample180 unrelated Vietnamese.Results: Analyzing of 180 samples showed that the TH01 locus has 6 alleles; D18S51 locus has 14alleles ; AMOELOGEN locus has 2 alleles; D13S1357 locus has 8 alleles ; D7S820 locus has 9 alleles;D16S539 locus has 7 alleles; PENTA E locus has 18 alleles; D3S1358 locus has 8 alleles, D8S1179 locushas 10 alleles; TPOX locus has 6 alleles; CSF1PO có locus has 7 alleles, PENTA D có locus has 11 alleles.All kind of alleles were calculated allele frequencies in total of alleles was observed and allele frequencies ofeach STR locus.Conclusion: This is the first time, a study of allele frequency of 12 STR loci were carried out insouthern Viet Nam. The study is still continues and updates.Keywords: Human identity testing; Genetic polymo ...