Đa dạng di truyền ngan xám dựa vào trình tự nucleotide trên vùng gen Cytochrome B ty thể

Bài viết Đa dạng di truyền ngan xám dựa vào trình tự nucleotide trên vùng gen Cytochrome B ty thể bước đầu khảo sát đa dạng di truyền nucleotide thuộc trình tự vùng gen Cytochrome b thuộc ty thể của ngan Xám Tây Nguyên nuôi tại Đồng Nai.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Đa dạng di truyền ngan xám dựa vào trình tự nucleotide trên vùng gen Cytochrome B ty thể DI TRUYỀN DI TRUYỀN - GIỐNG VẬT NUÔI - GIỐNG VẬT NUÔI ĐA DẠNG DI TRUYỀN NGAN XÁM DỰA VÀO TRÌNH TỰ NUCLEOTIDE TRÊN VÙNG GEN CYTOCHROME B TY THỂ Nguyễn Thị Lan Anh1*, Lê Tấn Lợi2, Đỗ Thế Anh1, Nguyễn Thị Khánh Ly2, Nguyễn Thị Thủy Tiên1 và Hoàng Tuấn Thành1 Ngày nhận bài báo: 18/11/2021 - Ngày nhận bài phản biện: 01/12/2021 Ngày bài báo được chấp nhận đăng: 02/12/2021 TÓM TẮT Mục tiêu của nghiên cứu này nhằm bước đầu khảo sát đa dạng di truyền nucleotide thuộc trình tự vùng gen Cytochrome b thuộc ty thể của ngan Xám Tây Nguyên nuôi tại Đồng Nai. Cặp mồi được thiết kế để khuếch đại đoạn gen mục tiêu có kích thước khoảng 546bp. Kết quả phân tích 49 mẫu cá thể, gồm 29 cá thể ngan Xám, 10 ngan trắng thuần (Pháp) và 10 mẫu cá thể ngan lai, với kích thước khoảng 506bp cho thấy trung bình các loại nucleotide Adenine (A)=25,62%; Thymine (T)=24,63%; Cy- tosine (C)=34,49%; Guanine (G)=15,26% và chỉ số đa dạng nucleotide (p) là 0.01837±0.0000228. Có 58 vị trí biến đổi đa hình nucleotide, 18 haplotype đã được quan sát với chỉ số đa dạng haplotype (Hd) là 0,618±0,0067 và haplotype 1 là trội. Khoảng cách di truyền giữa ngan Xám và ngan Pháp thuần là lớn nhất (0,0103), thấp hơn là giữa nhóm ngan Xám và ngan lai (0,0095) và thấp nhất là giữa nhóm ngan lai và ngan Pháp thuần (0,0014). Kết quả cây di truyền đã cho thấy nhóm ngan Xám đã phân thành hai nhánh. Trong nhánh lớn tập trung hầu hết các cá thể ngan Xám, ngan lai và ngan Pháp thuần và nhóm này có quan hệ di truyền gần với nhóm ngan châu Mỹ và Ấn Độ. Một số cá thể ngan Xám có màu lông trắng cũng tách ra thành các nhóm phụ riêng biệt trong nhánh lớn này. Một nhánh khác nhỏ hơn bao gồm một số cá thể ngan Xám có màu lông trắng và sau đó cũng tách ra các nhóm phụ. Ngan Xám có quan hệ gần với nhóm ngan châu Mỹ và Ấn Độ. Việc tăng dung lượng mẫu, mở rộng địa bàn thu nhận để phân tích là điều cần thiết cho nghiên cứu tiếp theo. Từ khóa: Ngan Xám, DNA ty thể, gen Cytochrome b, đa dạng di truyền. ABSTRACT Genetic diversity of grey Muscovy duck based on mitochondrial Cytochrome b gene sequence The aim of this study was to investigate the genetic diversity of Tay Nguyen grey Muscovy duck reared at Dong Nai province of Vietnam based on mitochondrial Cytochrome b gene by nucleotide sequencing. The primers were designed to amplify the fragment with 546bp. The sequences with 506bp from 49 individual samples, in which 29 samples was from grey Muscovy duck, 10 samples from white Muscovy duck pure breed (France) and 10 samples from crossbred Muscovy duck, were used to analyze the nucleotide diversity, genetic distance and reconstruct the phylogenetic tree. The results showed that the average number of nucleotide was Adenine (25.62%), Thymine (24.63%), Cytosine (34.49%), Guanine (15.26%) and the nucleotide diversity (p) was 0.01837±0.0000228. There were 58 polymorphic sites and 18 haplotypes were found and the haplotype diversity (Hd) was 0.618±0.0067 and haplotype 1 was dominant. The genetic distance value between grey Muscovy duck and white Muscovy duck was the highest (0.0103), then lower between grey Muscovy duck and crossbred Muscovy duck (0.0095). The lowest value was observed between crossbred Muscovy duck and white Muscovy duck (0.0014). The results of phylogenetic tree demonstrated that grey Muscovy duck was separated into two clades, in which the biggest group consisted most of grey Muscovy duck, white Muscovy duck and all of crossbred Muscovy duck and the other group consisted apart of grey Muscovy duck (with white feather color) and the also separated into smaller groups. Generally, the genetic relationship of grey Muscovy duck is more closed to Indian and America Muscovy duck breeds. Thus, increasing sample size and expanding the geographic to collect the samples for further analysis are required. Keywords: Grey Muscovy duck, mitochondrial DNA, Cytochrome b gene, genetic diversity.1 Phân Viện Chăn nuôi Nam bộ2 Trường Đại học Nông lâm Tp. Hồ Chí Minh*Tác giả liên hệ: ThS. Nguyễn Thị Lan Anh, Phân Viện Chăn nuôi Nam bộ; ĐT: 0969300386; Email: lananh303@gmail.com2 KHKT Chăn nuôi số 274 - tháng 2 năm 2022DI TRUYỀN - GIỐ ...