Giáo trình - Di truyền số lượng và chọn giống vật nuôi-chương 8

Chương 8: Ước tính gia trị giống -Phương pháp BLUP. Để thực hiện chọn lọc theo chỉ số cần tiến hành các bước sau: Xác định các nhân tố cần hiệu chỉnh, Hiệu quả các giá trị kiểu hình, Tính chỉ số cho các con vật trên cơ sở các giá trị kiểu hình đã hiệu chỉnh.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Giáo trình - Di truyền số lượng và chọn giống vật nuôi-chương 8 Di truyÒn sè l−îng vµ chän gièng vËt nu«i ¦íc tÝnh gi¸ trÞ gièng- Ph−¬ng ph¸p BLUP 119 Ch−¬ng 8 −íc tÝnh gi¸ trÞ gièng - Ph−¬ng ph¸p Blup (−íc tÝnh håi quy kh«ng sai lÖch tèt nhÊt) §Ó thùc hiÖn chän läc theo chØ sè cÇn tiÕn hµnh c¸c b−íc sau: - X¸c ®Þnh c¸c nh©n tè cÇn hiÖu chØnh (n¨m, ®µn, vô, gièng, løa ®Î...) vµ tÝnh to¸n c¸c gi¸ trÞ hiÖu chØnh; - HiÖu chØnh c¸c gi¸ trÞ kiÓu h×nh; - TÝnh chØ sè cho c¸c con vËt trªn c¬ së c¸c gi¸ trÞ kiÓu h×nh ®· hiÖu chØnh; - S¾p xÕp c¸c con vËt theo gi¸ trÞ chØ sè cña chóng. Vµo c¸c thËp kû 60-70, ph−¬ng ph¸p chØ sè chän läc ®−îc øng dông réng r·i trong c¸c ch−¬ng tr×nh chän läc gia sóc gièng ë hÇu hÕt c¸c n−íc ch¨n nu«i ph¸t triÓn. Tuy nhiªn tõ thËp kû 80 trë ®i, ph−¬ng ph¸p chØ sè chän läc ®· ph¶i dÇn dÇn nh−êng chç cho ph−¬ng ph¸p −íc tÝnh gi¸ trÞ gièng b»ng m« h×nh håi quy kh«ng g©y sai lÖch vµ chÝnh x¸c nhÊt, ®−îc gäi t¾t lµ ph−¬ng ph¸p BLUP. 1. Kh¸i niÖm Henderson C.R (1948, 1973) lµ ng−êi ®Ò xuÊt ra ph−¬ng ph¸p BLUP. BLUP lµ tªn viÕt t¾t tiÕng Anh: B : Best nghÜa lµ V(I-T) = min L : Linear nghÜa lµ gi¸ trÞ kiÓu h×nh ®−îc xem nh− mét hµm tuyÕn tÝnh U : Unbiased nghÜa lµ thõa nhËn r»ng kh«ng biÕt ®−îc c¸c nh©n tè ngo¹i c¶nh vµ −íc tÝnh nh©n tè ngo¹i c¶nh theo c¸ch kh«ng g©y ra nh÷ng sai lÖch P : Prediction nghÜa lµ −íc tÝnh gi¸ trÞ gièng. Do vËy BLUP lµ ph−¬ng ph¸p −íc tÝnh gi¸ trÞ gièng chÝnh x¸c nhÊt dùa trªn c¬ së gi¸ trÞ kiÓu h×nh cña b¶n th©n còng nh− cña c¸c con vËt hä hµng, trong ®ã ¶nh h−ëng cña mét sè nh©n tè ngo¹i c¶nh ®−îc lo¹i trõ. 2. Nh÷ng −u ®iÓm cña BLUP Ph−¬ng ph¸p BLUP cã nh÷ng −u ®iÓm c¬ b¶n sau: - Sö dông ®−îc tÊt c¶ c¸c nguån th«ng tin vÒ gi¸ trÞ kiÓu h×nh cña c¸c con vËt cã hä hµng víi vËt cÇn ®¸nh gi¸ v× vËy gi¸ trÞ gièng ®−îc −íc tÝnh mét c¸ch chÝnh x¸c h¬n, còng do ®ã hiÖu qu¶ chän läc theo BLUP còng sÏ cao h¬n. - Lo¹i trõ ®−îc nh÷ng ¶nh h−ëng cña c¸c nh©n tè cè ®Þnh nh− n¨m, ®µn gia sóc, mïa vô, løa ®Î... do sö dông nguån th«ng tin cña nh÷ng con vËt hä hµng thuéc c¸c ®µn nu«i trong ®iÒu kiÖn ngo¹i c¶nh kh¸c nhau. - §¸nh gi¸ ®−îc khuynh h−íng di truyÒn cña c¸c ®µn gia sóc do xö lý c¸c nguån th«ng tin thu ®−îc trong mét kho¶ng thêi gian nhÊt ®Þnh. - Sö dông ®−îc c¸c nguån th«ng tin d−íi d¹ng sè liÖu gi÷a c¸c nhãm kh«ng c©n b»ng BLUP ®· ®−îc øng dông trong chän läc bß, cõu vµ gÇn ®©y trong chän läc lîn. 3. C¸c b−íc c¬ b¶n cña BLUP 1/ ViÕt m« h×nh to¸n häc biÓu thÞ gi¸ trÞ kiÓu h×nh cña con vËt bao gåm c¸c nh©n tè mµ ta cÇn lo¹i bá khi −íc tÝnh gi¸ trÞ gièng cña con vËt cÇn chän läc. 2/ ViÕt hÖ c¸c ph−¬ng tr×nh b×nh ph−¬ng bÐ nhÊt phï hîp víi m« h×nh trªn. 3/ Céng thªm ¶nh h−ëng cña ®ùc gièng vµo c¸c phÇn tö n»m trªn ®−êng chÐo vÕ bªn tr¸i hÖ ph−¬ng tr×nh. HÖ ph−¬ng tr×nh nµy ®−îc gäi lµ hÖ ph−¬ng tr×nh m« h×nh hçn hîp. Gi¸o tr×nh sau ®¹i häc Tr−êng §¹i häc N«ng nghiÖp I Hµ Néi Di truyÒn sè l−îng vµ chän gièng vËt nu«i ¦íc tÝnh gi¸ trÞ gièng- Ph−¬ng ph¸p BLUP 120 4/ Gi¶i hÖ ph−¬ng tr×nh m« h×nh hçn hîp, t×m gi¸ trÞ cña tõng nh©n tè ¶nh h−ëng. 4. VÝ dô CÇn −íc tÝnh gi¸ trÞ gièng cña c¸c bß ®ùc gièng (5 con) trªn c¬ së sè liÖu n¨ng suÊt s÷a cña c¸c con g¸i cña chóng (15 bß c¸i) ®−îc nu«i trong c¸c ®iÒu kiÖn kh¸c nhau (5 tr¹i gièng). B¶ng 8.1. N¨ng suÊt s÷a cña 15 bß c¸i (con g¸i cña 5 bß ®ùc gièng) ®−îc nu«i t¹i 4 tr¹i gièng kh¸c nhau Tªn Sè hiÖu bß ®ùc gièng tr¹i gièng B1 B2 B3 B4 B5 1 3700 3500 4300 4100 2 4900 4300 4300 4800 4900 3 3900 4800 3600 4600 3700 4 4900 Tæng sè 12900 17600 12400 12200 9200 n 3 4 3 3 2 Trung b×nh 4300 4400 4133,33 4066,67 4600 Trung b×nh chung 4286,67 Chªnh lÖch so víi TBC 13,33 113,33 -153,33 -220,00 313,33 Nh− vËy, nÕu bá qua ¶nh h−ëng cña nh©n tè tr¹i gièng, chØ c¨n cø vµo gi¸ trÞ trung b×nh n¨ng suÊt s÷a cña c¸c con g¸i hoÆc gi¸ trÞ chªnh lÖch n¨ng suÊt s÷a trung b×nh cña tõng ®ùc gièng so víi n¨ng suÊt trung b×nh chung, xÕp h¹ng thø tù ®ùc gièng sÏ nh− sau: B5>B2>B1>B3>B4 Ta t×m c¸ch lo¹i trõ phÇn nµo ¶nh h−ëng cña nh©n tè tr¹i gièng b»ng c¸ch tÝnh n¨ng suÊt trung b×nh cña tõng tr¹i gièng vµ trung b×nh c¸c chªnh lÖch n¨ng suÊt cña c¸c con g¸i cña tõng ®ùc gièng. C¸ch tÝnh nµy chØ so s¸nh trùc tiÕp c¸c bß ®ùc cã con g¸i cïng nu«i trong mét tr¹i gièng. KÕt qu¶ thu ®−îc nh− sau: B¶ng 8.2. KÕt qu¶ ®¸nh gi¸ n¨ng suÊt bß ®ùc gièng th«ng qua gi¸ trÞ chªnh lÖch so víi n¨ng suÊt trung b×nh cña tõng tr¹i gièng Tªn Sè hiÖu bß ®ùc gièng TB tr¹i gièng B1 B2 B3 B4 B5 1 -200 -400 400 200 3900 2 260 -340 -340 160 260 4640 3 ...