Kết hợp mô phỏng phân mảnh peptit và khối phổ nhiều lần MSn xác định cấu trúc bậc 1 của Interleukin Interleukin 2

Trong báo cáo này, kết quả xác định trật tự amino axit của một đoạn polypeptit của IL2 bằng cách kết hợp mô phỏng phân mảnh peptit và thực nghiệm MSn được trình bày như là những kết quả tiếp sau công bố theo hướng nghiên cứu cấu trúc polypeptit, nhưng định hướng chính vào kết hợp Hoá Sinh Tin. Bài toán cấu trúc cụ thể là khẳng định trật tự aa của một phân đoạn polypeptit khi đã biết trước nó là một phần của IL-2. Mô phỏng phân mảnh có vai trò giúp định hướng và lý giải kết quả thực nghiệm MS, nhất là MSn.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Kết hợp mô phỏng phân mảnh peptit và khối phổ nhiều lần MSn xác định cấu trúc bậc 1 của Interleukin Interleukin 2T¹p chÝ Hãa häc, T. 45 (6A), Tr. 43 - 48, 2007 KÕt hîp m« pháng ph©n m¶nh peptit vµ khèi phæ nhiÒu lÇn MSn x¸c ®Þnh cÊu tróc bËc 1 cña Interleukin 2 §Õn Tßa so¹n 15-11-2007 Bïi TiÕn Dòng, Ng« V¨n Quang, NguyÔn TiÕn T i ViÖn Hãa häc, ViÖn Khoa häc v C«ng nghÖ ViÖt Nam Summary Interleukin-2, or IL-2, is a natural occurring protein in our immune system, made by body for controlling the growth and functions of many types of cells. The partial amino acids (aa) sequences of IL-2 was determined by a combination of simulation by the Fragment Ion Calculator and MS experiment in ESI iontrap and tandem MSn modes. I - Giíi thiÖu XRD, hoÆc l sö dông c«ng cô NMR víi c¸c mÉu protein ®< ®ång vÞ hãa theo 13C v 15N [4]. Interleukin-2, th êng ký hiÖu l IL-2, cïng Ngo i 2 ph ¬ng ph¸p truyÒn thèng ®ßi hái c«ngvíi c¸c interleukin kh¸c, nh IL-4, IL-7, IL-9, cô XRD v NMR hiÖn ®¹i nªu trªn, ng êi taIL-15 v IL-21, gäi chung l hä interleukin hay còng cã thÓ x¸c ®Þnh cÊu tróc cña protein b»ngcytokine, l nh÷ng protein cã vai trß quan träng c¸ch sö dông c¸c ph¶n øng enzim ®Ó ph©n ®o¹ntrong hÖ thèng miÔn dÞch cña c¬ thÓ ng êi. C¬ protein th nh c¸c polypeptit råi x¸c ®Þnh cÊuchÕ miÔn dÞch víi sù tham gia cña IL-2 v c¸c tÕ tróc riªng phÇn. Trong tÊt c¶ c¸c gi¶i ph¸p trªn,b o T t ¬ng ®èi phøc t¹p nh ng ®< ® îc l m viÖc kÕt hîp c¸c c«ng cô tÝnh to¸n cña Sinh Tins¸ng tá. ChÝnh v× vËy, nhÊt l trong giai ®o¹n v Ho¸ Tin víi c¸c ph ¬ng ph¸p phæ ® îc xemhiÖn nay, khi HIV trë th nh ®¹i dÞch ®èi víi l mét h íng míi cã triÓn väng [5].nh©n lo¹i, IL-2 ® îc ®Æc biÖt quan t©m nghiªn Trong b¸o c¸o n y, kÕt qu¶ x¸c ®Þnh trËt tùcøu, tõ chøc n¨ng trong c¬ chÕ miÔn dÞch, tíi amino axit cña mét ®o¹n polypeptit cña IL2vai trß cô thÓ cña nã trong ®iÒu trÞ mét sè bÖnh b»ng c¸ch kÕt hîp m« pháng ph©n m¶nh peptithiÓm nghÌo, nh ung th hay HIV [1, 2]. v thùc nghiÖm MSn ® îc tr×nh b y nh l VÒ mÆt cÊu tróc, IL-2 l mét protein kÝch nh÷ng kÕt qu¶ tiÕp sau c«ng bè [6] theo h íngth íc nhá, trong c¬ thÓ th êng ® îc g¾n liÒn víi nghiªn cøu cÊu tróc polypeptit, nh ng ®Þnhc¸c yÕu tè kh¸c cña hÖ thèng miÔn dÞch h íng chÝnh v o kÕt hîp Ho¸ Sinh Tin. B i(receptors), t¹o nªn nh÷ng biÕn thÓ kh¸c nhau. to¸n cÊu tróc cô thÓ l kh¼ng ®Þnh trËt tù aa cñaH×nh 1 l cÊu tróc bËc 1 (trËt tù aa) cña mét ph©n ®o¹n polypeptit khi ®< biÕt tr íc nã lGalNAc-derivative IL-2, ký hiÖu l Aff-IL-2, mét phÇn cña IL-2. M« pháng ph©n m¶nh cã vaimét d¹ng liªn kÕt cña IL-2 víi c¸c cét kh¸ng trß gióp ®Þnh h íng v lý gi¶i kÕt qu¶ thùcthÓ. §o¹n protein t ¬ng ®èi ®Æc tr ng cho IL-2 nghiÖm MS, nhÊt l MSn.n y gåm 133 aa, trong ®ã cã ®ñ mÆt c¶ 20 lo¹iaa c¬ b¶n cña c¬ thÓ sèng, víi 1 cÇu sunphit nèi II - Thùc nghiÖm2 vÞ trÝ 58 v 105. §Ó nghiªn cøu cÊu tróc protein nãi chung, MÉu: Polypeptit, ký hiÖu (ID): 85 1 15, s¶nIL-2 nãi riªng, cã thÓ kÕt tinh protein råi ®o phæ phÈm th ¬ng m¹i cña h