Khảo sát giá trị của xét nghiệm định danh vi khuẩn ở bệnh nhân nhiễm khuẩn mắt dựa trên đoạn GEN 16s rDNA

Nội dung của bài viết trình bày về phương pháp nuôi cấy thông thường trong nhiễm khuẩn mắt và phương pháp định danh vi khuẩn bằng kỹ thuật sinh học phân tử ở bệnh phẩm mắt. Kết quả nghiên cứu cho thấy, giải trình tự đoạn gen 16s rDNA là phương pháp phù hợp để phát hiện và định danh vi khuẩn ở mắt nhiễm trùng.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Khảo sát giá trị của xét nghiệm định danh vi khuẩn ở bệnh nhân nhiễm khuẩn mắt dựa trên đoạn GEN 16s rDNA Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014 Nghiên cứu Y học KHẢO SÁT GIÁ TRỊ CỦA XÉT NGHIỆM ĐỊNH DANH VI KHUẨN Ở BỆNH NHÂN NHIỄM KHUẨN MẮT DỰA TRÊN ĐOẠN GEN 16s rDNA Lê Xuân Trường*, Nguyễn Vũ Uyên** TÓMTẮT Đặt vấn đề: Phương pháp nuôi cấy thông thường trong nhiễm khuẩn mắt thường cho kết quả dương tính thấp và thời gian trả kết quả lâu. Để rút ngắn thời gian trả kết quả cũng như có kết quả dương tính cao, gần đây người ta nói đến kỹ thuật định danh vi khuẩn dựa trên đoạn gen 16s rDNA trong sinh học phân tử. Để đánh giá kỹ thuật mới ở trên, chúng tôi tiến hành nghiên cứu đề tài này nhằm phát triển phương pháp định danh vi khuẩn bằng kỹ thuật sinh học phân tử ở bệnh phẩm mắt. Đối tượng nghiên cứu: Những bệnh nhân có chỉ định nuôi cấy vi khuẩn và làm kháng sinh đồ tại Bệnh viện Mắt thành phố Hồ Chí Minh từ 02/9/2013 – 30/9/2013. Thiết kế nghiên cứu: Mô tả cắt ngang. Trong 72 bệnh nhân nghiên cứu, tăm bông vô trùng được dùng để lấy mẫu và sau đó cấy vào dung dịch BHI từ 24 – 48 giờ. Dung dịch BHI sau đó được song song định danh bằng cả 2 xét nghiệm nuôi cấy thông thường và giải trình tự đoạn gen 16s rDNA. Kết quả giải trình tự được so sánh trên ngân hàng gen NCBI để định danh vi khuẩn. Cuối cùng so sánh 2 kết quả nuôi cấy và giải trình tự đoạn gen 16s rDNA. Kết quả: Trong tổng số 72 mẫu làm xét nghiệm, có 39 mẫu dương tính với kỹ thuật PCR, 32 mẫu dương tính với phương pháp nuôi cấy thông thường. Nuôi cấy chỉ dương tính với các vi khuẩn: Acineto bacter baumannii (n=2), Pseudomonas (n=4), Pseudomonas aeruginosa (n=2), Staphylococci coagulase âm (n=2), Staphylococci coagulase âm kháng methicillin (n=20), Staphylococcus aureus (n=2). Nói chung, có 39/72 mẫu (chiếm 45,2 %) cho kết quả 16s rDNA dương tính, trong khi đó chỉ có 32/72 mẫu (tức 44,4%) nuôi cấy dương tính. Không có mẫu nào nuôi cấy dương tính cho kết quả định danh 16s rDNA âm tính. Kết luận: Giải trình tự đoạn gen 16s rDNA là phương pháp phù hợp để phát hiện và định danh vi khuẩn ở mắt nhiễm trùng. Xét nghiệm này cho kết quả nhanh và có thể phát hiện những vi khuẩn không phát hiện được bằng phương pháp nuôi cấy thông thường. Từ khóa: kỹ thuật PCR, DNA, định danh vi khuẩn ABSTRACT SURVEY VALUE TEST FOR IDENTIFICATION OF BACTERIA BASED ON GENE OF 16S rDNA IN INFECTION EYES Le Xuan Truong, Nguyen Vu Uyen * Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Vol. 18 - Supplement of No 1 - 2014: 77 - 80 Background: Conventional culture method for eye infection specimens often results in low positive and lasting results time pay. To shorten the duration of high culture as well as positive results are high, we mention about modern techniques in molecular biology. To evaluate the new technique, we conducted this research topic to develop methods of bacterial identification by molecular biology techniques in eye swabs, this new method will result in faster than culture. * Bộ môn Hoá Sinh, Khoa Y, Đại học Y Dược TPHCM ** Khoa xét nghiệm, Bệnh viện Mắt TPHCM Tác giả liên lạc: TS. BS. Lê Xuân Trường ĐT: 01269872057 Email: lxtruong57@yahoo.com Mắt 77 Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014 Material and method: Patients indicated bacterial culture and antimicrobial susceptibility at Eye Hospital of Ho Chi Minh City from 02/09/2013 - 30/09/2013. Cross-sectional descriptive study. From 72 patients in survey, swabs were taken and cultured in BHI for 24 – 48 hours. After that, we parallel identify bacteria by both culture and sequencing 16s rDNA. Sequences were compared with sequences of known bacteria listed in the NCBI data bank. Finally, the results were compared with results obtained from conventional cultivation. Results: In 72 specimens, there are 39 specimens gave positive for PCR technique, 32 specimens gave positive conventional culture. Culture was only positive for: Acineto bacter baumannii (n=2), Pseudomonas (n=4), Pseudomonas aeruginosa (n=2), Staphylococci coagulase negative (n=2), Staphylococci coagulase negative resist methicillin (n=20), Staphylococcus aureus (n=2). In total, 45.2 % (39/72) analyzed specimens have 16s rDNA positive, whereas only 44.4% (32/72) were culture positive. No specimen positive by culture gave negative results by 16s rDNA. Conclusions: 16S rDNA sequence analyses are appropriated methods for the detection and identification ocular infections of bacteria that might not be detected by conventional cultivation and this PCR test gave quicker result. Keyword: PCR technique, DNA, identify bacteria ĐẶT VẤNĐỀ Các bệnh lý nhiễm trùng ở mắt là bệnh lý thường gặp trong Nhãn khoa, định danh vi khuẩn là vô cùng cần thiết giúp chẩn đoán và điều trị, nhưng việc định danh vi khuẩn không phải là dễ dàng vì một số vi khuẩn chỉ tăng trưởng trong môi trường nuôi cấy đặc biệt. Hơn nữa, lượng bệnh phẩm từ mắt thường rất ít nên nuôi cấy cho kết quả dương tính thấp và thời gian nuô ...