Luận án Tiến sĩ Dược học: Sàng lọc in silico và in vitro các cấu trúc phân tử nhỏ có khả năng tương tác với Interleukin-33 và thụ thể ST2

Luận án Tiến sĩ Dược học "Sàng lọc in silico và in vitro các cấu trúc phân tử nhỏ có khả năng tương tác với Interleukin-33 và thụ thể ST2" trình bày các nội dung chính sau: Xây dựng cơ sở dữ liệu cấu trúc hóa học định hướng cho nghiên cứu sàng lọc in silico chất ức chế PPI; Khảo sát tương tác protein-protein của IL-33/ST2 và xác định các vị trí gắn kết cho phối tử phân tử nhỏ trên mỗi protein bằng các công cụ máy tính; Thử nghiệm in vitro đánh giá hoạt tính ức chế tín hiệu IL-33/ST2 của các chất được sàng lọc từ nghiên cứu in silico.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận án Tiến sĩ Dược học: Sàng lọc in silico và in vitro các cấu trúc phân tử nhỏ có khả năng tương tác với Interleukin-33 và thụ thể ST2BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH MAI THÀNH TẤN SÀNG LỌC IN SILICO VÀ IN VITRO CÁC CẤU TRÚC PHÂN TỬ NHỎ CÓ KHẢ NĂNG TƯƠNG TÁC VỚI INTERLEUKIN-33 VÀ THỤ THỂ ST2 LUẬN ÁN TIẾN SĨ DƯỢC HỌC TP. HỒ CHÍ MINH, NĂM 2024BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH MAI THÀNH TẤN SÀNG LỌC IN SILICO VÀ IN VITRO CÁC CẤU TRÚC PHÂN TỬ NHỎ CÓ KHẢ NĂNG TƯƠNG TÁC VỚI INTERLEUKIN-33 VÀ THỤ THỂ ST2 NGÀNH: HÓA DƯỢC MÃ SỐ: 9720203 LUẬN ÁN TIẾN SĨ DƯỢC HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: GS. TS. THÁI KHẮC MINH TP. HỒ CHÍ MINH, NĂM 2024 LỜI CẢM ƠN Đầu tiên, xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành và sâu sắc nhất đến Thầy GS. TS.Thái Khắc Minh – người Thầy đã tận tình hướng dẫn tôi từ những ngày đầu tiên khimới làm quen lĩnh vực thiết kế thuốc với sự trợ giúp của máy tính cho đến ngày hômnay. Nhờ sự định hướng và hỗ trợ to lớn của Thầy, đề tài này mới có thể được pháttriển và đạt được những kết quả như hiện tại. Xin chân thành cảm ơn tất cả các Thầy Cô ở Hội đồng đánh giá luận án các cấpđã đọc và cho tôi những nhận xét vô cùng quý báu để hoàn thiện luận án này. Xin chân thành cảm ơn các Thầy Cô và Anh Chị đồng nghiệp tại Bộ môn HóaDược, Khoa Dược, Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh: Thầy GS. TS. Lê MinhTrí, Thầy GS. TS. Trần Thành Đạo, Thầy PGS. TS. Trương Phương, Cô PGS. TS.Huỳnh Thị Ngọc Phương, Cô PGS. TS. Võ Thị Cẩm Vân, Thầy TS. Trần Ngọc Châu,Chị TS. Huỳnh Nguyễn Hoài Phương, Anh TS. Tưởng Lâm Trường, ThS. Phan MinhHoàng, Chị DS. Đặng Thị Hồng Chi và Chị CN. Ngô Thị Kiều Khương. Cảm ơn sựhỗ trợ và động viên của các Thầy Cô và Anh Chị đã dành cho tôi trong quá trìnhnghiên cứu tại Bộ môn, cũng như cho phép tôi sử dụng thư viện hợp chất nội bộ chonghiên cứu sàng lọc ảo trong đề tài của mình. Xin gửi lời tri ân đến Thầy TS. Nguyễn Quốc Thái và ThS. Nguyễn Kim Hưngđã cung cấp IL-33 tái tổ hợp để sử dụng cho các thử nghiệm in vitro. Không có sự hỗtrợ của Thầy và Hưng, đề tài này không thể nào hoàn thành một cách trọn vẹn. Xin chân thành cảm ơn các Anh Chị tại Phòng Công nghệ sinh học Y Dược,Trung tâm Công nghệ sinh học Thành phố Hồ Chí Minh và Trung tâm Y sinh họcphân tử, Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh. Nhờ sự hỗ trợ của Anh Chị màthử nghiệm trên dòng tế bào của đề tài mới được triển khai và đạt được những kếtquả khả quan. Cảm ơn sự hỗ trợ của các Bạn là cựu sinh viên và sinh viên của Lab 314. Dù điqua những chặng đường dài ngắn khác nhau, sự đồng hành của các Bạn luôn có ýnghĩa quan trọng và để lại trong tôi những kỷ niệm đẹp nhất. Cuối cùng, xin cảm ơn Gia đình – những người thân yêu đã luôn bên cạnh và ủnghộ tôi trong quá trình thực hiện luận án. TP. Hồ Chí Minh, ngày 18 tháng 9 năm 2024 Mai Thành Tấn LỜI CAM ĐOAN Tôi tên là Mai Thành Tấn, là nghiên cứu sinh ngành Hóa Dược, khóa 2019–2022,xin cam đoan: (1) Luận án là do chính bản thân tôi thực hiện, dưới sự hướng dẫn khoa học của GS. TS. Thái Khắc Minh; (2) Các tài liệu tham khảo được tôi xem xét, chọn lọc kỹ lưỡng, trích dẫn và liệt kê tài liệu tham khảo đầy đủ; (3) Kết quả trình bày trong luận án được hoàn thành dựa trên các kết quả nghiên cứu của bản thân tôi và các kết quả của nghiên cứu này chưa được dùng cho bất cứ đề tài cùng cấp nào khác. TP. Hồ Chí Minh, ngày 25 tháng 9 năm 2024 Người hướng dẫn Tác giả thực hiện GS. TS. Thái Khắc Minh Mai Thành Tấn i MỤC LỤCMỤC LỤC ................................................................................................................... iDANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT .......................................................................... iiiDANH MỤC CÁC BẢNG........................................................................................ ixDANH MỤC CÁC SƠ ĐỒ, ĐỒ THỊ VÀ HÌNH ........................................................xĐẶT VẤN ĐỀ.............................................................................................................1CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU .................................................................3 1.1. Tổng quan về interleukin-33 và thụ thể ST2 ................................................3 1.2. Các phương pháp in silico trong khám phá thuốc phân tử nhỏ ..................18 1.3. Các phương pháp in vitro đánh giá tác động ức chế hoạt tính của IL-33/ST2 ....................................................................................................................31 1.4. Tình hình nghiên cứu chất ức chế IL-33 và ST2........................................33CHƯƠNG 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ....................40 2.1. Thiết kế nghiên cứu ....................................................................................40 2.2. Đối tượng nghiên cứu .................................................................................40 2.3. Thời gian và địa điểm nghiên cứu ..............................................................43 2.4. Phương pháp và công cụ đo lường, thu thập số liệu ..................................44 2.5. Quy trình nghiên c ...