Luận văn : Bước đầu đọc trình tự vùng rDNA-ITS của nấm Rhizoctonia solani Kuhn part 4

Nấm Rhizoctonia solani thuộc bộ nấm trơ Mycelia Sterilia, lớp nấm bất toànFungi Imperfecti, giai đoạn sinh sản hữu tính được gọi là Thanatephorus cucumeris,thuộc lớp nấm Basidomycetes. Đây là nhóm nấm lớn, phân bố rộng, kí sinh khôngchuyên tính có phổ kí chủ rộng (Carling và ctv, 1992).
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn : Bước đầu đọc trình tự vùng rDNA-ITS của nấm Rhizoctonia solani Kuhn part 4 ctcggcgtga taagttatct atcgctgaga cactgtaaaa aggtggccat tgtatatgca ag Với primer ITS4, vùng rDNA-ITS của dòng SR-650 đã đọc được là 566bp. Trình tự như sau: gtttttcacg ggggagatcc tacctgattt gagatcagat cataaaaatg tattttgtc caagtcaagt cgactattag aagcggttcg tcttgcattt accttggcca cctttttac agtgtcctca gcgatagata acttatcacg ccgagtggaa ccaagcataa cacttagag atccagctaa taaacaaaga ggcgcagggt gtgaaactgc aaagacctcc aaaaccaaa gtaagagacc gattgaatta acaaaaggtt tactttgaag atttcatgat actcaaaca ggcatgctcc aaggaatacc aaggagcgca aggtgcgttc aaagattcga tgattcact Gaattctgca attcacatta cttatcgcat ttcgctgcgt tcttcatcga tgcgagagt caagagatcc gttgttgaaa cttagtatta gatgcgttac atcaattaca ttcgtttta aatttaatag agtttgtatg ttaattgagt agacagcaaa agccaagaaa ggaggattt atttttttta atgaaactcc cccttg Sau đó chúng tôi so trình tự của 2 chuỗi DNA đã đọc được thì thu được trình tự của vùng rDNA-ITS là 468bp. Trình tự như sau: caagtgtgga gcttcattgc aaaacttttc cctccttctc ttggcttttg ctgtctactc aattaacata caaactctat taaatttaaa acgaatgtaa ttgatgtaac gcatctaata ctaagtttca acaacggatc tcttggctct cgcatcgatg aagaacgcag cgaaatgcga taagtaatgt gaattgcaga attcagtgaa tcatcgaatc tttgaacgca ccttgcgctc cttggtattc cttggagcat gcctgtttga gtatcatgaa atcttcaaag taaacctttt gttaattcaa tcggtctctt actttggttt tggaggtctt tgcagtttca caccctgctc ctctttgttt attagctgga tctctaagtg ttatgcttgg ttccactcgg cgtgataagt tatctatcgc tgaggacact gtaaaaaggt ggccaaggta aatgcaag Trên website (http://www.ebi.ac.uk/) chúng tôi so sánh trình tự vùng rDNA-ITS của dòng SR-650 với trình tự vùng rDNA-ITS của các dòng nấm R. solani có mã số sau: AB122134 AG-IA 670 bp AB122126 AG1-ID 694 bp AB122124 AG2-1 669 bp AB122143 AG -4 672 bp AB122142 AG1-IC 651 bp Qua nhiều kết quả chúng tôi nhận thấy vùng rDNA -ITS của dòng nấmmang số hiệu AB122126 thuộc nhóm tiếp hợp AG1-ID là phù hợp nhất với trình tự 31vùng rDNA-ITS đọc được của dòng SR-650. Tỉ lệ tương đồng trình tự đoạn rDNA-ITS đã đọc được 468bp của dòng SR650 và AB122126 là 100%.Trình tự đoạn rDNA-ITS của dòng nấm mang mã số AB1221126 là: 1 aaggatcatt attgaattta ttaatgagga gtagagttgt agctggccat ttttctggca 61 atgtgcacac tcttctcttt catccacaca cccctgtgca cctgtgagac agttacaagg {caa gtgtggagct tcattgcaaa acttttccct ccttctcttg121 tcattttgga gtttggg181 gcttttgctg tctactcaat taacatacaa actctattaa atttaaaacg aatgtaattg241 atgtaacgca tctaatacta agtttcaaca acggatctct tggctctcgc atcgatgaag301 aacgcagcga aatgcgataa gtaatgtgaa ttgcagaatt cagtgaatca tcgaatcttt361 gaacgcacct tgcgctcctt ggtattcctt ggagcatgcc tgtttgagta tcatgaaatc421 ttcaaagtaa accttttgtt aattcaatcg gtctcttact ttggttttgg aggtctttgc481 agtttcacac cctgctcctc tttgtttatt agctggatct ctaagtgtta tgcttggttc541 cactcggcgt gataagttat ctatcgctga ggacactgta aaaaggtggc caaggtaaat }acgaa ccgcttctaa tagtccattg acttggacaa aatacatttt tatgatctga601 gcaag661 tctcaaatca ggtaggacta cccgctgaac ttaa {}là đoạn DNA tương đồng kết quả đọc được của dòng SR-650 với dòngTrong dấunấm mang mã số AB122126. Đoạn tương đồng này từ vị trí nucleotide 137 đến vị trí605 dối với dòng nấm có mã số AB122126. Đoạn này có 468 nucleotide. CLUSTAL X (1.83) multiple sequence alignment SR650 ------------------------------------------------------------ AB122126 AAGGATCATTATTGAATTTATTAATGAGGAGTAGAGTTGTAGCTGGCCATTTTTCTGGCA SR650 ------------------------------------------------------------ AB122126 ATGTGCACACTCTTCTCTTTCATCCACACACCCCTGTGCACCTGTGAGACAGTTACAAGG SR650 -----------------CAAGTGTGGAGCTTCATTGCAAAACTTTTCCCTCCTTCTCTTG AB122126 TCATTTTGGAGTTTGGGCAAGTGTGGAGCTTCATTGCAAAACTTTTCCCTCCTTCTCTTG ******************************************* SR650 GCTTTTGCTGTCTACTCAATTAACATACAAACTCTATTAAATTTAAAACGAATGTAATTG AB122126 GCTTTTGCTGTCTACTCAATTAACATACAAACTCTATTAAATTTAAAACGAATGTAATTG 32 ************************************************************ SR650 ATGTAACGCATCTAATACTAAGTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAG AB122126 ATGTAACGCATCTAATACTAAGTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAG ************************************************************ SR650 AACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGT ...