Luận văn : THU THẬP VÀ TỔ CHỨC DỮ LIỆU GENE PHỤC VỤ NGHIÊN CỨU CÂY TRỒNG BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN part 10

Chính những thông tin đa dạng, quá phong phú trong các cơ sở dữ liệu khổng lồtrên thế giới, được tải trên nhiều trang thông tin khác nhau đã trở thành những khókhăn đầu tiên cho các nhà nghiên cứu. Việc tìm kiếm những thông tin ngắn gọn, dễdàng và nhanh chóng nhưng vẫn đảm bảo tính chính xác nhằm phục vụ riêng cho từngcá nhân nghiên cứu ở mỗi phòng thí nghiệm là hết sức cần thiết....
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn : THU THẬP VÀ TỔ CHỨC DỮ LIỆU GENE PHỤC VỤ NGHIÊN CỨU CÂY TRỒNG BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN part 10Phần phụ lục 185 2. Lớp Get FieldInLocVerAcc: tách trường con trong các trường chính LOCUSvà VERSIONNGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNGPhần phụ lục 186 3. Lớp GetFieldInSmallFieldOfFeature: Tách các nội dung khác trong trườngCDS.NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNGPhần phụ lục 187NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNGPhần phụ lục 188 4. Lớp Servlet Controller: Nhận tham số do người dùng gởi tới khi nhấn nútsubmitNGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNGPhần phụ lục 189 5. Lớp Check: kiểm tra các điều kiện người dùng đặt ra. 6. Lớp CheckFieldOfVerAcc: tìm kiếm trong các trường LOCUS, VERSION,ACCESSION.NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNGPhần phụ lục 190 7. Lớp CheckOtherRequest: cho phép tìm kiếm trong các trường còn lại, nhưDEFINITION, TITLE… 8. Lớp CheckFieldInSmallFieldOfFeature: cho phép tìm kiếm các trường trongCDS như gene, product…NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNGPhần phụ lục 191 9. Lớp CheckOriginRequest: cho phép tìm kiếm trình tự trong ORIGINNGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNGPhần phụ lục 192 10. Lớp Servlet Result: Nhận các file thỏa kết quả tìm kiếm, tại đây thực hiệnviệc lấy nội dung các file kết quả và thực hiện xuất kết quả theo yêu cầu người dùngNGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNGPhần phụ lục 193NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNGPhần phụ lục 194 11. Lớp Servlet printSummaryHtml: xuất kết quả với thông tin tóm tắt trình tự.NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNGPhần phụ lục 195 12. Lớp Servlet PrintGenbankHtml: xuất kết quả theo định dạng GenBankNGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNGPhần phụ lục 196 13. Lớp printCdsNucleotideSeqHtml: xuất kết quả trình tự CDS dưới dạngFASTANGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNGPhần phụ lục 197 14. Lớp ReadGB: cho phép xuất trình tự toàn bộ Nucleotide hay trình tự từ điểmkhởi đầu đến điểm kết thúc cho trước.NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNGPhần phụ lục 198 15. Lớp Servlet PrintNucleotideSeqFastaHtml: xuất kết quả trình tự nucleotidedưới dạng FASTANGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNGPhần phụ lục 199 16. Lớp Servlet PrintCdsAAcidSeqFastaHtml: xuất kết quả trình tự amino aciddưới dạng FASTANGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNGPhần phụ lục 200 PHỤ LỤC E * Nguyên tắc hoạt động của hai công cụ tìm kiếm Google và Scirus Google Trong bảng trên cho thấy Google dung lượng chỉ mục rộng nhất. Đây là công cụtìm kiếm mang tính chất mới mẽ dựa trên các chỉ mục tác phẩm khoa học được tríchdẫn (Butler, 2000). Các công cụ tìm kiếm truyền thống sử dụng thuật toán và qui luậtđơn giản tạo ra thứ tự các trang dựa trên tần số xuất hiện keywords được chỉ ra tr ongquery. Google dựa vào việc kết nối giữa các trang web để xếp loại kết quả tìm kiếm.Vì thế các trang web được trích dẫn cao trên thế giới với nhiều liên kết dẫn đến chúngđược sắp xếp cao nhất trong kết quả tìm kiếm. Đây là một cơ chế tìm kiếm hiệu quảmà bắt hiệu quả chính xác trên các trang web tốt và hay được dùng nhất trên Internet. Scirus Sự giới hạn lớn nhất cho các công cụ tìm web là không được chỉ mục tới được cơsở dữ liệu. Vấn đề này xảy ra ở nhiều cơ sở dữ liệu tạo ra internet sinh học, như cơ sởdữ liệu trình tự và một vài nguồn dựa trên sự cho phép như các tạp chí full -text, và cơsở dữ liệu thương mại. Mặc dù nội dung bị giới hạn ở các địa chỉ này, tuy nhiên tàiliệu và nội dung tóm tắt vẫn được liệt kê bởi các công cụ tìm kiếm, nhưng dữ l iệu nằmbên dưới không có sẵn bởi vì tường lửa (firewalls) của cơ sở dữ liệu khóa sự chỉ mụcnội bộ.Trong một nỗ lực để giải quyết vấn đề này, nhà xuất bản Elsevier đã phát triển Scirus(http://www.scirus.com/). Đây là một dự án được kết hợp với FAST, công ty công cụtìm kiếm của NaUy đã tạo ra các công cụ tìm kiếm chuyên biệt về khoa học. Scirustăng cường phạm vi và tính chuyên biệt của nó bởi chỉ chỉ mục tới các nguồn với cácthô ...