Giáo trình Nucleic Acid part 2

) Khoét một “giếng” nhỏ trong agarose ngay dưới vạch DNA. Bơm dung dịch đệm vào đầy “giếng” và điện trường được tái lập. DNA di chuyển vào “giếng” chứa đầy dung dịch đệm và được thu nhận lại. (iii) Dùng gel agarose đặc biệt như Nusieve hay Seaplaque có điểm nóng chảy rất thấp (650C) cho điện di. Sau điện di, vạch DNA được cắt ra và ủ trong một dung dịch đệm ở nhiệt độ 650C. Khi agarose đã hoàn toàn tan chảy DNA được thu nhận lại sau nhiều công đoạn tách chiết và kết tủa....
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Giáo trình Nucleic Acid part 2 20 (ii) Khoét một “giếng” nhỏ trong agarose ngay dưới vạch DNA.Bơm dung dịch đệm vào đầy “giếng” và điện trường được tái lập.DNA di chuyển vào “giếng” chứa đầy dung dịch đệm và được thunhận lại. (iii) Dùng gel agarose đặc biệt như Nusieve hay Seaplaque cóđiểm nóng chảy rất thấp (650C) cho điện di. Sau điện di, vạch DNAđược cắt ra và ủ trong một dung dịch đệm ở nhiệt độ 650C. Khiagarose đã hoàn toàn tan chảy DNA được thu nhận lại sau nhiềucông đoạn tách chiết và kết tủa.4. Các phương pháp xác định trình tự của nucleic acid Các phương pháp phân tích nucleic acid đã nêu đã cung cấpnhiều thông tin về nucleic acid nhưng chưa cho phép kết luận vềbản chất của một đoạn nucleic acid cụ thể. Thông tin về sự tươngứng của nucleic acid với gene gì, có chức năng điều hòa hay mãhóa cho protein nào, chỉ có thể rút ra được từ việc xác định trình tựnucleotide của nucleic acid. Các phương pháp xác định trình tự nucleic acid nói chung dựavào hai nguyên tắc cơ bản, được tóm tắt dưới đây (về chi tiết, cóthể tham khảo trong: Hồ Huỳnh Thuỳ Dương 1997; Đỗ Quý Hai2001.): - Nguyên tắc hóa học (Phương pháp Maxam - Gilbert, 1977):dựa vào các phản ứng hóa học thủy phân đặc hiệu phân tử DNA,tạo thành một tập hợp nhiều phân đoạn có kích thước khác nhau. - Nguyên tắc enzyme học (Phương pháp Sanger (1977) và cácphương pháp cải biên): Dựa vào sự tổng hợp mạch bổ sung chotrình tự cần xác định nhờ DNA polymerase. Với việc sử dụng thêmdideoxynucleotide (nhóm 3′-ON được thay bằng H) cùng với cácdeoxy nucleiotide thông thường, kết quả tổng hợp cũng là sự hìnhthành một tập hợp nhiều đoạn DNA có kích thước khác nhau. Ở cả hai trường hợp, các phân đoạn DNA sẽ được phân táchqua điện di trên gel polyacrylamide có khả năng phân tách hai trìnhtự DNA chỉ chênh nhau một nucleotide. Với việc sử dụng một đoạnnucleotide có đánh dấu đồng vị phóng xạ, kết quả trình tự cần xácđịnh dược đọc trên bản phóng xạ tự ghi từ bản điện di. Câu hỏi ôn tập 1. Trình bày tóm tắt lịch sử nghiên cứu các nucleic acid. 21 2. Mô tả các phương pháp chung thường dùng trong nghiên cứu nucleic acid. 3. Trình bày nguyên tắc và ứng dụng của các phương pháp tách chiết nucleic acid. 4. Mô tả các phương pháp phân tích định tính và định lượng thô nucleic acid. 5. Sơ lược về các phương pháp xác định trình tự của các nucleic acid. Tài liệu Tham khảoNguyễn Bá Lộc. 2000. Giáo trình Axit nucleic và Sinh tổng hợpprotein. NXB Giáo dục.Đỗ Quý Hai. 2001. Bài giảng Axit Nucleic. Trường ĐHKH, Đại HọcHuế.Phạm Thị Trân Châu và Trần Thị Áng (1992): Hoá sinh học. NXBGiáo dục, Hà Nội.Hồ Huỳnh Thuỳ Dương. 1997. Sinh học Phân tử. NXB Giáo Dục.Lehninger L. et al. 1993. Principles of Biochemistry. WorthPublishers, New York.Stryer L. 1981. Biochemistry. W.-H. Freeman and Co., SanFrancisco. 21Chương 2 Cấu trúc của các Nucleotide và Polynucleotide Việc nghiên cứu cấu trúc của các nucleic acid thực sự diễnra từ giữa thập niên 1950, sau khi O.T.Avery, MacLeod và McCarty(1944) lần đầu tiên chứng minh: DNA là vật chất mang thông tin ditruyền. Cho đến nay, chúng ta biết rằng các nucleic acid, bao gồmdeoxyribonucleic acid (DNA) và ribonucleic acid (RNA), là nhữngđại phân tử sinh học có trọng lượng phân tử lớn với thành phầngồm các nguyên tố C, H, O, N và P; chúng được cấu thành từnhiều đơn phân (monomer) là các nucleotide. Các đơn phân nàynối với nhau bằng các liên kết phosphodiester tạo thành các cấutrúc đa phân (polymer) gọi là các chuỗi, mạch (chain) hay sợi(strand) polynucleotide - cấu trúc sơ cấp của các phân tử nucleicacid. Trong chương này, chúng ta lần lượt tìm hiểu thành phần hoáhọc và cấu trúc của các nucleotide và polynucleotide của DNA vàRNA.I. Thành phần hóa học của các nucleotide Vào giữa thập niên 1940, các nhà hoá sinh học đã biết đượccác cấu trúc hoá học của DNA và RNA. Khi phân cắt DNA thànhcác tiểu đơn vị, họ phát hiện ra rằng mỗi nucleotide của DNA gồmba thành phần: một base nitơ (nitrogenous base), một đườngdeoxyribose, và một phosphoric acid. Tương tự, RNA cho ra cácbase, phosphoric acid và đường ribose. Các nucleotide cũng cónhiều chức năng khác trong tế bào, ví dụ như các dòng nănglượng, các chất dẫn truyền thần kinh và các thông tin loại hai nhưtải nạp tín hiệu chẳng hạn.1. Base nitơ Các base nitơ (gọi tắt là base), thành phần đặc trưng của cácnucleotide, là các hợp chất purine và pyrimidine dị vòng chứa nitơcó tính kiềm. Về cơ bản, các dẫn xuất của purine bao gồm adenine(A) và guanine (G), còn của pyrimidine gồm có: thymine (T), uracil(U) và cytosine (C). DNA chứa bốn loại base chính là adenine, guanine, thymi ...