probe

Phần định nghĩa và thảo luận dưới đây chỉ đúng cho thuật ngữ "probe" dùng trong sinh học phân tử. Probe (còn có tên gọi khác là đoạn dò) là một sợi nucleic acid (hoặc ribonucleic acid) có trình tự xác định và được đánh dấu bằng các phương pháp khác nhau dùng để nhận diện các đoạn nucleic acid khác có trình tự bổ sung với nó.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
probe Phần định nghĩa và thảo luận dưới đây chỉ đúng cho thuật ngữ probe dùng trong sinh học phân tử.Probe (còn có tên gọi kháclà đoạn dò) là một sợi nucleicacid (hoặc ribonucleic acid) cótrình tự xác định và được đánhdấu bằng các phương pháp khácnhau dùng để nhận diện các đoạnnucleic acid khác có trình tự bổsung với nó. Quá trình này dựatrên nguyên tắc biến tính và hồitính của phân tử DNA, được gọilà lai phân tử DNA. Các phươngpháp cổ điển có sử dụng probelà Northern Blot (nhận diệnbản RNA phiên mã), SouthernBlot (nhận diện các phiên bảncủa gene). Công nghệ DNAchip and cDNA micro-arrays được thiết kế cùng trênnguyên tắc sử dụng các probe củacác phương pháp lai phân tửnhưng cho phép nghiên cứu đồngloạt hàng nghìn gene khác nhau.Đặc tính ProbeVề mặt bản chất, probe là một sợiđơn oligonucleotide (có chiều dàitừ 30 đến 100 nucleotide) nên cókhả năng tạo liên kết hydro vớinhững đoạn DNA có trình tự bổsung với probe. Tính đặc trưngcủa probe phụ thuộc vào trình tựnucleotide của nó, thông thườngđược kiểm tra bằngcách BLAST trình tự nàytrên ngân hàng gene. Nhiệt độbiến tính (Tm) của probe phụthuộc số lượng và thànhphần purin và pyrimidine củaprobe từ đó quyết định nhiệt độlai thích hợp trong các thí nghiệmlai phân tử.Cách thiết kế ProbeProbe có thể được thiết kế dựatrên những trình tự có sẵn tuỳ vàomục đích của từng thí nghiệm vàcác thông tin đã có. Dựa trên trình tự genome của đối tượng nghiên cứu để nhận diện các bản sao của gene hoặc sản phẩm RNA của gene Dựa trên trình tự genome của các sinh vật có quan hệ gần gũi với đối tượng nghiên cứu nhằm tìm kiếm gene chức năng được bảo tồn qua tiến hoá Dựa trên trình tự amino acid của protein là sản phẩm của gene. Từ đó tìm kiếm trình tự trọn vẹn của gene mã hoá cho protein đó trên genomeTrong quá trình thiết kế cần bảođảm 1) tính đặc trưng của probe,2) không có hiện tượng lai chéocác probe hoặc tạo cấu trúckhông gian nội tại trong probe, 3)giá trị nhiệt biến tính (Tm) phảiphù hợp khi thực hiện phép lainhiều probe một lúc.Các phương pháp đánh dấu ProbeTuỳ mục đích nghiên cứu màngười ta có thể lựa chọn đánh dấuprobe bằng đồng vị phóngxạ (thường là 32P, 33P) hoặcchất huỳnh quang.Tài liệu tham khảo 1. Lander, E. S., Array of hope, Nature Genetics, 21:3–4, 1999. 2. Lockhart, D.J., Dong, H., Byrne, M.C., Follettie, M.T., Gallo, M.V., Chee, M.S., Mittmann, M., Wang, C., Kobayashi, M., Horton, H., and Brown, E.L., Expression monitoring by hybridization to high-density oligonucleotide arrays, Nature Biotechnology, 14:1675–1680, 1996. 3. Mitsuhashi, M., Cooper, A., Ogura, M., Shinagawa, T., Yano, K., and Hosokawa, T., Oligonucleotide probe design- a new approach, Nature,367:759–761, 1994.